Exclusive Agency for Korea

Asup BMKCloud

Produk

Runtuyan mRNA panjangna pinuh -PacBio

Runtuyan mRNA pinuh-panjangna -PacBio Diulas Gambar

Bari sequencing mRNA basis NGS mangrupakeun alat serbaguna pikeun quantifying éksprési gén, reliance on maca pondok ngawatesan pamakéan na dina analisis transcriptomic kompléks. Di sisi anu sanés, urutan PacBio (Iso-Seq) ngagunakeun téknologi anu dibaca panjang, ngamungkinkeun urutan transkrip mRNA panjangna. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gen, sareng poli-adénilasi. Sanajan kitu, aya pilihan séjén pikeun kuantifikasi éksprési gén alatan jumlah tinggi data diperlukeun. Téknologi pangurutan PacBio ngandelkeun pangurutan molekul tunggal, real-time (SMRT), nyayogikeun kaunggulan anu béda dina nangkep transkrip mRNA panjangna. Pendekatan inovatif ieu ngalibatkeun ngagunakeun pandu gelombang mode nol (ZMWs) sareng sumur mikrofabrikasi anu ngamungkinkeun observasi sacara real-time tina aktivitas DNA polimérase salami sequencing. Dina ZMWs ieu, polimérase DNA PacBio nyintésis untaian pelengkap DNA, ngahasilkeun bacaan panjang anu ngalangkungan sakabéh transkrip mRNA. Operasi PacBio dina modeu Circular Consensus sequencing (CCS) ningkatkeun akurasi ku sababaraha kali ngaruntuykeun molekul anu sami. Bacaan HiFi anu dihasilkeun gaduh akurasi anu dibandingkeun sareng NGS, salajengna nyumbang kana analisis komprehensif sareng dipercaya fitur transkriptomi kompleks.

Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Taros Kami

Rincian Service

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi Diulas

Fitur

● sintésis cDNA tina poly-A mRNA dituturkeun ku persiapan perpustakaan

● Sequencing dina modeu CCS, ngahasilkeun HiFi maca

● Sequencing tina transkrip pinuh-panjangna

● Analisis teu merlukeun génom rujukan; kumaha oge, eta bisa jadi padamelan

● Analisis bioinformatik ngamungkinkeun analisis transkrip isoform lncRNA, fusi gén, poli-adénilasi, jeung struktur gén

Kaunggulan Service

●Akurasi Luhur: HiFi maca kalawan akurasi> 99,9% (Q30), comparable mun NGS

● Analisis Splicing Alternatif: sequencing sakabéh transkrip ngamungkinkeun idéntifikasi jeung characterization isoform

●Kaahlian éksténsif: kalawan catetan lagu completing leuwih 1100 PacBio pinuh-panjangna transcriptome proyék jeung ngolah leuwih 2300 sampel, tim kami brings kabeungharan pangalaman ka unggal proyék.

●Rojongan Post-Penjualan: komitmen urang ngalegaan saluareun parantosan proyék kalawan 3-bulan periode jasa sanggeus-diobral. Salila ieu, kami nawiskeun nurutan proyék, bantuan ngungkulan, sareng sesi Q&A pikeun ngajawab patarosan naon waé anu aya hubunganana sareng hasil.

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Perpustakaan

Strategi sequencing

Data disarankeun

Kontrol kualitas

PolyA enriched perpustakaan mRNA CCS

PacBio Sequel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Syarat Sampel:

Nukléotida:

● Tutuwuhan:

Akar, Batang atanapi Petal: 450 mg

Daun atawa Siki: 300 mg

Buah: 1,2 g

● Sasatoan:

Jantung atawa peujit: 300 mg

Viscera atanapi Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atawa Kulit: 1g

● Artropoda:

Serangga: 6g

Crustacea: 300 mg

● Getih sakabeh: 1 pipah

● Sél: 10⁶sél

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kasucian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260 / 230 = 0,5-2,5

Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél.

Pikeun tutuwuhan: RIN≥7.5;

Pikeun sato: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

kawates atawa euweuh élévasi dasar

Disarankeun Pangiriman Sampel

Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)

Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pangiriman:

1. Garing-és: Sampel kudu dipak dina kantong jeung dikubur di garing-és.

2. tabung RNAstable: sampel RNA bisa garing dina tube stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) jeung shipped dina suhu kamar.

Aliran Gawé Palayanan

Desain ékspérimén

pangiriman sampel

ékstraksi RNA

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

jasa saatos-diobral

saméméhna: Eukariot mRNA Sequencing-NGS

Teras: Full-Panjang mRNA Sequencing-Nanopore

Ngawengku analisis di handap ieu:

● kadali kualitas data atah

● Analisis Poliadénilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip fusi

● Analisis Splicing Alternatif

● Analisis Patokan Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

● Analisis transkrip novel: prediksi runtuyan coding (CDS) jeung annotation fungsi

● analisis lncRNA: prediksi lncRNA jeung target

● Idéntifikasi MicroSatelite (SSR)

analisis BUSCO

Analisis Splicing Alternatif

Analisis Poliadénilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip novel

Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku BMKGene's Nanopore's full-length mRNA sequencing services in this featured publication.

Ma, Y. dkk. (2023) 'Analisis komparatif PacBio na ONT RNA sequencing métode pikeun idéntifikasi venom Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan Populus stem transcriptome', Plant Biotéhnologi Journal, 17 (1), pp. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Robah Dinamis dina Eusi Asam Askorbat salila Pangwangunan Buah jeung Ripening of Actinidia latifolia (hiji Ascorbate-Beunghar Buah Pamotongan) jeung Mékanisme Molekul Pakait', International Journal of Élmu Molekul, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.

Hua, X. dkk. (2022) 'Prediksi éféktif gén jalur biosintétik aub dina polyphyllins bioaktif di Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1-10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq sareng Illumina RNA-Seq Analisis tina Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom sareng Cytochrome P450 Gén', Serangga, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/SERUNGA14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'A survey pajeulitna transcriptome maké PacBio molekul tunggal analisis real-time digabungkeun jeung Illumina RNA sequencing pikeun pamahaman hadé tina biosintésis asam ricinoleic di Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. Doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9.