Peta panas
Alat Heatmap nampi file data matriks salaku input sareng ngamungkinkeun pangguna pikeun nyaring, normalisasi sareng data klaster. Kasus pamakean utama pikeun peta panas nyaéta analisis klaster tingkat éksprési gén antara sampel anu béda.
Anotasi Gene
Alat Gene Annotation ngalaksanakeun anotasi gén dumasar kana urutan alignment tina input file FASTA kana sababaraha database.
Alat Pilarian Alignment Lokal Dasar (BLAST)
Alat BLAST mangrupikeun versi terpadu BMKCloud tina NCBI BLAST sareng tiasa dianggo pikeun ngalakukeun fungsi anu sami nganggo data anu diunggah ka akun BMKCloud.
CDS_UTR Prediksi
Alat Prediksi CDS_UTR dirancang pikeun ngaramalkeun wilayah coding (CDS) sareng wilayah non-coding (UTR) dina sekuen transkrip anu dipasihkeun dumasar kana hasil BLAST ngalawan pangkalan data protéin anu dipikanyaho sareng hasil prediksi ORF.
Manhattan Plot
Alat Manhattan Plot ngamungkinkeun tampilan ékspérimén sampel anu luhur sareng biasa dianggo dina studi asosiasi genom-lega (GWAS).
Diagram Circos
Alat Diagram CIRCOS nyadiakeun visualisasi efisien kumaha fitur génomik disebarkeun sakuliah génom. Fitur umum kaasup loci kuantitatif, SNPs, InDels, struktural jeung varian nomer salinan.
Gene Ontology (GO) Pengayaan
Alat GO Pengayaan nyadiakeun analisis pengayaan fungsional. Parangkat lunak primér dina alat ieu nyaéta pakét TopGO-Bioconductor, anu kalebet analisis éksprési diferensial, analisis pengayaan GO sareng visualisasi hasil.
Analisis Jaringan Ko-ekspresi Gene Weighted (WGCNA)
WGCNA mangrupikeun metode pertambangan data anu seueur dianggo pikeun mendakan modul ko-ekspresi gén. Éta tiasa dianggo pikeun sababaraha set data éksprési kalebet data éksprési gén microarray sareng NGS.
InterProScan
Alat InterProScan nyadiakeun analisis jeung klasifikasi runtuyan protéin InterPro.
GO KEGG Pengayaan
Alat Pengayaan GO KEGG dirancang pikeun ngahasilkeun histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG sareng jalur pengayaan KEGG dumasar kana set gen anu disayogikeun sareng anotasi anu cocog.