16S/18S/dess amplicon sekvensering-ngs
Servicefunktioner
● Sekvenseringsplattform: Illumina Novaseq.
● Amplifiering av korta regioner på 16s, 18s och dess bland andra förstärkningsmål.
● Flexibla val av amplikon.
● Tidigare projektupplevelse med flera förstärkningsmål.
Servicefördelar
●Isoleringsfri:Snabb identifiering av mikrobiell sammansättning i miljöprover.
●Höglös: I lågberoende komponenter i miljöprover.
●Allmänt tillämplig: Olika mikrobiella samhällsstudier.
●Omfattande bioinformatisk analys: Det senaste Qiime2 -paketet (kvantitativ insikt i mikrobiell ekologi) med olika analyser när det gäller databas, kommentar, OTU/ASV.
●Omfattande expertis: Med 150 tusen amplicon-sekvenseringsprojekt som genomförs årligen ger BMKGene över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt stöd efter försäljning.
Tjänstespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300k taggar (läs par) |
Servicekrav
| Koncentration (ng/ul) | Totalt belopp (ng) | Volym (ul) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1-2G
● Intestinal innehåll-djur: 0,5-2g
● Intestinalinnehåll-Insect: 0,1-0,25G
● Växtytan (anrikat sediment): 0,1-0,5g
● Fermenteringsbuljong Anrikat sediment): 0,1-0,5 g
● Avföring (stora djur): 0,5-2g
● Avföring (mus): 3-5 korn
● Pulmonal alveolär sköljvätska: Filterpapper
● Vaginal vattpinne: 5-6 vattpinnar
● Hud/könspinn/saliv/oral mjukvävnad/svalgpinne/rektal sipp: 2-3 vattpinnar
● Ytmikroorganismer: Filterpapper
● Waterbody/Air/Biofilm: Filterpapper
● Endofyter: 1-2G
● Dentalplack: 0,5-1g
Servicearbetsflöde
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Inkluderar följande analys:
- Rå datakvalitetskontroll
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- OTU -kommentar
- Alpha Diversity Analys: Flera index, inklusive Shannon, Simpson och Ace.
- Beta -mångfaldsanalys
- Intergruppsanalys
- Korrelationsanalys: Mellan miljöfaktorer och sammansättning och mångfald
- 16S funktionell genprognos
Histogram av taxonomisk distribution
taxonomisk mängd klustervärmekart
Alpha Diversity Analys: Rarefaction Curve
Beta mångfaldsanalys: NMDS
Intergruppsanalys: Lefse Biomarker Discovery
Utforska de framsteg som underlättas av BMKGenes amplicon -sekvenseringstjänster med Illumina genom en kuraterad samling publikationer.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia Ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetiska bakteriekonsortier transplantation för behandling av Gardnerella vaginalis-inducerad bakteriell vaginos hos möss', mikrobiom, 11 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. och Liu, H. (2022) 'Mikrobiom av luftdamm som samlats in under det markbaserade stängda bioregningserande livstödsexperimentet ”Lunar Palace 365”, miljömikrobiom, 17 (1), sid. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/siffror/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Foderberoende överflöd av funktionella gener relaterade till kvävtransformationskontrollerad kväveförlust vid kompostering', Bioresource Technology, 361, s. 127678. DOI: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
