Секвенцирање целог транскриптома – Иллумина
Карактеристике
● Двострука библиотека за секвенционирање комплетног транскриптома: исцрпљивање рРНА праћено припремом ПЕ150 библиотеке и избором величине након чега следи припрема библиотеке СЕ50
● Комплетна биоинформатичка анализа мРНА, лнцРНА, цирцРНА и миРНА у засебним биоинформатичким извештајима
● Заједничка анализа експресије свих РНК у комбинованом извештају, укључујући анализу цеРНА мрежа.
Предности услуге
●Детаљна анализа регулаторних мрежа: анализа цеРНА мреже је омогућена заједничким секвенцирањем мРНК, лнцРНА, цирцРНА и миРНА и исцрпним биоинформатичким током рада.
●Цомпрехенсиве Аннотатион: Користимо више база података да функционално означимо диференцијално изражене гене (ДЕГ) и извршимо одговарајућу анализу обогаћивања, пружајући увид у ћелијске и молекуларне процесе који леже у основи одговора транскриптома.
●Ектенсиве Екпертисе: Са евиденцијом успешног затварања преко 2100 целих пројеката транскриптома у различитим истраживачким доменима, наш тим доноси богато искуство у сваки пројекат.
●Ригорозна контрола квалитета: Ми имплементирамо основне контролне тачке у свим фазама, од припреме узорака и библиотеке до секвенцирања и биоинформатике. Овај педантан надзор осигурава испоруку конзистентно висококвалитетних резултата.
●Подршка након продаје: Наша посвећеност се протеже даље од завршетка пројекта са 3-месечним периодом након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
| рРНА исцрпљена | Иллумина ПЕ150 | 16 Гб | К30≥85% |
| Одабрана величина | Иллумина СЕ50 | 10-20М читања |
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | РИН≥6.0 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
Преглед експресије РНК
Диференцијално изражени гени
цеРНА анализа
Диференцијално изражене миРНА и сродне РНК
Истражите напредак у истраживању који омогућава БМКГене-ове услуге секвенцирања целих транскриптома кроз одабрану колекцију публикација.
Даи, И. ет ал. (2022) „Свеобухватни профили експресије мРНК, лнцРНК и миРНК код Кашин-Бекове болести идентификовани секвенцирањем РНК“, Молецулар Омицс, 18(2), стр. 154–166. дои: 10.1039/Д1МО00370Д.
Лиу, Н. нан ет ал. (2022) „Анализа транскриптома пуне дужине о отпорности на хладноћу Апис церана на планини Чангбај током периода зимовања.“, Гене, 830, стр. 146503–146503. дои: 10.1016/Ј.ГЕНЕ.2022.146503.
Ванг, КСЈ ет ал. (2022) 'Приоритизација конкурентских мрежа за регулацију ендогене РНК у карциному плућа малих ћелија: молекуларне карактеристике и кандидати за лекове на основу интеграције мулти-омика', Границе у онкологији, 12, стр. 904865. дои: 10.3389/ФОНЦ.2022.904865/БИБТЕКС.
Ксу, П. ет ал. (2022) „Интегрисана анализа профила експресије лнцРНА/цирцРНА-миРНА-мРНА открива нове увиде у потенцијалне механизме као одговор на нематоде чворова корена у кикирикију“, БМЦ Геномицс, 23(1), стр. 1–12. дои: 10.1186/С12864-022-08470-3/ФИГУРЕС/7.
Иан, З. ет ал. (2022) „Секвенцирање РНК са целим транскриптомом истиче молекуларне механизме повезане са одржавањем квалитета броколија после жетве црвеним ЛЕД зрачењем“, Биологија и технологија после жетве, 188, стр. 111878. дои: 10.1016/Ј.ПОСТХАРВБИО.2022.111878.
