Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S / 18S / ITS) sequencing kalawan Illumina mangrupakeun metoda analisa diversity mikroba ku cara ngaidentipikasi propil mikroba nurutkeun runtuyan maranéhanana lajeng nyobian decipher kabeungharan komunitas sarta diversity dina unggal sampel sarta antara sampel. Pipa BMKCloud Amplicon (NGS) ngamungkinkeun analisa 16S, 18S, ITS sareng sababaraha gén fungsional. Dimimitian ku trimming dibaca, dipasangkeun-tungtung bacaan assembly sarta assessment kualitas, dituturkeun ku clustering bacaan sarupa pikeun ngahasilkeun Unit Taksonomi Operasional (OTUs) dipaké dina genep bagian analisis béda. Anotasi taksonomi nyayogikeun inpormasi ngeunaan kaayaanana relatif sareng komposisi unggal sampel, sedengkeun keragaman alfa sareng béta nganalisa fokus kana karagaman mikroba di jero sareng antara sampel, masing-masing. Analisis diferensial antara grup manggihan OTUs nu béda ngagunakeun duanana tés parametrik jeung non-paramétrik, bari analisis korelasi pakaitna béda ieu jeung faktor lingkungan. Tungtungna, kaayaanana gén fungsional diprediksi dumasar kana kaayaanana gén pananda, masihan wawasan kana fungsi sareng ékologi dina unggal sampel.