Genetika évolusionér
Kaunggulan Service
Takagi et al.,Jurnal tutuwuhan, 2013
●Analisis bioinformatic komprehensif:ngamungkinkeun estimasi karagaman genetik, nu ngagambarkeun poténsi évolusionér spésiés, sarta nembongkeun hubungan filogenetik dipercaya antara spésiés jeung pangaruh minimal tina évolusi konvergen jeung évolusi paralel.
●Analisis ngaropéa pilihan: sapertos estimasi waktos sareng laju divergénsi dumasar kana variasi dina tingkat nukléotida sareng asam amino.
●Kaahlian éksténsif sareng rékaman publikasi: BMKGene geus akumulasi pangalaman masif dina populasi sarta génétika évolusionér proyék pikeun leuwih 15 taun, ngawengku rébuan spésiés, jsb sarta nyumbang ka leuwih 1000 proyék-tingkat tinggi diterbitkeun dina Komunikasi Alam, Tutuwuhan molekular, Plant Biotéhnologi Journal, jsb.
● Tim bioinformatics kacida terampil sarta siklus analisis pondok: kalawan pangalaman hébat dina analisis génomics canggih, tim BMKGene urang delivers analisis komprehensif kalawan waktu turnaround gancang.
● Rojongan Post-Penjualan:Komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalayan periode jasa saatos-jualan 3-bulan. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.
Spésifikasi Service jeung sarat
| Jenis sequencing | Skala populasi anu disarankeun | Stratégi sequencing | Syarat nukléotida |
| Sequencing génom sakabeh | ≥ 30 individu, kalawan ≥ 10 individu ti unggal subgroup
| 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total≥ 30ng Kawates atanapi henteu degradasi atanapi kontaminasi |
| Spésifik-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Jero tag: 10x Jumlah tag: <400 Mb: WGS disarankeun <1Gb: 100K tag 1Gb > 2Gb: 300K tags Max 500k tag | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gél Agarose: henteu aya atanapi dugi ka degradasi atanapi kontaminasi
|
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
Service ngawengku analisis struktur populasi (tangkal filogenetik, PCA, bagan stratifikasi populasi), diversity populasi, sarta Pilihan populasi (linkage disequilibrium, selektif sweep-selection tina situs nguntungkeun). Ladenan ogé tiasa ngalebetkeun analisa khusus (sapertos waktos divergénsi, aliran gen).
*Hasil demo anu dipidangkeun di dieu sadayana tina génom anu diterbitkeun ku BMKGENE
1.Analisis évolusi ngandung konstruksi tangkal filogenetik, struktur populasi jeung PCA dumasar kana variasi genetik.
Tangkal filogenetik ngagambarkeun hubungan taksonomi sareng évolusionér diantara spésiés sareng karuhun anu sami.
PCA boga tujuan pikeun visualize closeness antara sub-populasi.
Struktur populasi nunjukkeun ayana sub-populasi anu béda sacara genetik dina hal frékuénsi alél.
Chen, jeung. al.,PNAS, 2020
2. Sapuan selektif
Sapuan selektif nujul kana prosés dimana situs anu nguntungkeun dipilih sareng frékuénsi situs nétral anu kaitkeun dironjatkeun sareng situs-situs anu henteu dikaitkeun turun, nyababkeun réduksi régional.
Deteksi génom-lega di wewengkon sweep selektif diolah ku ngitung indéks genetik populasi (π，Fst, Tajima's D) sadaya SNPs dina jandela geser (100 Kb) dina hambalan nu tangtu (10 Kb).
Keragaman nukléotida (π)
Tajima urang D
Indéks Fiksasi (Fst)
Wu, jeung. al.,Tutuwuhan Molekul, 2018
3. Aliran Gene
Wu, jeung. al.,Tutuwuhan Molekul, 2018
4.Riwayat demografi
Zhang, jeung. al.,Ékologi Alam & Évolusi, 2021
5. Divergence waktos
Zhang, jeung. al.,Ékologi Alam & Évolusi, 2021
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa genetika évolusionér BMKGene ngalangkungan koleksi publikasi anu disusun:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Papanggihan SNP Molecular Markers and Calon Gens Associated with Sacbrood Virus Resistance in Apis cerana cerana Larva by Whole-Genome Resequencing',Jurnal internasional élmu molekular, 24(7). doi: 10.3390 / IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Papanggihan salamander raksasa Cina anu liar, sacara genetik murni nyiptakeun kasempetan konservasi anyar',Panalungtikan Zoological, 2022, Vol. 43, Ngaluarkeun 3, Kaca: 469-480, 43 (3), pp 469-480. doi: 10.24272 / J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Pola Filogéografi jeung Évolusi Populasi Sajarah Pribumi Elymus sibiricus L. on Qinghai-Tibét Plateau',Frontiers dina Élmu Tutuwuhan, 13, kc. 882601. doi: 10.3389 / FPLS.2022.882601 / BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Wawasan génomik kana évolusi longan tina rakitan génom tingkat kromosom sareng génomik populasi aksési longan',Panalungtikan Hortikultura, 9. Doi: 10.1093/HR/UHAC021.
