mRNA-seq (NGS) kalawan génom rujukan

mRNA-seq (NGS) kalawan génom rujukan

RNA-seq mangrupikeun alat standar pikeun élmu kahirupan sareng pamotongan, ngajagi jurang antara génom sareng proteomes. Kakuatanna aya dina mendakan transkrip énggal sareng ngitung ekspresina dina hiji tés. Ieu loba dipaké pikeun studi transcriptomic komparatif, shedding lampu on gén nu patali jeung rupa-rupa sipat atawa phenotypes, kawas ngabandingkeun mutan jeung tipe liar atawa nembongkeun ekspresi gén dina kaayaan husus. BMKCloud mRNA(Referensi) APP ngahijikeun kuantifikasi éksprési, analisis éksprési diferensial (DEG), sareng analisis struktur sekuen kana pipa bioinformatika mRNA-seq(NGS) sareng ngahijikeun kakuatan parangkat lunak anu sami, mastikeun genah sareng ramah-pamaké. Pamaké tiasa unggah data RNA-seq ka méga, dimana App nawiskeun solusi analisis bioinformatic anu lengkep. Salaku tambahan, éta prioritas pangalaman palanggan, nawiskeun operasi anu dipersonalisasi pikeun kabutuhan khusus pangguna. Pamaké tiasa nyetél parameter sareng ngalebetkeun misi pipa ku nyalira, pariksa laporan interaktif, ningali data / diagram sareng ngalengkepan pertambangan data, sapertos: pilihan gén target, clustering fungsional, diagram, jsb.

Hasil demo

Panambangan data

Sarat impor

Analisis utama

Rujukan

Hasil demo

Panambangan data

Sarat impor

Platform:Illumina, MGI
Stratégi:RNA-Seq
Tata perenah: Paried, bersih-data.
Jenis perpustakaan:fr-unstranded, fr-firststrand atanapi fr-secondstrand
Panjang maca:150 bp
Jenis file:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz atawa *.fq.gz. Sistim bakalotomatis masangkeun file .fastq numutkeun nami filena,misalna *_1.fastq dipasangkeun jeung *._2.fastq.
Jumlah sampel:Henteu aya larangan dina jumlahnasampel, tapi waktu analisis bakal nambahan salaku jumlahsampel tumuwuh.
Jumlah Data anu Disarankeun:6G per sampel

Analisis utama

Analisis utama sareng alat bioinformatik mRNA-seq (Rujukan)pipeline nyaéta saperti kieu:

1. Kontrol Kualitas Rawdata:

• Ngaleungitkeun sekuen kualitas rendah, sekuen adaptor,jsb;

• Pakakas: di-imah dimekarkeun pipa;

2. Alignment data kana génom rujukan:

• Aligning maca kalawan algoritma splice-sadar ngalawangénom rujukan.

• Pakakas:HISAT2, samtools

3. Analisis kualitas perpustakaan:

•Selapkeun analisis panjang, analisis jenuh runtuyan, jsb;

• Pakakas:samtools;

4. Analisis struktur runtuyan:

Analisis splicing alternatif, optimasi struktur gén,prediksi gén novél, jsb;

• Pakakas:StringTie, gffcompare, GATK,Inten, InterProScan, jeungHMER.

5. Analisis éksprési diferensial:

• screening DEG, analisis ko-hubungan, fungsionalpengayaan;

•Rupa-rupa hasil visualisasi;

•RkalawanSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Rujukan

1. Kim, Daehwan et al. "Alignment génom basis grafik nagenotyping sareng HISAT2 sareng HISAT-genotype."AlamBiotéhnologi37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Harun et al. "The Génom Analisis Toolkit: akerangka MapReduce pikeun nganalisis DNA generasi saterusnangaruntuykeun data.”Panalungtikan génom20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "Format Urutan Alignment / Peta sarengSAMtools. ”Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela dkk. "StringTie ngamungkinkeun ningkatrekonstruksi transkriptom tina RNA-seq dibaca.AlamBiotéhnologi33 (2015): 290-295.

5. Cinta, Michael I. et al. "Estimasi moderated robah melu jeungdispersi pikeun data RNA-seq kalawan DESeq2.GénomBiologi15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R.. "Pamilarian HMM Profil Gancangan."PLoS Biologi Komputasi7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (NGS) kalawan génom rujukan

mRNA-seq (NGS) kalawan génom rujukan

meunang cutatan

Kirim pesen anjeun ka kami: