PacBio 2 + 3 Leyuran mRNA Full-Panjang
Fitur
● Desain ulikan:
Sampel pooled diurutkeun sareng PacBio pikeun ngaidentipikasi isoform transkrip
Sampel misah (ulangan sareng kaayaan anu kedah diuji) diurutkeunNGS pikeun ngitung éksprési transkrip
● PacBio sequencing dina modeu CCS, ngahasilkeun HiFi dibaca
● Sequencing tina transkrip pinuh-panjangna
● Analisis teu merlukeun génom rujukan; kumaha oge, eta bisa jadi padamelan
● Analisis bioinformatic ngawengku lain ukur éksprési dina tingkat gén jeung isoform tapi ogé analisis lncRNA, fusi gén, poli-adénilasi, jeung struktur gén.
Kaunggulan
● Akurasi Luhur: HiFi maca kalawan akurasi> 99,9% (Q30), comparable mun NGS
● Analisis Splicing Alternatif: sequencing sadaya transkrip ngamungkinkeun idéntifikasi jeung characterization isoform.
● Kombinasi PacBio jeung NGS Kakuatan: ngamungkinkeun kuantifikasi ekspresi dina tingkat isoform, unveiling parobahan nu bisa masked nalika analisa sakabeh ekspresi gén
● Kaahlian éksténsif: kalawan catetan lagu completing leuwih 1100 PacBio pinuh-panjangna transcriptome proyék jeung ngolah leuwih 2300 sampel, tim kami brings kabeungharan pangalaman ka unggal proyék.
● Rojongan Post-Penjualan: komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalawan 3-bulan periode jasa sanggeus-diobral. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.
Syarat Sampel sareng Pangiriman
| Perpustakaan | Stratégi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
| PolyA enriched perpustakaan mRNA CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A enriched | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukléotida
|
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| Perpustakaan Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Pikeun tutuwuhan: RIN≥4.0; Pikeun sato: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar |
| perpustakaan PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Tutuwuhan: RIN≥7.5 Sasatoan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pangiriman:
1. Garing-és:Sampel kedah dibungkus dina kantong sareng dikubur dina és garing.
2. tabung RNAstable: sampel RNA bisa garing dina tube stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) jeung shipped dina suhu kamar.
Ngawengku analisis di handap ieu:
Kontrol kualitas data atah
Analisis Poliadénilasi Alternatif (APA)
Analisis transkrip fusi
Analisis Splicing Alternatif
Analisis Patokan Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analisis transkrip novel: prediksi urutan coding (CDS) sareng anotasi fungsional
Analisis lncRNA: prediksi lncRNA sareng target
Idéntifikasi Mikrosatelit (SSR)
Analisis Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Analisis Differentially Expressed Gén (DEGs).
annotation fungsi DEGs na DETs
analisis BUSCO
Analisis Splicing Alternatif
Analisis Poliadénilasi Alternatif (APA)
Differentially Expressed Gén (DEGs) jeung Transkrip (DETs9 anlaysis
Jaringan interaksi Protéin-Protéin DET sareng DEG
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku BMKGene's PacBio 2+3 full-length mRNA sequencing ngaliwatan kumpulan publikasi curated.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan Populus stem transcriptome', Plant Biotéhnologi Journal, 17 (1), pp. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Robah Dinamis dina Eusi Asam Askorbat salila Pangwangunan Buah jeung Ripening of Actinidia latifolia (hiji Ascorbate-Beunghar Buah Pamotongan) jeung Mékanisme Molekul Pakait', International Journal of Élmu Molekul, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. dkk. (2022) 'Prediksi éféktif gén jalur biosintétik aub dina polyphyllins bioaktif di Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1-10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq sareng Illumina RNA-Seq Analisis tina Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom sareng Cytochrome P450 Gén', Serangga, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/SERUNGA14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'A survey pajeulitna transcriptome maké PacBio molekul tunggal analisis real-time digabungkeun jeung Illumina RNA sequencing pikeun pamahaman hadé tina biosintésis asam ricinoleic di Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / GAMBAR / 7.
