16S/18S/dess amplicon sekvensering-pacbio
Servicefunktioner
● Sekvensplattform: PacBio Revio
● Sekvenseringsläge: CCS (HIFI läser)
● Amplifiering av målregionen följt av tandem som kopplas av amplikoner före HIFI SMRT Bell Library Preparation
Servicefördelar
●Högre taxonomisk upplösning: THan kortamplikon sekvensering,vilket möjliggör högre OTU -klassificeringshastigheter på artnivå.
●Mycket exakt bassamtal: PACBIO CCS -läges sekvensering (HIFI läser).
●Isoleringsfri: Snabb identifiering av mikrobiell sammansättning i miljöprover.
●Allmänt tillämplig: Olika mikrobiella samhällsstudier.
●Omfattande bioinformatisk analys: Det senaste Qiime2 -paketet (kvantitativ insikt i mikrobiell ekologi) med olika analyser när det gäller databas, kommentar, OTU/ASV.
●Omfattande expertis: Med tusentals amplicon-sekvenseringsprojekt som genomförs årligen ger BMKGene över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt stöd efter försäljning.
Tjänstespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas |
| Amplikon | Pacbio revio | 10/30/50 K Taggar (CCS) |
Provkrav
| Koncentration (ng/ul) | Totalt belopp (μg) | Volym (ul) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Rekommenderad provleverans
Frys proverna i flytande kväve i 3-4 timmar och lagra i flytande kväve eller -80 grader till långvarig reservation. Provfrakt med torr-is krävs.
Servicearbetsflöde
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Inkluderar följande analys:
● Rå datakvalitetskontroll
● OTU Clustering/De-Noise (ASV)
● OTU -kommentar
● Alpha Diversity Analys: Flera index, inklusive Shannon, Simpson och Ace.
● Beta mångfaldsanalys
● Inter-gruppanalys
● Korrelationsanalys: Mellan miljöfaktorer och sammansättning och mångfald
● 16S funktionell genprognos
Histogram av taxonomisk distribution
Gemenskapsfördelning fylogenetiskt träd
Alpha Mångfaldsanalys: ACE
index
Beta mångfaldsanalys: PCOA
Intergruppanalys: ANOVA
Utforska framstegen som underlättas av Bmkgene's Amplicon -sekvenseringstjänster med PacBio genom en kuraterad samling publikationer.
Gao, X. och Wang, H. (2023) 'Jämförande analys av vommen bakterieprofiler och funktioner under anpassning till olika fenologi (Regreen kontra gräs) i alpina merino får med två växande steg på en alpin äng', jäsning, 9 (9 ( 1), s. 16. doi: 10.3390/fermentation9010016/s1.
Li, S. et al. (2023) 'Att fånga det mikrobiella mörka materialet i ökenjorden med hjälp av kulturbaserad metagenomik och högupplöstanalys', NPJ Biofilmer och mikrobiom 2023 9: 1, 9 (1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Effekter av fettsyrasalter på fermenteringsegenskaper, bakteriell mångfald och aerob stabilitet hos blandad ensilage framställd med alfalfa, risstrå och vete kli', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), s. 1475– 1487. DOI: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Interaktionen mellan oxidativa stressbiomarkörer och tarmmikrobiota i antioxidanteffekterna av extrakt från Sonchus Brachyotus DC. I oxazoloninducerad tarmoxidativ stress hos vuxna zebrafiskar ', antioxidanter 2023, vol. 12, sidan 192, 12 (1), sid. 192. DOI: 10.3390/Antiox12010192.
