BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Skéma Transcriptome Spasial Téknis
Fitur
● Resolusi: 5 µM
● Spot Diaméterna: 2,5 µM
● Jumlah bintik: kira-kira 2 Juta
● 3 kamungkinan format aréa newak: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm atawa 15 mm * 20 mm
● Unggal manik barcoded dieusian ku primers diwangun ku 4 bagian:
poli(dT) buntut pikeun mRNA priming jeung sintésis cDNA
Unik Molecular Identifier (UMI) pikeun ngabenerkeun bias amplifikasi
Barcode spasial
Runtuyan beungkeutan maca parsial 1 urutan primer
● H & E sarta staining fluoresensi sahiji bagian
● Kamungkinan ngagunakeuntéhnologi segmentation sél: integrasi H&E staining, fluoresensi staining, sarta RNA sequencing pikeun nangtukeun wates unggal sél jeung neuleu napelkeun éksprési gén ka unggal sél.
Keunggulan BMKMANU S1000
●Resolusi Sub-sélular: Unggal wewengkon néwak ngandung >2 juta Titik Barcoded spasial kalayan diaméter 2,5 µm sarta jarak 5 µm antara puseur spot, ngamungkinkeun analisis transkriptom spasial kalawan resolusi sub-sélular (5 µm).
●Analisis Resolusi Multi-tingkat:Analisis multi-tingkat anu fleksibel mimitian ti 100 μm dugi ka 5 μm pikeun ngabéréskeun fitur jaringan anu rupa-rupa dina résolusi anu optimal.
●Kamungkinan Ngagunakeun Téknologi Segméntasi Sél "Tilu dina hiji slide":Ngagabungkeun ngawarnaan fluoresensi, ngawarnaan H&E, sareng urutan RNA dina hiji slide, algoritma analisis "tilu-dina-hiji" kami nguatkeun idéntifikasi wates sél pikeun transkriptomi dumasar-sél salajengna.
●Cocog sareng Multiple Sequencing Platforms: Duanana NGS na sequencing lila dibaca sadia.
●Desain fléksibel 1-8 Aktif Capture Area: Ukuran wewengkon néwak téh fléksibel, bisa ngagunakeun 3 format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm jeung 15 mm * 20 mm)
●Hiji-eureun Service: Ieu integrates sagala pangalaman jeung léngkah dumasar-skill, kaasup cryo-sectioning, ngawarnaan, optimasi jaringan, barcoding spasial, préparasi perpustakaan, sequencing, sarta bioinformatics.
●Bioinformatika Komprehensif sareng Visualisasi Hasil anu ramah-pamaké:pakét ngawengku 29 nganalisa jeung 100+ inohong kualitas luhur, digabungkeun jeung pamakéan inhouse dimekarkeun software pikeun visualize jeung ngaropéa sél bengkahna jeung titik clustering.
●Analisis Data ngaropéa tur Visualisasi: sadia pikeun requests panalungtikan béda
●Tim Téknis anu terampil pisan: kalawan pangalaman dina leuwih 250 jenis jaringan jeung 100+ spésiés kaasup manusa, beurit, mamalia, lauk jeung tutuwuhan.
●Apdet Real-time dina Sakabéh Proyék: kalawan kadali pinuh ku kamajuan eksperimen.
●Analisis Joint pilihan jeung Single-sél mRNA Sequencing
Spésifikasi Service
|
Sampel Sarat
| Perpustakaan |
Stratégi sequencing
| Data disarankeun | Kontrol kualitas |
| Sampel cryo anu dipasang dina OCT, 3 blok per sampel | Perpustakaan cDNA S1000 | Illumina PE150 (platform séjén sadia) | 100K PE dibaca per 100 uM (60-150 Gb) | RIN> 7 |
Pikeun leuwih jéntré ngeunaan hidayah préparasi sampel sarta workflow jasa, mangga ngarasa Luncat ngobrol jeung aahli BMKGENE
Aliran Gawé Palayanan
Dina fase persiapan sampel, hiji percobaan ékstraksi RNA bulk awal dipigawé pikeun mastikeun RNA kualitas luhur bisa diala. Dina tahap optimasi jaringan, bagian-bagian diwarnaan sareng divisualisasikeun sareng kaayaan permeabilisasi pikeun ngaleupaskeun mRNA tina jaringan dioptimalkeun. Protokol anu dioptimalkeun teras diterapkeun nalika pangwangunan perpustakaan, dituturkeun ku sequencing sareng analisis data.
Alur kerja jasa lengkep ngalibatkeun apdet sacara real-time sareng konfirmasi klien pikeun ngajaga loop eupan balik responsif, mastikeun palaksanaan proyék lancar.
Data anu dihasilkeun ku BMKMANU S1000 dianalisis nganggo parangkat lunak "BSTMatrix", anu dirarancang sacara mandiri ku BMKGENE, ngahasilkeun Gene Expression Matrix. Ti dinya, hiji laporan baku dihasilkeun nu ngawengku kontrol kualitas data, analisis jero-sampel jeung analisis antar-grup.
● Kontrol Kualitas Data:
Kaluaran data jeung distribusi skor kualitas
Deteksi gén per titik
Liputan jaringan
● Analisis sampel jero:
kabeungharan gén
Spot clustering, kaasup analisis dimensi ngurangan
Analisis éksprési diferensial antara klaster: idéntifikasi gén pananda
Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
● Analisis antarkelompok:
Kombinasi ulang spot tina duanana sampel (misalna kasakit jeung kontrol) jeung re-cluster
Idéntifikasi gén pananda pikeun unggal klaster
Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
Éksprési diferensial tina klaster sarua antara grup
Salaku tambahan, BMKGENE dikembangkeun "BSTViewer" mangrupikeun alat anu ramah-pamaké anu ngamungkinkeun pamaké pikeun ngabayangkeun éksprési gén sareng clustering titik dina résolusi anu béda.
BMKGene dimekarkeun software pikeun visualisasi ramah pamaké
BSTViewer titik clustering dina resolusi multi-tingkat
BSTellViewer: pamisah sél otomatis sareng manual
Analisis jero-sampel
Spot clustering:
Idéntifikasi gén pananda sareng distribusi spasial:
Analisis antarkelompok
Kombinasi data tina duanana grup sareng re-cluster:
Gén pananda klaster anyar:
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa transkriptomi spasial BMKGene sareng téknologi BMKManu S1000 dina publikasi anu diulas ieu:
Song, X. et al. (2023) 'Transcriptomics spasial nembongkeun sél chlorenchyma-ngainduksi lampu aub dina promosi regenerasi pucuk dina kalus tomat',Prosiding National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), kc. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Anjeun, Y. et al. (2023) 'Bandingan sistematis métode transcriptomic spasial dumasar-sequencing',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. Doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
