Једно-нуклео РНА секвенцирање
Техничка шема
Изолација језгра постиже се 10 × геномика Цхромиум ™, која садрже осмоканални микрофлуидички систем са двоструким прелазима. У овом систему се гел перле са баркодама и прајмеру, ензимима и једним језграма и у капљици на нанолитер величине, генерирајући гел-ин-емулзионирање (драгуљ). Једном када се ГЕМ формира, ћелијска лиза и ослобађање баркодова изводе се у свакој драгуљима. МРНА је преокренута преписана у цДНА молекуле са 10 × баркода и УМИ, који су даље подложни стандардној конструкцији библиотеке.
Карактеристике
● Припрема суспензије једноструког језгра из смрзнутог ткива
● Формирање гела у емулзији (ГЕМ), а затим синтеза цДНА
● Свака перлица у драгуљиште је учитана прајмерима које чине 4 одељка:
Поли (ДТ) реп за прамње МРНА и синтезу цДНА,
Јединствени молекуларни идентификатор (УМИ) за исправљање пристрасности појачања
10к баркод
Везивање секвенце делимичне прочитане 1 секвенцирање премазе
Предности
Једно-нуклеус РНА секвенцирање заобилази ограничења једноцилне РНА секвенцирања, омогућавајући:
● Употреба замрзнутих узорака и не ограничава се само на свеже узорке
● низак стрес смрзнутих ћелија у поређењу са ензимским третманом свежим ћелијама одражава се у транскриптом подацима у облику мање гена изазваних стресом
● Нема потребе за претходном уклањањем црвених крвних зрнаца
● Неограничен пречник ћелије
● Велики низ узорака који испуњавају услове за анализу, укључујући сложене и крхке типове ткива које су склоне грудици или уништавању ћелија током дисоцијације ткива
Узорци који се не могу анализирати појединачним РНА секвенцирањем и испуњавају услове за појединачне секвенцирање Нуцлеи РНА:
| Ћелија / ткиво | Разлог |
| Унфресх смрзнуто ткиво | Није могуће добити свеже или дугорочне организације |
| Мишићна ћелија, мегакоцит, масноћа ... | Пречник ћелије је превелик да би се ушао у инструмент |
| Јетра ... | Превише крхко да се прекине, неспособни да разликују појединачне ћелије |
| Неурон ћелија, мозак ... | Осетљивији, једноставни за стрес, промениће резултате секвенцирања |
| Панкреас, штитњач ... | Богат ендогеним ензимима, утјечући на производњу јединствене суспензије |
Једно-нуклеус вс Једно-ћелијска
| Једно језгро | Једнострука ћелија |
| Неограничен пречник ћелије | Пречник ћелије: 10-40 μм |
| Материјал може бити смрзнут ткиво | Материјал мора бити свеже ткиво |
| Низак стрес смрзнутих ћелија | АНЦИМЕ третман може проузроковати реакцију оптерећења ћелија |
| Није потребно уклонити црвене крвне ћелије | Црвене крвне ћелије морају бити уклоњене |
| Нуцлеар изражава биоинформације | Читава ћелија изражава биоинформације |
Спецификације
| Захтеви за узорке | Библиотека | Стратегија за секвенцирање | Препоручује се подаци | Контрола квалитета |
| Животињски ткиво ≥ 200 мг Плант ткива ≥ 400 мг | 10к ГЕНОМИЦС СН ЦДНА библиотека | Иллумина пе150 | 100К ПЕ чита по ћелији (100-200 ГБ) | 700-1200 језгра / μЛ и језгра је примећено под микроскопом |
За више детаља о узору за припрему узорка и радни ток сервиса, слободно разговарајте са аСтручњак за БМКгене
Сервисни радни проток
Укључује следећу анализу:
● Контрола квалитета: број ћелија, детекција гена, тачна идентификација ћелија, молекула РНА и квантификације експресије
● Унутрашња анализа узорка:
Кластерна и кластерска напомена
Анализа диференцијалног израза: Идентификација дег-а у кластерима
Функционална напомена и обогаћивање кластера
● Интер-групна анализа:
Комбинација података
Анализа диференцијалне изразе: Идентификација дег-а у групама
Функционална напомена и обогаћивање групних дег
● Напредна анализа:
Анализа ћелијског циклуса
Псеудотиме анализа
Анализа комуникације ћелије (целлпхонедб)
Анализа орилаца гена (ГСЕА)
Анализа унутрашњег узорка
Кластерна ћелија:
Диференцијална анализа израза: кластер дег
Интер-Гроуп анализа
Анализа диференцијалног израза: Група дег
Напредна анализа:
Псеудотиме анализа:
Анализа ћелијског циклуса:
Истражите напредне напредне услуге БМКГене-ове Секционално секвенцирање РНА Секвенцинг за 10к хромијум у овим представљеним публикацијама:
Ванг, Л. и др. (2021) 'Једно-ћелијска транскриптска анализа открива имунолошки пејзаж плућа у стероидном погоршању астма ",Зборник радова Националне академије наука Сједињених Америчких Држава, 118 (2), стр. Е2005590118. Дои: 10.1073 / пнас.2005590118
Зхенг, Х. ет ал. (2022) "Глобална регулаторна мрежа за дисрегулирани генски експресија и ненормално метаболичко сигнализација у имунолошким ћелијама у микроенизору гробове и хашимотовог тироидитиса"Границе у имунологији, 13, стр. 879824 Дои: 10.3389 / ФИМУГУ.2022.879824 / БИБТЕКС.
Тиан, Х. ет ал. (2023) 'Једно-ћелијски транскрипт открива хетерогености и имунолошке одговоре леукоцита након вакцинације са инактивираним Едвардсиеллом Тардом у Флоундер-у (Паралицхтхис Оливацеус)',Аквакултура, 566, стр. 739238. Дои: 10.1016 / Ј.Акуацултуре.2023.739238.
Иу, И. ет ал. (2023.) 'Фотодинамичка терапија побољшава исход инхибитора имунолошког контролног пункта преуређивање анти-тумора имунитета код пацијената са гастричним раком',Гастрични рак, 26 (5), стр. 798-813. Дои: 10.1007 / С10120-023-01409-Кс / Метрицс.
