Nanopore Transkriptom panjang pinuh

Sequencing transcriptome nanopore mangrupikeun metode anu kuat pikeun ngaruntuykeun cDNA panjangna pinuh, ngaidentipikasi sareng ngitung isoform transkrip sacara akurat. The BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline dirancang pikeun nganalisis data RNA-Seq dihasilkeun dina platform Nanopore ngalawan génom rujukan well-annotated kualitas luhur, nyadiakeun analisis kualitatif jeung kuantitatif duanana gén jeung tingkat transkrip. Saatos kadali kualitas, sekuen full-length non-chimeric (FLNC) dicandak sareng sekuen konsensus dipetakeun kana génom rujukan pikeun ngaleungitkeun transkrip anu kaleuleuwihan. Tina set transkrip ieu, éksprési diukur sareng gen anu dikedalkeun sacara béda sareng transkrip diidentifikasi sareng dijelaskeun sacara fungsional. Pipa ogé ngawengku analisis polyadenylation (APA) alternatif, analisis splicing alternatif, analisis ulang runtuyan basajan (SSR), prediksi lncRNA jeung target pakait, prediksi runtuyan coding (CDS), analisis kulawarga gen, analisis faktor transkripsi, prediksi gén novél. jeung anotasi fungsional transkrip.