10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Skéma teknis
Fitur
● Resolusi: 100 µM
● Spot Diaméterna: 55 µM
● Jumlah titik: 4992
● aréa Capture: 6,5 x 6,5 mm
● Unggal titik barcoded dieusian ku primers diwangun ku 4 bagian:
- buntut poli(dT) pikeun priming mRNA sareng sintésis cDNA
- Unik Molecular Identifier (UMI) pikeun ngabenerkeun bias amplifikasi
- Barcode spasial
- Runtuyan beungkeutan baca parsial 1 sequencing primer
● H & E staining sahiji bagian
Kaunggulan
●Hiji-eureun Service: integrates sagala pangalaman jeung léngkah dumasar-skill, kaasup cryo-sectioning, ngawarnaan, optimasi jaringan, barcoding spasial, préparasi perpustakaan, sequencing na bioinformatics.
● Tim Téknis Kacida-terampil: kalawan pangalaman dina leuwih 250 jenis jaringan jeung 100+ spésiés kaasup manusa, beurit, mamalia, lauk jeung tutuwuhan.
●Update Real-time dina Sakabéh Proyék: kalawan kadali pinuh ku kamajuan eksperimen.
●Bioinformatika Standar Komprehensif:pakét ngawengku 29 nganalisa sarta 100+ inohong kualitas luhur.
●Analisis Data ngaropéa tur Visualisasi: sadia pikeun requests panalungtikan béda.
●Analisis Joint pilihan jeung Single-sél mRNA Sequencing
spésifikasi
| Sarat Sampel | Perpustakaan | Strategi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
| Sampel cryo anu dipasang dina OCT (Diaméter optimal: kira-kira 6x6x6 mm³) 2 blok per sampel | 10 X Visium cDNA perpustakaan | Illumina PE150 | 50K PE dibaca per titik (60Gb) | RIN > 7 |
Pikeun leuwih jéntré ngeunaan hidayah préparasi sampel sarta workflow jasa, mangga ngarasa Luncat ngobrol jeung aahli BMKGENE
Alur Palayanan
Dina fase persiapan sampel, hiji percobaan ékstraksi RNA bulk awal dipigawé pikeun mastikeun RNA kualitas luhur bisa diala. Dina tahap optimasi jaringan, bagian-bagian diwarnaan sareng divisualisasikeun sareng kaayaan permeabilisasi pikeun ngaleupaskeun mRNA tina jaringan dioptimalkeun. Protokol anu dioptimalkeun teras diterapkeun nalika pangwangunan perpustakaan, dituturkeun ku sequencing sareng analisis data.
Alur kerja jasa lengkep ngalibatkeun apdet sacara real-time sareng konfirmasi klien pikeun ngajaga loop eupan balik responsif, mastikeun palaksanaan proyék lancar.
Ngawengku analisis di handap ieu:
Kontrol Kualitas Data:
o Data kaluaran jeung distribusi skor kualitas
o Deteksi gén per titik
o Liputan jaringan
Analisis Sampel Batin:
o Kakayaan gen
o Spot clustering, kaasup analisis dimensi ngurangan
o Analisis éksprési diferensial antara klaster: idéntifikasi gén pananda
o Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
Analisis antarkelompok
o Kombinasi ulang spot tina duanana sampel (misalna kasakit jeung kontrol) jeung re-cluster
o Idéntifikasi gén pananda pikeun unggal klaster
o Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
o Éksprési diferensial tina klaster sarua antara grup
Analisis jero-sampel
Spot clustering
Idéntifikasi gén pananda sareng distribusi spasial
Analisis antarkelompok
Kombinasi data ti duanana grup na ulang klaster
Gén pananda tina klaster anyar
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa transkriptomi spasial BMKGene ku 10X Visium Dina publikasi unggulan ieu:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, poténsi homolog Drosophila tina GPCRs adhesion mamalia, aub dina réaksi antitumor ka nyuntik sél onkogenik dina laleur',Prosiding National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), kc. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'BAJA ngamungkinkeun delineasi resolusi luhur data transcriptomic spasiotemporal',Briefings dina Bioinformatika, 24(2), kaca 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'A atlas spatiotemporal organogenesis dina pamekaran kembang anggrek',Panalungtikan Asam Nukléat, 50(17), kaca 9724–9737. doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Ngahijikeun Transkriptomi Spasial sareng Urutan RNA Inti Tunggal Nembongkeun Strategi Terapi Poténsial pikeun Leiomyoma Uterine',International Journal of Élmu Biologis, 19(8), kaca 2515–2530. doi: 10.7150 / IJBS.83510.
