-
Metagénomic Sequencing -NGS
Metagenom nyaéta kumpulan tina total bahan genetik tina komunitas campuran organisme, sapertos metagenom lingkungan sareng manusa. Éta ngandung génom mikroorganisme anu tiasa dibudidayakeun sareng henteu tiasa dibudidayakeun. Shotgun metagénomic sequencing kalawan NGS ngamungkinkeun ulikan bentang génomik intricate ieu study dina sampel lingkungan ku nyadiakeun leuwih ti profil taksonomi, masihan ogé wawasan granular kana diversity spésiés, dinamika kaayaanana, jeung struktur populasi kompléks. Saluareun studi taksonomi, metagenomics shotgun ogé nawiskeun sudut pandang génomics fungsional, ngamungkinkeun eksplorasi gén disandikeun sareng peran putativena dina prosés ékologis. Tungtungna, ngadegna jaringan korelasi antara elemen genetik jeung faktor lingkungan nyumbang ka pamahaman holistik tina interplay intricate antara komunitas mikroba jeung kasang tukang ékologis maranéhanana. Dina kacindekan, sequencing metagénomic nangtung salaku alat pivotal pikeun unraveling intricacies génomik rupa-rupa komunitas mikroba, illuminating hubungan multifaceted antara genetik jeung ékologi dina ekosistem kompléks ieu.
Platform: Illumina NovaSeq sareng DNBSEQ-T7
-
Metagénomic Sequencing-TGS
Metagenom nyaéta kumpulan bahan genetik tina komunitas campuran organisme, sapertos metagénom lingkungan sareng manusa. Éta ngandung génom mikroorganisme anu tiasa dibudidayakeun sareng henteu tiasa dibudidayakeun. Sequencing metagénomic ngamungkinkeun ulikan bentang génomik intricate ieu study dina sampel ékologis ku nyadiakeun leuwih ti profil taksonomi. Éta ogé nawiskeun sudut pandang génomics fungsional ku ngajalajah gén anu disandikeun sareng peran putativena dina prosés lingkungan. Bari pendekatan shotgun tradisional jeung Illumina sequencing geus loba dipaké dina studi metagénomic, mecenghulna Nanopore na PacBio lila-baca sequencing geus robah widang. Téknologi Nanopore sareng PacBio ningkatkeun analisis bioinformatik hilir, khususna rakitan metagénome, mastikeun rakitan langkung kontinyu. Laporan nunjukkeun yén metagenomics basis Nanopore sareng PacBio parantos hasil ngahasilkeun génom baktéri lengkep sareng ditutup tina mikrobiom kompléks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ngahijikeun bacaan Nanopore sareng bacaan Illumina nyayogikeun pendekatan strategis pikeun koréksi kasalahan, ngirangan akurasi rendah alami Nanopore. Kombinasi sinergis ieu ngamangpaatkeun kakuatan unggal platform sequencing, nawiskeun solusi anu kuat pikeun ngatasi watesan poténsial sareng ningkatkeun katepatan sareng réliabilitas analisa metagénomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia sareng PacBio Revio
-
Urutan génom bisulfit sakabeh (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nangtung salaku metodologi standar emas pikeun éksplorasi jero métilasi DNA, khususna posisi kalima dina sitosin (5-mC), régulator pivotal éksprési gén sareng kagiatan sélular. Prinsip dasar WGBS ngalibatkeun perlakuan bisulfit, inducing konversi sitosin unmethylated kana uracil (C ka U), bari ninggalkeun sitosin methylated unchanged. Téhnik ieu nawiskeun résolusi basis tunggal, ngamungkinkeun para panalungtik pikeun nalungtik sacara komprehensif métilome sareng mendakan pola métilasi abnormal anu aya hubunganana sareng sagala rupa kaayaan, khususna kanker. Ku ngagunakeun WGBS, para ilmuwan tiasa nampi wawasan anu teu aya tandinganana kana bentang métilasi génom-lega, nyayogikeun pamahaman anu bernuansa mékanisme épigénétik anu ngadasarkeun prosés biologis anu rupa-rupa sareng panyakit.
-
Assay pikeun Transposase-Accessible Chromatin sareng High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq mangrupikeun téknik pangurutan throughput tinggi anu dianggo pikeun analisa aksés kromatin lega génom. Pamakéanna nyayogikeun pamahaman anu langkung jero ngeunaan mékanisme kompleks kontrol epigenetik global pikeun éksprési gén. Métodena ngagunakeun transposase Tn5 hiperaktif pikeun sakaligus ngabagi sareng tag wewengkon kromatin kabuka ku cara nyelapkeun adaptor pangurutan. Hasil amplifikasi PCR saterusna nyiptakeun perpustakaan sequencing, anu ngamungkinkeun pikeun idéntifikasi komprehensif wewengkon kromatin kabuka dina kaayaan spasi-waktu husus. ATAC-seq nyayogikeun pandangan holistik ngeunaan bentang kromatin anu tiasa diaksés, teu sapertos metodeu anu ngan ukur difokuskeun kana situs beungkeutan faktor transkripsi atanapi daérah anu dirobih histone. Ku sequencing wewengkon kromatin kabuka ieu, ATAC-seq ngungkabkeun wewengkon nu leuwih gampang pikeun urutan pangaturan aktip tur poténsi situs mengikat faktor transkripsi, nawarkeun wawasan berharga kana modulasi dinamis ekspresi gén sakuliah génom.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gén 16S jeung 18S rRNA, babarengan jeung wewengkon Internal Transcribed Spacer (ITS), jadi spidol sidik sidik molekuler pivotal alatan kombinasi maranéhanana wewengkon kacida konservasi jeung hyper-variabel, nyieun eta alat invaluable pikeun characterizing organisme prokariot jeung eukariot. Amplifikasi sareng urutan daérah ieu nawiskeun pendekatan bébas isolasi pikeun nalungtik komposisi mikroba sareng karagaman dina sagala rupa ékosistem. Bari sequencing Illumina ilaharna nargétkeun wewengkon hypervariable pondok kawas V3-V4 of 16S na ITS1, éta geus nunjukkeun yén annotation taksonomi unggul bisa dihontal ku sequencing panjang pinuh ku 16S, 18S, sarta ITS. Pendekatan komprehensif ieu ngahasilkeun persentase anu langkung luhur tina urutan anu diklasifikasikeun sacara akurat, ngahontal tingkat résolusi anu dugi ka idéntifikasi spésiés. Platform pangurutan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio nangtung ku cara nyayogikeun bacaan panjang (HiFi) anu akurat pisan anu nutupan amplikon panjang pinuh, nandingan akurasi pangurutan Illumina. Kamampuhan ieu ngamungkinkeun para panalungtik pikeun ngahontal kaunggulan anu teu aya tanding - pandangan panorama bentang genetik. Cakupan anu diperpanjang sacara signifikan ningkatkeun résolusi dina anotasi spésiés, khususna dina komunitas baktéri atanapi jamur, ngamungkinkeun pamahaman anu langkung jero ngeunaan seluk-beluk populasi mikroba.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sequencing Amplicon sareng téknologi Illumina, khusus nargétkeun spidol genetik 16S, 18S, sareng ITS, mangrupikeun metode anu kuat pikeun ngabongkar filogéni, taksonomi, sareng kaayaanana spésiés dina komunitas mikroba. Pendekatan ieu ngalibatkeun sequencing wewengkon hypervariable of housekeeping spidol genetik. Asalna diwanohkeun salaku sidik molekular kuWoeses et aldina 1977, téhnik ieu geus revolutionized profil microbiome ku sangkan nganalisa isolasi-gratis. Ngaliwatan runtuyan 16S (baktéri), 18S (jamur), jeung Internal Transkripsi Spacer (ITS, fungi), panalungtik bisa ngaidentipikasi teu ngan spésiés loba pisan tapi ogé langka tur unidentified. Diadopsi sacara lega salaku alat pivotal, sekuen amplicon parantos janten instrumental pikeun ngabédakeun komposisi mikroba diferensial dina rupa-rupa lingkungan, kalebet sungut manusa, peujit, bangku, sareng saluareun.
-
Baktéri sarta jamur sakabeh Génom Re-Sequencing
Proyék pangurutan ulang sakabeh génom baktéri sareng jamur penting pikeun ngamajukeun génom mikroba ku cara ngarengsekeun sareng ngabandingkeun génom mikroba. Ieu ngagampangkeun rékayasa fermentasi, optimasi prosés industri, sareng eksplorasi jalur métabolisme sekundér. Salajengna, sekuen ulang jamur sareng baktéri penting pisan pikeun ngartos adaptasi lingkungan, ngaoptimalkeun galur, sareng ngungkabkeun dinamika évolusi genetik, kalayan implikasi anu lega dina ubar, tatanén, sareng élmu lingkungan.
-
PacBio-Panjangna 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Platform Amplicon (16S / 18S / ITS) dikembangkeun kalayan pangalaman mangtaun-taun dina analisis proyék keragaman mikroba, anu ngandung analisa dasar standarisasi sareng analisa pribadi: analisis dasar nyertakeun eusi analisis arus utama panalungtikan mikroba ayeuna, eusi analisa beunghar sareng komprehensif, jeung hasil analisis dipidangkeun dina wangun laporan proyék; Eusi analisis pribadi rupa-rupa. Sampel tiasa dipilih sareng parameter tiasa diatur sacara fleksibel dumasar kana laporan analisis dasar sareng tujuan panalungtikan, pikeun ngawujudkeun syarat pribadi. sistem operasi Windows, basajan tur gancang.
-
PacBio-Transkriptom Panjang lengkep (Non-Referensi)
Nyandak data urutan Isoform Pasifik (PacBio) salaku input, Aplikasi ieu tiasa ngaidentipikasi sekuen transkrip panjangna (tanpa assembly). Ku pemetaan runtuyan full-panjang ngalawan génom rujukan, transkrip bisa dioptimalkeun ku gén dipikawanoh, transkrip, wewengkon coding, jsb Dina hal ieu, idéntifikasi leuwih akurat struktur mRNA, kayaning splicing alternatif, jsb, bisa dihontal. Analisis gabungan sareng data sekuensing transkrip NGS ngamungkinkeun anotasi anu langkung komprehensif sareng kuantitas anu langkung akurat dina ekspresi dina tingkat transkrip, anu sabagéan ageung pedah éksprési diferensial hilir sareng analisis fungsional.
-
Ngurangan Representasi Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ngurangan Répréséntasi Bisulfite Sequencing (RRBS) geus mecenghul salaku alternatif ongkos-éféktif jeung efisien keur sakabeh Génom Bisulfite Sequencing (WGBS) dina panalungtikan DNA methylation. Bari WGBS nyadiakeun wawasan komprehensif ku examining sakabéh génom dina resolusi basa tunggal, ongkos tinggi na bisa jadi faktor ngawatesan. RRBS sacara strategis ngirangan tantangan ieu ku cara nganalisa sacara selektif sabagian wawakil génom. Métodologi ieu ngandelkeun pengayaan daérah anu beunghar pulo CpG ku belahan MspI dituturkeun ku pilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatna, ngan wewengkon proksimal ka pulo CpG nu diurutkeun, sedengkeun nu mibanda pulo CpG jauh teu kaasup ti analisis. Prosés ieu, digabungkeun jeung sequencing bisulfite, ngamungkinkeun pikeun deteksi resolusi luhur methylation DNA, sarta pendekatan sequencing, PE150, museurkeun husus dina tungtung inserts tinimbang tengah, ngaronjatkeun efisiensi profil methylation. RRBS mangrupikeun alat anu teu ternilai anu ngamungkinkeun panalungtikan métilasi DNA biaya-éféktif sareng ningkatkeun pangaweruh mékanisme epigenetik.
-
Urutan RNA Prokariot
Urutan RNA nguatkeun profil komprehensif sadaya transkrip RNA dina sél dina kaayaan spésifik. Téknologi canggih ieu janten alat anu kuat, ngabuka profil éksprési gen anu rumit, struktur gen, sareng mékanisme molekular anu aya hubunganana sareng prosés biologis anu rupa-rupa. Diadopsi sacara lega dina panalungtikan dasar, diagnostik klinis, sareng pamekaran ubar, sekuen RNA nawiskeun wawasan ngeunaan intricacies dinamika sélulér sareng régulasi genetik. Pangolahan sampel RNA prokariot kami disaluyukeun pikeun transkriptom prokariot, ngalibetkeun deplesi rRNA sareng persiapan perpustakaan arah.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Sequencing Metatranscriptome
Ngamangpaatkeun téknologi pangurutan Illumina, jasa pangurutan metatranscriptome BMKGENE ngungkabkeun éksprési gen dinamis tina rupa-rupa mikroba, ngawengku eukariot nepi ka prokariot jeung virus, dina lingkungan alam saperti taneuh, cai, laut, tai, jeung peujit. Ladenan komprehensif kami nguatkeun panalungtik pikeun neuleuman profil ekspresi gen lengkep komunitas mikroba kompleks. Saluareun analisa taksonomi, jasa urutan metatranscriptome kami ngagampangkeun éksplorasi kana pengayaan fungsional, nyéépkeun gén anu dibédakeun sareng peranna. Teangan kabeungharan wawasan biologis nalika anjeun nganapigasi bentang kompleks éksprési gen, karagaman taksonomi, sareng dinamika fungsional dina relung lingkungan anu rupa-rupa ieu.
-
Majelis Génom Jamur De novo
BMKGENE nawarkeun solusi serbaguna pikeun génom jamur, catering ka rupa-rupa kaperluan panalungtikan sarta completeness génom dipikahoyong. Ngamangpaatkeun runtuyan Illumina pondok-baca nyalira ngamungkinkeun generasi draf génom. Maca pondok sareng sekuen anu dibaca panjang nganggo Nanopore atanapi Pacbio digabungkeun pikeun génom jamur anu langkung saé kalayan kontig anu langkung panjang. Sumawona, ngahijikeun urutan Hi-C langkung ningkatkeun kamampuan, ngamungkinkeun pikeun ngahontal génom tingkat kromosom lengkep.
