Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС)
Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС) представља методологију златног стандарда за дубинско истраживање метилације ДНК, посебно пету позицију у цитозину (5-мЦ), кључном регулатору експресије гена и ћелијске активности. Принцип који лежи у основи ВГБС-а укључује третман бисулфитом, који изазива конверзију неметилованих цитозина у урацил (Ц у У), док метиловане цитозине оставља непромењеним. Ова техника нуди резолуцију са једном базом, омогућавајући истраживачима да свеобухватно истраже метилом и открију абнормалне обрасце метилације повезане са различитим стањима, посебно раком. Коришћењем ВГБС-а, научници могу стећи неупоредив увид у пејзаже метилације широм генома, пружајући нијансирано разумевање епигенетских механизама који леже у основи различитих биолошких процеса и болести.
Сервице Феатурес
● Захтева референтни геном.
● Ламбда ДНК се додаје за праћење ефикасности конверзије бисулфита.
● Секвенцирање на Иллумина НоваСек.
Предности услуге
●Златни стандард за истраживање метилације ДНК: Ова технологија обраде зреле конверзије метилације има високу тачност и добру поновљивост.
●Широка покривеност и резолуција на једној бази:откривање места метилације на нивоу генома.
●Комплетна платформа:пружају одличну услугу на једном месту од обраде узорака, изградње библиотеке, секвенцирања до биоинформатичке анализе.
●Ектенсиве Екпертисе: са ВГБС пројектима секвенцирања који су успешно завршени у различитим врстама, БМКГЕНЕ доноси више од деценије искуства, високо квалификован тим за анализу, свеобухватан садржај и одличну подршку након продаје.
●Могућност придруживања помоћу транскриптомске анализе: омогућава интегрисану анализу ВГБС са другим омицс подацима као што је РНА-сек.
Спецификације узорака
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Препоручени излаз података | Контрола квалитета |
| Третирано бисулфитом | Иллумина ПЕ150 | 30к дубина | К30 ≥ 85% Конверзија бисулфита > 99% |
Захтеви за узорке
| Концентрација (нг/µЛ) | Укупна количина (µг) | Додатни захтеви | |
| Геномска ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Ограничена деградација или контаминација |
Ток рада услуге
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Испорука података
Укључује следећу анализу:
● Контрола квалитета сировог секвенцирања;
● Мапирање у референтни геном;
● Детекција 5мЦ метилованих база;
● Анализа дистрибуције метилације и анотација;
● Анализа диференцијално метилираних региона (ДМР);
● Функционална ознака гена повезаних са ДМР-овима.
Детекција метилације 5мЦ: типови метилираних места
Мапа метилације. Дистрибуција у целом геному метилације 5мЦ
Анотација високо метилираних региона
Диференцијално метиловани региони: повезани гени
Диференцијално метилирани региони: напомена повезаних гена (онтологија гена)
Истражите напредак у истраживању који омогућава БМКГене-ове услуге секвенцирања читавог генома бисулфита кроз одабрану колекцију публикација.
Фан, И. ет ал. (2020) 'Анализа профила метилације ДНК током развоја скелетних мишића оваца коришћењем секвенцирања бисулфита целог генома',БМЦ Геномицс, 21(1), стр. 1–15. дои: 10.1186/С12864-020-6751-5.
Зхао, Кс. ет ал. (2022) 'Нове пертурбације метилације деоксирибонуклеинске киселине код радника изложених винил хлориду',Токсикологија и индустријско здравље, 38(7), стр. 377–388. дои: 10.1177/07482337221098600
Зуо, Ј. ет ал. (2020) 'Односи између метилације генома, нивоа некодирајуће РНК, мРНК и метаболита у сазревању плодова парадајза',Тхе Плант Јоурнал, 103(3), стр. 980–994. дои: 10.1111/ТПЈ.14778.
