Tutuwuhan / Sato De Novo Génom Sequencing
De Novosequencing nujul kana pangwangunan sakabéh génom spésiés ngagunakeun téhnologi sequencing dina henteuna génom rujukan. Perkenalan sareng adopsi nyebar tina urutan generasi katilu, anu nampilkeun bacaan anu langkung panjang, parantos ningkat sacara signifikan rakitan génom ku ningkatkeun tumpang tindihna antara bacaan. Ningkatkeun ieu hususna penting nalika nanganan génom anu nangtang, sapertos anu nunjukkeun hétérozigositas anu luhur, rasio anu luhur pikeun régional repetitive, polyploids, sareng daérah anu unsur repetitive, eusi GC abnormal, atanapi pajeulitna anu luhur anu biasana kirang dirakit nganggo sekuen anu dibaca pondok. nyalira.
Solusi hiji-eureun kami nyayogikeun jasa urutan terintegrasi sareng analisa bioinformatik anu nganteurkeun génom dirakit de novo kualitas luhur. Survei génom awal sareng Illumina nyayogikeun perkiraan ukuran sareng pajeulitna génom, sareng inpormasi ieu dianggo pikeun nungtun léngkah salajengna tina sekuen anu dibaca panjang sareng PacBio HiFi, dituturkeun kude novoassembly of contigs. Pamakéan salajengna tina rakitan HiC ngamungkinkeun anchoring tina contigs kana génom, meunangkeun rakitan tingkat kromosom. Tungtungna, génom ieu annotated ku prediksi gén jeung ku sequencing gén dikedalkeun, resorting ka transcriptomes kalawan pondok tur panjang dibaca.
Fitur Service
● Integrasi sababaraha sequencing sareng jasa bioinformatik dina solusi anu eureun:
Survey génom sareng Illumina pikeun ngira-ngira ukuran génom sareng pituduh léngkah-léngkah salajengna;
Panjang maca sequencing pikeunde novoassembly of contigs;
Sequencing Hi-C pikeun anchoring kromosom;
urutan mRNA pikeun anotasi gén;
Validasi tina rakitan.
● Service cocog pikeun ngawangun génom novel atawa perbaikan génom rujukan aya pikeun spésiés dipikaresep.
Kaunggulan Service
Ngembangkeun platform sequencing sareng bioinformatika dide novoassembly génom
(Amarasinghe SL et al.,Génom Biologi, 2020)
●Kaahlian éksténsif jeung Rékam Publikasi: BMKGene geus akumulasi pangalaman masif dina assembly génom kualitas luhur rupa-rupa spésiés, kaasup génom diploid jeung génom kacida kompléks polyploid jeung spésiés allopolyploid. Kusabab 2018, kami parantos nyumbang kana langkung300 publikasi dampak luhur, sareng 20+ di antarana diterbitkeun dina Nature Genetics.
● Hiji-eureun Solusi: pendekatan terpadu kami ngagabungkeun sababaraha téknologi sequencing jeung analisa bioinformatic kana workflow cohesive, delivering hiji kualitas luhur dirakit génom.
●Disesuaikeun jeung kabutuhan Anjeun: Alur kerja jasa kami tiasa disaluyukeun, ngamungkinkeun adaptasi pikeun génom kalayan fitur anu rupa-rupa sareng kabutuhan panalungtikan khusus. Ieu ngawengku nampung génom raksasa, génom polyploid, génom kacida hétérozigot, sareng nu sanesna.
●Tim Bioinformatika sareng Laboratorium Terampil Tinggi: kalawan pangalaman hébat dina duanana ékspérimén jeung bioinformatics hareup rakitan génom kompléks jeung runtuyan patén-patén jeung hak cipta software.
●Dukungan Pasca Penjualan:Komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalayan periode jasa saatos-jualan 3-bulan. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.
Spésifikasi Service
| survey génom | Rakitan génom | Kromosom-tingkat | Anotasi Génom |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi berbunyi | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opsional) Panjang pinuh RNA-seq PacBio 40 Gb atawa Nanopore 12 Gb |
Sarat Service
Pikeun Survey Genom, Majelis Genom sareng Majelis Hi-C:
| Tissue atanapi sasari asam nukléat | Survey génom | Majelis Génom sareng PacBio | Hi-C Majelis |
| Sato Viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Otot sasatoan | ≥ 5 g | ||
| Getih Mamalia | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Getih Unggas/Lauk | ≥ 0,5 ml | ||
| Tutuwuhan- Daun seger | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Sél Kultur |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Serangga | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA diekstrak | Konsentrasi: ≥1 ng/µL Jumlah ≥ 30 ng Kawates atanapi henteu degradasi atanapi kontaminasi | Konsentrasi: ≥ 50 ng/µL Jumlah: 10 µg / sél aliran / sampel OD260/280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1,8-2,5 Kawates atanapi henteu degradasi atanapi kontaminasi |
-
|
Pikeun anotasi Génom sareng transkriptomics:
| Tissue atanapi sasari asam nukléat | Illumina Transcriptome | PacBio Transcriptome | Transkriptom Nanopore |
| Tutuwuhan- Akar / Batang / Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Tutuwuhan - Daun/Biji | 300 mg | 300 mg | |
| Tutuwuhan - Buah | 1,2 g | 1,2 g | |
| Sato Jantung / peujit | 300 mg | 300 mg | |
| Sato Viscera / Otak | 240 mg | 240 mg | |
| Otot sasatoan | 450 mg | 450 mg | |
| Tulang Sato/Bulu/Kulit | 1 g | 1 g | |
| Artropoda - Serangga | 6 | 6 | |
| Artropoda - Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Getih sakabeh | 1 pipah | 1 pipah | |
| RNA diekstrak | Konsentrasi: ≥ 20 ng/µL Jumlah ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/µL Jumlah ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/µL Jumlah ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
(Kanggo sabagéan ageung conto, kami nyarankeun henteu ngawétkeun étanol.)
Labeling Sampel: Sampel kedah dilabélan jelas sareng sami sareng formulir inpormasi sampel anu dikirimkeun.
Kiriman: Garing-és: Sampel kedah dibungkus heula dina kantong sareng dikubur dina és garing.
Alur gawé
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
ékstraksi DNA
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
Analisis bioinformatic lengkep, dipisahkeun dina 4 léngkah:
1) survéy génom, dumasar kana analisis k-mer kalawan NGS berbunyi:
Estimasi ukuran génom
Estimasi heterozygosity
Estimasi wewengkon repetitive
2) Majelis Génom sareng PacBio HiFi:
De novorakitan
Penilaian Majelis: kalebet analisa BUSCO pikeun lengkep génom sareng pemetaan deui NGS sareng PacBio HiFi maca
3) Hi-C assembly:
Hi-C perpustakaan QC: estimasi interaksi Hi-C valid
Hi-C assembly: clustering of contigs dina grup, dituturkeun ku contig susunan dina unggal grup na assigning contig orientasi
Evaluasi Hi-C
4) Anotasi génom:
Prediksi RNA non-coding
Idéntifikasi runtuyan repetitive (transposon sareng tandem repeats)
prediksi gén
§De novo: ab initio algoritma
§ Dumasar homologi
§ Dumasar transkriptom, kalayan dibaca panjang sareng pondok: dibaca nyaétade novodirakit atawa dipetakeun kana draf génom
§ Anotasi gén anu diprediksi sareng sababaraha pangkalan data
1) Génom Survey- analisis k-mer
2) Majelis Génom
2) Majelis Génom - PacBio HiFi maca pemetaan pikeun draft assembly
2) Hi-C Majelis - estimasi Hi-C pasangan interaksi valid
3) Hi-C evaluasi Post-assembly
4) Génom Annotation - integrasi gén diprediksi
4) Anotasi génom - anotasi gén anu diprediksi
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa perakitan génom de novo BMKGene ngalangkungan koleksi publikasi anu disusun:
Li, C. et al. (2021) 'Sekuen génom nembongkeun rute panyebaran global sareng nyarankeun adaptasi genetik konvergen dina évolusi kuda laut', Nature Communications, 12(1). Doi: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Parobihan Kromosom Skala Besar Ngaakibatkeun Parobahan Éksprési Tingkat Génom, Adaptasi Lingkungan, sareng Spesiasi dina Gayal (Bos frontalis)', Biologi Molekul sareng Évolusi, 40(1). doi: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Pangumpulan génom sareng dissection genetik tina germplasm jagung tahan halodo anu menonjol', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. Doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Nungkabkeun évolusi biosintésis alkaloid tropana ku nganalisis dua génom dina kulawarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. Doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Studi kasus anu nangtang:
Rakitan telomere-to-telomere:Fu, A. dkk. (2023) 'Telomere-to-telomere génom assembly of melon pait (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) nembongkeun ngembangkeun buah, komposisi jeung ripening ciri genetik', Panalungtikan Hortikultura, 10 (1). doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Majelis Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Génom anu ditetepkeun alél nembongkeun diferensiasi bialél nalika évolusi singkong', Tutuwuhan Molekul, 14(6), kaca 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Rakitan génom raksasa:Yuan, J. et al. (2022) 'Dasar génomik tina giga-kromosom jeung giga-génome tina tangkal peony Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1–16. Doi: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Majelis génom polyploid:Zhang, Q. dkk. (2022) 'Wawasan génomik kana réduksi kromosom panganyarna tina autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885-896. Doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
