-
Sequencing RNA inti tunggal
Ngembangkeun téknik néwak sél tunggal sareng téknik konstruksi perpustakaan khusus, ditambah ku sekuensing throughput tinggi, parantos ngarobih studi éksprési gén dina tingkat sél. Terobosan ieu ngamungkinkeun analisa anu langkung jero sareng langkung komprehensif ngeunaan populasi sél kompléks, ngatasi watesan anu aya hubunganana sareng ekspresi gen rata-rata dina sadaya sél sareng ngajaga heterogénitas anu leres dina populasi ieu. Bari sequencing RNA sél tunggal (scRNA-seq) boga kaunggulan undeniable, éta encounters tantangan dina jaringan tangtu dimana kreasi gantung sél tunggal kabukti hésé tur merlukeun sampel seger. Di BMKGene, urang ngatasi halangan ieu ku nawiskeun sekuen RNA inti tunggal (snRNA-seq) nganggo téknologi 10X Genomics Chromium canggih. Pendekatan ieu ngalegaan spéktrum sampel anu cocog pikeun analisis transkriptom dina tingkat sél tunggal.
Isolasi inti dilaksanakeun ngaliwatan chip 10X Genomics Chromium inovatif, nampilkeun sistem mikrofluidik dalapan saluran sareng pameuntasan ganda. Dina sistem ieu, manik gél anu ngandung barcode, primer, énzim, sareng inti tunggal dibungkus dina tetes minyak ukuran nanoliter, ngabentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Saatos formasi GEM, lisis sél sareng sékrési barkod lumangsung dina unggal GEM. Saterusna, molekul mRNA ngalaman transkripsi sabalikna kana cDNAs, incorporating 10X barkod jeung Unique Molecular Identifiers (UMIs). cDNAs ieu lajeng subjected kana konstruksi perpustakaan sequencing baku, facilitating hiji éksplorasi mantap tur komprehensif ngeunaan profil ekspresi gén dina tingkat sél tunggal.
Platform: 10 × Genomics Chromium sareng Platform Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomi spasial nyaéta téknologi canggih anu ngamungkinkeun panalungtik pikeun nalungtik pola éksprési gén dina jaringan bari ngajaga kontéks spasialna. Hiji platform kuat dina domain ieu 10x Genomics Visium gandeng jeung Illumina sequencing. Prinsip 10X Visium perenahna dina chip husus kalawan aréa newak ditunjuk dimana bagian jaringan disimpen. Wewengkon newak ieu ngandung bintik barcoded, masing-masing pakait sareng lokasi spasial unik dina jaringan. Molekul RNA anu kawengku tina jaringan teras dilabélan ku identifier molekular unik (UMI) salami prosés transkripsi sabalikna. Titik barcode sareng UMI ieu ngamungkinkeun pemetaan spasial anu tepat sareng kuantifikasi ekspresi gen dina resolusi sél tunggal. Kombinasi sampel spatially barcoded jeung UMIs ensures akurasi sarta spésifisitas data dihasilkeun. Ku ngagunakeun téknologi Transcriptomik Spatial ieu, panalungtik bisa meunangkeun pamahaman anu leuwih jero ngeunaan organisasi spasial sél jeung interaksi molekular kompléks nu lumangsung dina jaringan, nawarkeun wawasan invaluable kana mékanisme kaayaan prosés biologis dina sababaraha widang, kaasup onkologi, neurosains, biologi developmental, imunologi. , jeung studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium sareng Illumina NovaSeq
-
Full-Panjang mRNA Sequencing-Nanopore
Bari sequencing mRNA basis NGS mangrupakeun alat serbaguna pikeun quantifying éksprési gén, reliance on maca pondok ngawatesan efficacy na dina analisis transcriptomic kompléks. Di sisi anu sanés, urutan nanopore ngagunakeun téknologi anu dibaca panjang, ngamungkinkeun urutan transkrip mRNA panjangna. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gen, poli-adénilasi, sareng kuantifikasi isoform mRNA.
Nanopore sequencing, métode anu ngandelkeun nanopore molekul tunggal sinyal listrik real-time, nyadiakeun hasil sacara real-time. Dipandu ku protéin motor, DNA untaian ganda meungkeut kana protéin nanopore anu dipasang dina biofilm, ngaléngkah nalika ngaliwatan saluran nanopore dina bédana tegangan. Sinyal listrik has anu dihasilkeun ku basa anu béda dina untaian DNA dideteksi sareng diklasifikasikeun sacara real-time, ngagampangkeun urutan nukléotida anu akurat sareng kontinyu. pendekatan inovatif ieu overcomes watesan pondok-baca sarta nyadiakeun platform dinamis pikeun analisis génomik intricate, kaasup studi transcriptomic kompléks, kalawan hasil saharita.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Runtuyan mRNA panjangna pinuh -PacBio
Bari sequencing mRNA basis NGS mangrupakeun alat serbaguna pikeun quantifying éksprési gén, reliance on maca pondok ngawatesan pamakéan na dina analisis transcriptomic kompléks. Di sisi anu sanés, sekuen PacBio (Iso-Seq) ngagunakeun téknologi anu dibaca panjang, ngamungkinkeun urutan transkrip mRNA panjangna. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gen, sareng poli-adénilasi. Sanajan kitu, aya pilihan séjén pikeun kuantifikasi éksprési gén alatan jumlah tinggi data diperlukeun. Téknologi pangurutan PacBio ngandelkeun pangurutan molekul tunggal, real-time (SMRT), nyayogikeun kaunggulan anu béda dina nangkep transkrip mRNA panjangna. Pendekatan inovatif ieu ngalibatkeun ngagunakeun pandu gelombang mode nol (ZMWs) sareng sumur mikrofabrikasi anu ngamungkinkeun observasi sacara real-time tina aktivitas DNA polimérase salami sequencing. Dina ZMWs ieu, polimérase DNA PacBio nyintésis untaian pelengkap DNA, ngahasilkeun bacaan panjang anu ngalangkungan sakabéh transkrip mRNA. Operasi PacBio dina modeu Circular Consensus sequencing (CCS) ningkatkeun akurasi ku sababaraha kali ngaruntuykeun molekul anu sami. Bacaan HiFi anu dihasilkeun gaduh akurasi anu dibandingkeun sareng NGS, salajengna nyumbang kana analisis komprehensif sareng dipercaya fitur transkriptomi kompleks.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukariot mRNA Sequencing-NGS
Sequencing mRNA, téknologi serbaguna, nguatkeun profil komprehensif sadaya transkrip mRNA dina sél dina kaayaan spésifik. Kalayan aplikasi anu lega, alat canggih ieu ngungkabkeun profil ekspresi gen anu rumit, struktur gen, sareng mékanisme molekular anu aya hubunganana sareng prosés biologis anu rupa-rupa. Diadopsi sacara lega dina panalungtikan dasar, diagnostik klinis, sareng pamekaran ubar, sekuen mRNA nawiskeun wawasan ngeunaan seluk-beluk dinamika sélulér sareng régulasi genetik, nyababkeun rasa panasaran ngeunaan poténsina dina sagala rupa widang.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Non-Referensi dumasar mRNA Sequencing-NGS
Urutan mRNA nguatkeun profil komprehensif sadaya transkrip mRNA dina sél dina kaayaan khusus. Téknologi canggih ieu janten alat anu kuat, ngabuka profil éksprési gen anu rumit, struktur gen, sareng mékanisme molekular anu aya hubunganana sareng prosés biologis anu rupa-rupa. Diadopsi sacara lega dina panalungtikan dasar, diagnostik klinis, sareng pamekaran ubar, sekuen mRNA nawiskeun wawasan ngeunaan seluk-beluk dinamika sélulér sareng régulasi genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Panjang Non-coding Sequencing-Illumina
RNA non-coding panjang (lncRNAs) panjangna leuwih ti 200 nukléotida nu mibanda poténsi coding minimal tur mangrupakeun elemen pivotal dina non-coding RNA. Kapanggih dina inti sareng sitoplasma, RNA ieu maénkeun peran anu penting dina régulasi épigenetik, transkripsi, sareng pasca-transkripsi, negeskeun pentingna dina ngawangun prosés sélular sareng molekular. Urutan LncRNA mangrupikeun alat anu kuat dina diferensiasi Sél, Ontogenesis, sareng Panyakit Manusa.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Leutik RNA Sequencing-Illumina
Molekul RNA leutik (sRNA), ngawengku microRNAs (miRNAs), RNA interfering leutik (siRNAs), jeung piwi-interacting RNAs (piRNAs). Diantara ieu, miRNAs, panjangna kira-kira 18-25 nukléotida, hususna penting pikeun peran pangaturan pivotal maranéhanana dina sagala rupa prosés sélular. Kalayan pola ekspresi spésifik jaringan sareng spésifik panggung, miRNA nunjukkeun konservasi anu luhur pikeun spésiés anu béda.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Sirkuler RNA sequencing (circRNA-seq) nyaéta pikeun profil jeung nganalisis RNA sirkular, kelas molekul RNA nu ngabentuk loop katutup alatan kajadian splicing non-kanonik, nyadiakeun RNA ieu kalawan ngaronjat stabilitas. Bari sababaraha circRNAs geus ditémbongkeun meta salaku spons microRNAs, sequestering microRNAs sarta nyegah eta tina régulasi target mRNAs maranéhanana, circRNAs séjén bisa interaksi jeung protéin, modulate ekspresi gén, atawa boga peran dina prosés sélular. Analisis éksprési circRNA masihan wawasan kana peran pangaturan molekul ieu sareng pentingna dina sagala rupa prosés sélulér, tahap pangembangan, sareng kaayaan panyakit, nyumbang kana pamahaman anu langkung jero ngeunaan pajeulitna régulasi RNA dina kontéks éksprési gén.
-
Sakabeh Transcriptome Sequencing - Illumina
Sequencing transcriptome sakabeh nawiskeun pendekatan komprehensif pikeun profil molekul RNA rupa-rupa, ngawengku coding (mRNA) jeung RNA non-coding (lncRNA, circRNA, sarta miRNA). Téhnik ieu ngarebut sakabéh transkriptom sél husus dina momen nu tangtu, sahingga pikeun pamahaman holistik prosés sélular. Ogé kawanoh salaku "total RNA sequencing," éta boga tujuan pikeun unveil jaringan pangaturan intricate dina tingkat transcriptome, sangkan analisis di-jero kayaning competing RNA endogenous (ceRNA) jeung analisis RNA gabungan. Ieu nandaan léngkah awal pikeun karakterisasi fungsional, khususna dina ngabongkar jaringan pangaturan anu ngalibetkeun interaksi ceRNA basis circRNA-miRNA-mRNA.
