Amplicon -sekvensering (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekvensering med Illumina är en metod för att analysera mikrobiell mångfald genom att identifiera mikrobiella profiler enligt deras sekvenser och sedan försöka dechiffrera samhällets rikedom och mångfald inom varje prov och mellan prover. Bmkcloud Amplicon (NGS) rörledningen tillåter analys av 16s, 18s, ITS och flera funktionella gener. Det börjar med läsning av trimning, parad lästmontering och kvalitetsbedömning, följt av kluster av liknande läsningar för att generera operativa taxonomiska enheter (OTU) som används i sex olika analyssektioner. Taxonomisk kommentar ger information om det relativa överflödet och sammansättningen av varje prov, medan alfa- och beta -mångfaldsanalyser fokuserar på mikrobiell mångfald inom respektive mellan prover. Differentialanalys mellan grupper finner OTU: er som skiljer sig åt användning av både parametriska och icke-parametriska test, medan korrelationsanalys relaterar dessa skillnader till miljöfaktorer. Slutligen förutsägs funktionell genöverflöd baserat på markörgenöverflöd, vilket ger insikt i funktion och ekologi i varje prov ..