Majelis Génom Jamur De novo
BMKGENE nawarkeun solusi serbaguna pikeun génom jamur, catering ka rupa-rupa kaperluan panalungtikan sarta completeness génom dipikahoyong. Ngamangpaatkeun runtuyan Illumina pondok-baca nyalira ngamungkinkeun generasi draf génom. Maca pondok sareng sekuen anu dibaca panjang nganggo Nanopore atanapi Pacbio digabungkeun pikeun génom jamur anu langkung saé kalayan kontig anu langkung panjang. Sumawona, ngahijikeun urutan Hi-C langkung ningkatkeun kamampuan, ngamungkinkeun pikeun ngahontal génom tingkat kromosom lengkep.
Fitur Service
Kalayan tilu pilihan anu tiasa dipilih gumantung kana gelar lengkep génom anu dipikahoyong:
● Pilihan Genome Draf: Sequencing pondok-baca jeung Illumina NovaSeq PE150.
● Fungal Fine Genome Option:
Survey génom: Illumina NovaSeq PE150.
Majelis Génom: PacBio Revio (HiFi maca) atanapi Nanopore PromethION 48.
● Genom Jamur tingkat kromosom:
Survey génom: Illumina NovaSeq PE150.
Majelis Génom: PacBio Revio (HiFi maca) atanapi Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring kalawan Hi-C assembly.
Kaunggulan Service
●Sababaraha Strategi Sequencing Sadia: Pikeun tujuan panalungtikan béda jeung sarat lengkep génom
●Alur Kerja Bioinformatika Lengkep:Ieu ngawengku assembly génom jeung prediksi sababaraha elemen génomik, annotation gén fungsi, sarta contig anchoring.
●Kaahlian éksténsif: Kalawan leuwih 12.000 génom mikroba dirakit, kami mawa leuwih dasawarsa pangalaman, tim analisis kacida terampil, eusi komprehensif, sarta rojongan pos-jualan alus teuing.
●Dukungan Pasca Penjualan:Komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalayan periode jasa saatos-jualan 3-bulan. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.
Spésifikasi Service
| Palayanan | Stratégi Sequencing | Kontrol kualitas |
| Draf Génom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Génom Rupa | survey génom: Illumina PE150 50 x Majelis: PacBio HiFi 30x atanapi Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Lain） |
| Génom tingkat kromosom | survey génom: Illumina PE150 50 x Majelis: PacBio HiFi 30x atanapi Nanopore 100x Hi-C Majelis 100x | Contig anchoring ratio> 90%
|
Syarat Service
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanoporé | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Jamur Unisélular: ≥3.5x1010 sél
Jamur Makro: ≥10 g
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
Ngawengku analisis handap:
Survey génom:
- Sequencing kontrol kualitas data
- Estimasi génom: ukuran, heterozygosity, elemen repetitive
Majelis Genome Halus:
- Sequencing Data Quality Control
- De novoMajelis
- Analisis komponén génom: prediksi CDS jeung sababaraha elemen génomik
- Anotasi fungsional sareng sababaraha pangkalan data umum (GO, KEGG, jsb) sareng pangkalan data canggih (CARD, VFDB, jsb.)
Hi-C Majelis:
- Penilaian Perpustakaan Hi-C.
- Contigs anchoring clustering, susunan jeung orienting
- Evaluasi Majelis HI-C: Dumasar kana génom rujukan sareng peta panas
survey génom: distribusi k-mer
Rakitan génom: anotasi homolog gén (database NR)
Rakitan génom: anotasi gen fungsional (GO)
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa perakitan génom jamur BMKGene ngaliwatan kumpulan publikasi anu curated.
Hao, J. et al. (2023) 'Profil omic terintegrasi tina jamur ubar Inonotus obliquus dina kaayaan submerged',BMC Génomics, 24(1), kaca 1–12. doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / GAMBAR / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Sequencing génom nembongkeun évolusi sarta mékanisme patogén tina patogén eyespot seukeut gandum Rhizoctonia cerealis',The Crop Journal, 11(2), kaca 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Sumber Daya Genom pikeun Opat Spésiés Clarireedia Nyababkeun Titik Dollar dina Rumput Rumput Rupa-rupa',Panyakit Tutuwuhan, 107(3), kaca 929–934. doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Bukti Genetik jeung Molekul tina Sistem Kawin Tetrapolar dina Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal of Fungi, 9(10), kc. 959. doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
