Full-Panjang mRNA Sequencing-Nanopore
Fitur
● Capture of poly-A mRNA dituturkeun ku sintésis cDNA jeung persiapan perpustakaan
● Sequencing tina transkrip pinuh-panjangna
● Analisis bioinformatic dumasar kana alignment kana génom rujukan
● Analisis bioinformatic ngawengku lain ukur éksprési dina tingkat gén jeung isoform tapi ogé analisis lncRNA, fusi gén, poli-adénilasi jeung struktur gén.
Kaunggulan Service
●Kuantifikasi ekspresi dina tingkat isoform: ngamungkinkeun analisa éksprési anu lengkep sareng akurat, ngungkabkeun parobahan anu tiasa ditutupan nalika nganalisa ekspresi gen sadayana
●Paménta Data Ngurangan:Dibandingkeun sareng Next-Generation Sequencing (NGS), Nanopore sequencing nunjukkeun syarat data anu langkung handap, anu ngamungkinkeun tingkat jenuh kuantifikasi éksprési gén anu sami sareng data anu langkung alit.
●akurasi luhur kuantifikasi ekspresi: boh dina tingkat gen sareng isoform
●Idéntifikasi inpormasi transcriptomic tambahan: poliadénilasi alternatif, gén fusi sareng lcnRNA sareng gén targétna
●Kaahlian éksténsif: Tim kami brings kabeungharan pangalaman ka unggal proyék, sanggeus réngsé leuwih 850 Nanopore pinuh-panjangna transcriptome proyék jeung ngolah leuwih 8,000 sampel.
●Rojongan Post-Penjualan: komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalawan 3-bulan periode jasa sanggeus-diobral. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.
Syarat Sampel sareng Pangiriman
| Perpustakaan | Strategi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
| Poly A enriched | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Skor kualitas rata-rata: Q10 |
Syarat Sampel:
Nukléotida:
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Pikeun tutuwuhan: RIN≥7.0; Pikeun sato: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar |
● Tutuwuhan:
Akar, Batang atanapi Petal: 450 mg
Daun atawa Siki: 300 mg
Buah: 1,2 g
● Sasatoan:
Jantung atawa peujit: 300 mg
Viscera atanapi Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, Rambut atawa Kulit: 1g
● Artropoda:
Serangga: 6g
Crustacea: 300 mg
● Getih sakabeh: 1 pipah
● Sél: 106 sél
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pangiriman:
1. Garing-és: Sampel kudu dipak dina kantong jeung dikubur di garing-és.
2. tabung RNAstable: sampel RNA bisa garing dina tube stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) jeung shipped dina suhu kamar.
Aliran Gawé Palayanan
Nukléotida:
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
Aliran Gawé Palayanan
Tisu:
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
ékstraksi RNA
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
● Ngolah data atah
● idéntifikasi Transcript
● splicing alternatif
● Éksprési quantification dina tingkat gén jeung tingkat isoform
● Analisis éksprési diferensial
● Anotasi fungsi sareng pengayaan (DEG sareng DET)
Analisis splicing alternatif
Analisis Poliadénilasi Alternatif (APA)
prediksi lncRNA
Anotasi gén novel
Clustering of DETs
Jaringan Protéin-Protéin dina DEGs
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku BMKGene's Nanopore's full-length mRNA sequencing services through a curated collection of publications.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetic na transcriptional aktivasina tina secretory kinase FAM20C salaku oncogene di glioma', Journal of Géologi jeung Genomics, 50 (6), pp 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Anjeunna, Z. et al. (2023) 'Full-length transcriptome sequencing of lymphocytes ngabales IFN-γ ngungkabkeun réspon imun Th1-skewed dina flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. dkk. (2023) 'Analisis komparatif PacBio na ONT RNA sequencing métode pikeun idéntifikasi venom Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analisis Nano-seq mangka kacenderungan fungsi béda antara exosomes na microvesicles diturunkeun tina hUMSC', Stem Cell Panalungtikan sarta Terapi, 14 (1), pp. 1-13. doi: 10.1186 / S13287-023-03491-5 / TABEL / 6.
