Sakabeh kerja genome
Masupan Genomi Sar-Cov-Cov-2 henteu ngahapus versi nsp1 varial anu modulasi ngetik "réspon interferon
Nanopore | Lengkerina | Sakabéh genomoming | métagenomics | RNA-SEQ | Mitta
Téknik biomarker nyayogikeun téknis dina conto ukuran dina pangajaran ieu.
Sorotan
Analisis: Analisis Genome sareng Phydomete sareng Mution Mutrasi Bowbrent kaasup 31 snps sareng 4 indel.
2.association kalayan 117 Phurotypes Klinik ngungkabkeun berpotensi
mutasi penting.
Δ500-532 di daérah coding NSP1 confelates sareng viral handap
3. Ditambahkeun sareng sérum IF β.
4.Scirallates nganggo Δ500-532 tabungan helu langkung handap ifn-i
réspon dina sél anu katépaan.
Desain percobaan
Prestasi
1. Covid-19 Pangurus Epidemiological sareng genomi
Data klinis dikumpulkeun dina propinsi Sichue, Cina sakuliah periode wabah ti 22 Januari, 2020 ka tanggal 2029 Covid - 28,8% anu di 20020. Ibukota. Kasus dikonfirmasi di Shanuan ningkat éksponénsial, puncak dina Januari. Ogé, data anu dirojong yén wates sosial tiasa janten faktor konci anu nyegah sumebar virus.
Gambar 1. Tarjamah epidemiologis covid-19 di propinsi Sichuan, Cina
2. Sars-Cov-2 Konstruksi sareng Varian Varian
Kalayan éntri nomer PCRX dituturkeun ku sekuen Nanopore, jumlahna aya 310 caket sareng Garansi-Lifial ti 248 pasien anu dihasilkeun ku perkiraan. 80% tina Guromes anu katutup ku 10 baca (hartosna jerona: 0,39 m maca unggal conto).
Gambar 2. Frékuénsi masing-masing varian dina Sichuan Colu
Jumlah 104 snds sareng 18 indikasi diidentipikasi ti genoman Sars-2, anu aya 31 SNP sareng 4 Indung anu dikenal salaku varian genetik. By comparing them with 169 samples from Wuhan and with 81,391 high-quality publich genome sequences in GISAID, 29 of the 35 variants found presented in other continents. Biasa, opat varian kaasup δ,500-532, ac11108at, igents ieu pisan pikeun nga-Sichan sareng Varian, anu nyumponan di Sichangan, anu nyumponan. Anu nyumponan vina rékaman rékansi.
Antentistik Ex entikan kalayan kamungkinan maksimum (ml) sareng cara -ét jam molekular di 88 virus anyar Sfrom Sichran sareng 250 gurat dipangku ti daérah sanés. Galomes sareng δ500-532 (hapus di daérah Coding NSP1) kapanggih disebarkeun sakaligus dina tangkal filogenetic. Analisis HACLLilih dina Varian Varian NSP1 anu dicirikeun 5 diantarana ti kota. Disarankeun ieu nyaruyukeun yén δ500-532 di sababaraha kota sareng panginten diimpor sababaraha kali ti Wuhan.
Gambar 2 varian genetik sareng analisis phylogenetik di SM-Cov-2
3. Asosiasi tina varian genetik sareng implikasi klinikal
117 Phurotypes klinik pakait sareng covid-19 permanén, dimana 19 curanefes anu aya hubunganna kana sipat parah sareng non-parawat. Hubungan antara sipat ieu sareng 35 variasi genetik dikabul deui dina He-Cluster He-kluster. Analisis thsea anu siga antisalisis nunjukkeun yén δ500-532 sacara négatip sareng Esr, Serum Imn-β LD8 + CD8 + CID8. Sumawona, tés QPcr nu ditingalikeun éta peniji.
Gambar 3. Asosiasi tina 35 varian genetik sareng fakilypes sareng fénotypes klinik
4. Validasi dina mutasi viral anu pakait sareng fénotypes klinik
Pikeun ngartos mangaruhan pangaruh δ00-52 dina fungsi NSP1, sél hK239t dirékih ku plasmentists nyatakeun kalayan plasment réseg pinuh, wt nspi. Kaputil transkripom unggal ngahasilkeun sél HK29T diolah pikeun analisis PCA, nunjukkeun yén mutioni crossters ngan saukur sareng wt nsp1. Gen anu sacara signifikan sacara signifikan dina Mutan Utamana dikaluarkeun dina "Aktipik Pectose / Prosés Métabik", "protét anu nunjukkeun ka mémbok ékspréssik" ribonuckotsovoto "
Gambar 4. Analisis transcriptoma dina sél HK239T dikaluarkeun ku WT NSP1 sareng iPheti
Mangaruhan hapusan dina réspon IFN-1 ogé diuji dina pangajaran anu palingaruhan. Sadaya haparan anu maca ditingalikeun pikeun ngirangan tombol IFN-1 tambihan kakaféksi ka HK239t sareng A549 sél dina tingkat jumlah transkriptif sareng tingkat protéin. Ngahengangan, gin anu disiabir-dumasarkeun-dibanding-diumongkeunkeun ku henteu kalebet "réspon pertahanan pikeun virus", "regi kolome virtis".
Gambar 5. Juru turun tina jalur Sinyal Sinyal dina Δ500-532 Mutant
Dina pangajaran ieu, dampak résing ieu kana virusina salajengna dikonfirmasi ku studifilal viral. Virus sareng hiasan anu tangtu dikandung tina conto klinis sareng kainféksi ka Calu-3. Hasilna rinci dina pangajaran virus tiasa dibaca dina keretas.
doi:10.1016 / J.Chom.2021.01.015
Rujukan
LI J, tang c, Wei H, et al. Monitor genomic tina Sar-Cov-2 anu mupus versi NSP1 anu modulasi anu mana anu ngotéktak kuring. Jing]. Cai sél & mikrobe, 2021.
Warta sareng sorot Tujuanana dina ngabagi kasus panganyarna sareng téknologi biomarker, mer tumugi prestasi éléktrék anyar ogé téknik pré penting diterapkeun dina ulikan.
Waktu Post: Jan-06-2022