-
Interaksi Kromatin dumasar Hi-C
Hi-C mangrupikeun padika anu dirancang pikeun moto konfigurasi génomik ku ngagabungkeun interaksi dumasar-deukeut probing sareng urutan throughput tinggi. Metoda ieu dumasar kana crosslinking kromatin jeung formaldehida, dituturkeun ku nyerna jeung re-ligation ku cara nu ngan fragmen nu kovalén numbu bakal ngabentuk produk ligation. Ku sequencing produk ligation ieu, kasebut nyaéta dimungkinkeun pikeun diajar organisasi 3D génom. Hi-C ngamungkinkeun pikeun diajar distribusi porsi génom anu dibungkus enteng (kompartemen A, euchromatin) sareng langkung dipikaresep janten transkripsi aktip, sareng daérah anu langkung caket (kompartemen B, Heterochromatin). Hi-C ogé bisa dipaké pikeun nangtukeun Topologically Associated Domains (TADs), wewengkon génom nu mibanda struktur lipet jeung kamungkinan mibanda pola ekspresi nu sarupa, sarta pikeun ngaidentipikasi loop kromatin, wewengkon DNA nu anchored babarengan ku protéin jeung nu. mindeng enriched dina elemen pangaturan. Ladenan urutan Hi-C BMKGene nguatkeun panalungtik pikeun ngajalajah dimensi spasial génomics, muka jalan anyar pikeun ngarti régulasi génom sareng implikasina dina kaséhatan sareng panyakit.
-
Urutan Immunoprecipitation Kromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) mangrupikeun téknik anu ngungkit antibodi pikeun sacara selektif ngabeungharan protéin anu ngariung DNA sareng targét génomik anu saluyu. Integrasina sareng NGS ngamungkinkeun profiling génom-lega tina target DNA anu aya hubunganana sareng modifikasi histone, faktor transkripsi, sareng protéin anu ngariung DNA sanés. Pendekatan dinamis ieu ngamungkinkeun ngabandingkeun situs ngariung dina rupa-rupa jinis sél, jaringan, atanapi kaayaan. Aplikasi ChIP-Seq ngalangkungan diajar régulasi transkripsi sareng jalur pangembangan pikeun ngajelaskeun mékanisme panyakit, ngajantenkeun éta alat anu penting pikeun ngartos bentang régulasi génomik sareng ngamajukeun wawasan terapi.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Urutan génom bisulfit sakabeh (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nangtung salaku metodologi standar emas pikeun éksplorasi jero métilasi DNA, khususna posisi kalima dina sitosin (5-mC), régulator pivotal éksprési gén sareng kagiatan sélular. Prinsip dasar WGBS ngalibatkeun perlakuan bisulfit, inducing konversi sitosin unmethylated kana uracil (C ka U), bari ninggalkeun sitosin methylated unchanged. Téhnik ieu nawiskeun résolusi basis tunggal, ngamungkinkeun para panalungtik pikeun nalungtik sacara komprehensif métilome sareng mendakan pola métilasi abnormal anu aya hubunganana sareng sagala rupa kaayaan, khususna kanker. Ku ngagunakeun WGBS, para ilmuwan tiasa nampi wawasan anu teu aya tandinganana kana bentang métilasi génom-lega, nyayogikeun pamahaman anu bernuansa mékanisme épigénétik anu ngadasarkeun prosés biologis anu rupa-rupa sareng panyakit.
-
Assay pikeun Transposase-Accessible Chromatin sareng High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq mangrupikeun téknik pangurutan throughput tinggi anu dianggo pikeun analisa aksés kromatin lega génom. Pamakéanna nyayogikeun pamahaman anu langkung jero ngeunaan mékanisme kompleks kontrol epigenetik global pikeun éksprési gén. Métodena ngagunakeun transposase Tn5 hiperaktif pikeun sakaligus ngabagi sareng tag wewengkon kromatin kabuka ku cara nyelapkeun adaptor pangurutan. Hasil amplifikasi PCR saterusna nyiptakeun perpustakaan sequencing, anu ngamungkinkeun pikeun idéntifikasi komprehensif wewengkon kromatin kabuka dina kaayaan spasi-waktu husus. ATAC-seq nyayogikeun pandangan holistik ngeunaan bentang kromatin anu tiasa diaksés, teu sapertos metodeu anu ngan ukur difokuskeun kana situs beungkeutan faktor transkripsi atanapi daérah anu dirobih histone. Ku sequencing wewengkon kromatin kabuka ieu, ATAC-seq ngungkabkeun wewengkon nu leuwih gampang pikeun urutan pangaturan aktip tur poténsi situs mengikat faktor transkripsi, nawarkeun wawasan berharga kana modulasi dinamis ekspresi gén sakuliah génom.
-
Ngurangan Representasi Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ngurangan Répréséntasi Bisulfite Sequencing (RRBS) geus mecenghul salaku alternatif ongkos-éféktif jeung efisien keur sakabeh Génom Bisulfite Sequencing (WGBS) dina panalungtikan DNA methylation. Bari WGBS nyadiakeun wawasan komprehensif ku examining sakabéh génom dina resolusi basa tunggal, ongkos tinggi na bisa jadi faktor ngawatesan. RRBS sacara strategis ngirangan tantangan ieu ku cara nganalisa sacara selektif sabagian wawakil génom. Métodologi ieu ngandelkeun pengayaan daérah anu beunghar pulo CpG ku belahan MspI dituturkeun ku pilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatna, ngan wewengkon proksimal ka pulo CpG nu diurutkeun, sedengkeun nu mibanda pulo CpG jauh teu kaasup ti analisis. Prosés ieu, digabungkeun jeung sequencing bisulfite, ngamungkinkeun pikeun deteksi resolusi luhur methylation DNA, sarta pendekatan sequencing, PE150, museurkeun husus dina tungtung inserts tinimbang tengah, ngaronjatkeun efisiensi profil methylation. RRBS mangrupikeun alat anu teu ternilai anu ngamungkinkeun panalungtikan métilasi DNA biaya-éféktif sareng ningkatkeun pangaweruh mékanisme epigenetik.
