Специфични локус Појачано секвенцирање фрагмената (СЛАФ-СЕК)
Проток рада
Техничка шема
Карактеристике услуге
● Секвенцирање на НоваСек са ПЕ150.
● Припрема библиотеке са двоструким баркодирањем, омогућавајући удруживање преко 1000 узорака.
● Ова техника се може користити са или без референтног генома, са различитим биоинформатичним цевоводима за сваки случај:
Са референтним геном: СНП и Индел Дисцовери
Без референтног генома: узорка кластерирања и открића СНП-а
● Уу силицијуПредизажнија фаза вишеструке комбинације ензима ограничења су приказане да пронађу оне које стварају јединствену дистрибуцију ознака СЛАФ дуж генома.
● Током пре-експеримента, три комбинације ензима тестирају се у 3 узорка да би се створило 9 библиотека СЛАФ, а ове информације се користе за одабир оптималне комбинације ограничења ензима за пројекат.
Предности услуга
●Дисцовери Високи генетски маркер: Интегрисање двостепеног система за двоструки бар код омогућава истовремено секвенцирање великог популације, а појачало специфично за лоцирање побољшава ефикасност, осигуравајући да број ознака испуњавају различите захтеве различитих истраживачких питања.
● Ниска зависност од генома: Може се применити на врсте са или без референтног генома.
●Флексибилни дизајн шеме: Једно-ензим, дуал-ензим, више-ензимска пробава и разне врсте ензима могу се одабрати како би се задовољили различитим истраживачким циљевима или врстама. Тхеу силицијуПредизмичиће се изводи да би се осигурао оптималан дизајн ензима.
● Висока ефикасност у ензимичкој пробави: Проводљивост ану силицијуПредизажан и пре-експеримент осигурани оптималан дизајн са чак и дистрибуцијом СЛАФ ознака на хромозома (1 ознака СЛАФ / 4КБ) и смањене понављајуће редоследе (<5%).
●Опсежна стручност: Наш тим доноси богатство искуства у сваки пројекат, са записом записа преко 5000 пројеката СЛАФ-СЕК на стотинама врста, укључујући биљке, сисаре, птице, инсекте и водене организате.
● Саморазвијени биоинформатични ток рада: БМКГЕНЕ је развио интегрисани биоинформатични ток рада за СЛАФ-СЕК да би се осигурала поузданост и тачност коначног резултата.
Спецификације услуга
| Врста анализе | Препоручена скала популације | Стратегија за секвенцирање | |
| Дубина секвенцирања ознака | Број ознака | ||
| Генетске мапе | 2 родитеља и> 150 потомство | Родитељи: 20к радне групе Оффинг: 10к | Величина генома: <400 МБ: Препоручује се ВГ <1ГБ: 100К ознаке 1-2ГБ :: 200К Ознаке > 2ГБ: 300К ознаке МАКС 500К ознаке |
| Студије удружења широм генома (ГВАС) | ≥200 Узорци | 10к | |
| Генетска еволуција | ≥30 Узорци, са> 10 узорака из сваке подгрупе | 10к | |
Захтеви за услуге
Концентрација ≥ 5 нг / μл
Укупни износ ≥ 80 НГ
Нанодроп од260 / 280 = 1.6-2.5
Агаросе гел: нема или ограничена деградација или контаминација
Препоручена испорука узорка
Контејнер: 2 мл Центрифуга цев
(За већину узорака препоручујемо да се не чува у етанолу)
Означавање узорака: узорци морају бити јасно означени и идентични поднетом обрасцу за информације о узорку.
Пошиљка: сув-лед: Узорци се морају препустити кесама прво и сахрањени у сувом леду.
Сервисни ток рада
Узорак кц
Пилот експеримент
Слаф-Експеримент
Припрема библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Укључује следећу анализу:
- Секвенцирање података КЦ
- СЛАФ РАЗВОЈ ТАГ
Мапирање до референтног генома
Без референтног генома: групирање
- Анализа Ознака СЛАФ-а.: Статистика, дистрибуција широм генома
- Откриће маркера: СНП, ИНДЕЛ, СНВ, ЦВ Позив и напомена
Дистрибуција Ознака СЛАФ на хромозоме:
Дистрибуција СНП-а на хромозоме:
Снп напомена
| Година | Часопис | IF | Назив | Апликације |
| 2022 | Комуникација природе | 17.694 | ГЕНОМИЧНА основа Гига-хромозома и гига-генома стабла божура Паеониа Остии | СЛАФ-ГВАС |
| 2015 | Нови фитолог | 7.433 | Припитомљавање приписује трагове сидро геномским регионима агрономског значаја у соја | СЛАФ-ГВАС |
| 2022 | Часопис напредних истраживања | 12.822 | Вештачка интрогресија широког генома о ГОССИПИУМ барбаденсе у Г. Хирсутум откривају супериорни лоци за истовремено побољшање квалитета и приноса памучног влакана особина | ГЕНЕТИКА СЛАФ-ЕВОЛУТИОНА |
| 2019 | Молекуларна биљка | 10.81 | ГЕНОМИЧНА АНАЛИЗА СТАНОВАЊА И СКУПШТИНА ДЕ НОВО откривају порекло Вееди Пиринач као еволуциона игара | ГЕНЕТИКА СЛАФ-ЕВОЛУТИОНА |
| 2019 | Генетика природе | 31.616 | Генентска секвенца и генетска разноликост уобичајеног шарана, Кипринус Царпио | Мапа за повезивање СЛАФ-а |
| 2014 | Генетика природе | 25.455 | Геномом култивисаног кикирикија пружа увид у махунарке кариотипове, полиплоид Еволуција и припитотворство усева. | Мапа за повезивање СЛАФ-а |
| 2022 | Часопис за биотехнологију биљака | 9.803 | Идентификација СТ1 открива избор који укључује аутостопирање морфологије семена и садржај уља током соје припитомљавања | Развој маркера СЛАФ-а |
| 2022 | Међународни часопис Молекуларне науке | 6.208 | Идентификација и развој ДНК маркера за пшеницу-леимус моллис 2нс (2Д) Замјена димлог хромозома | Развој маркера СЛАФ-а |
| Година | Часопис | IF | Назив | Апликације |
| 2023 | Границе у биљној науци | 6.735 | КТЛ мапирање и транскрипт са садржајем шећера током зрења пирус пирифолије | Генетска карта |
| 2022 | Часопис за биотехнологију биљака | 8.154 | Идентификација СТ1 открива избор који укључује аутостопирање морфологије семена и садржаја уља током соје припитомљавања
| СНП зове |
| 2022 | Границе у биљној науци | 6.623 | Удружење широм генома, мапирање Хуллес-а једва фенотипова у окружењу суше.
| Гвас |
