-
Секвенцирање РНК са једним језгром
Развој техника хватања једне ћелије и прилагођених техника изградње библиотеке, заједно са секвенцирањем високе пропусности, револуционирао је студије експресије гена на нивоу ћелије. Овај пробој омогућава дубљу и свеобухватнију анализу сложених ћелијских популација, превазилазећи ограничења повезана са усредњавањем експресије гена у свим ћелијама и очувањем праве хетерогености унутар ових популација. Док једноћелијско РНК секвенцирање (сцРНА-сек) има неоспорне предности, оно наилази на изазове у одређеним ткивима где је стварање једноћелијске суспензије тешко и захтева свеже узорке. У БМКГене-у решавамо ову препреку тако што нудимо секвенцирање РНК са једним језгром (снРНА-сек) коришћењем најсавременије технологије 10Кс Геномицс Цхромиум. Овај приступ проширује спектар узорака који су подложни анализи транскриптома на нивоу једне ћелије.
Изолација језгара се постиже путем иновативног 10Кс Геномицс Цхромиум чипа, који садржи осмоканални микрофлуидни систем са дуплим укрштањима. У оквиру овог система, перле гела које садрже бар кодове, прајмере, ензиме и једно језгро су инкапсулиране у капи уља величине нанолитара, формирајући гел перле у емулзији (ГЕМ). Након формирања ГЕМ-а, унутар сваког ГЕМ-а долази до лизе ћелије и ослобађања баркода. Након тога, молекули мРНК подлежу реверзној транскрипцији у цДНК, укључујући 10Кс бар кодове и јединствене молекуларне идентификаторе (УМИ). Ове цДНК се затим подвргавају конструкцији стандардне библиотеке секвенцирања, олакшавајући робусно и свеобухватно истраживање профила експресије гена на нивоу једне ћелије.
Платформа: 10× Геномицс Цхромиум и Иллумина НоваСек платформа
-
10к Геномицс Висиум просторни транскрипт
Просторна транскриптомика је најсавременија технологија која омогућава истраживачима да истражују обрасце експресије гена унутар ткива уз очување њиховог просторног контекста. Једна моћна платформа у овом домену је 10к Геномицс Висиум у комбинацији са Иллумина секвенцирањем. Принцип 10Кс Висиум-а лежи на специјализованом чипу са одређеним подручјем за хватање где се постављају делови ткива. Ово подручје снимања садржи тачке са бар кодом, од којих свака одговара јединственој просторној локацији унутар ткива. Ухваћени молекули РНК из ткива се затим обележавају јединственим молекуларним идентификаторима (УМИ) током процеса реверзне транскрипције. Ове тачке са бар кодом и УМИ омогућавају прецизно просторно мапирање и квантификацију експресије гена у резолуцији једне ћелије. Комбинација просторно бар кодованих узорака и УМИ-ја обезбеђује тачност и специфичност генерисаних података. Коришћењем ове технологије просторне транскриптомике, истраживачи могу да стекну дубље разумевање просторне организације ћелија и сложених молекуларних интеракција које се дешавају унутар ткива, нудећи непроцењив увид у механизме који леже у основи биолошких процеса у више области, укључујући онкологију, неуронауку, развојну биологију, имунологију. , и ботаничке студије.
Платформа: 10Кс Геномицс Висиум и Иллумина НоваСек
-
Секвенцирање мРНА пуне дужине-Нанопоре
Док је секвенцирање мРНА засновано на НГС-у свестран алат за квантификацију експресије гена, његово ослањање на кратка читања ограничава његову ефикасност у сложеним транскриптомским анализама. С друге стране, секвенцирање нанопора користи технологију дугог читања, омогућавајући секвенцирање мРНА транскрипата пуне дужине. Овај приступ олакшава свеобухватно истраживање алтернативног спајања, фузије гена, полиаденилације и квантификације изоформа мРНА.
Секвенцирање нанопора, метода која се ослања на електричне сигнале у реалном времену од једног молекула нанопора, даје резултате у реалном времену. Вођена моторним протеинима, дволанчана ДНК се везује за протеине нанопора уграђене у биофилм, одмотавајући се док пролази кроз канал нанопора под разликом напона. Карактеристични електрични сигнали генерисани различитим базама на ДНК ланцу се детектују и класификују у реалном времену, олакшавајући прецизно и континуирано секвенцирање нуклеотида. Овај иновативни приступ превазилази ограничења кратког читања и пружа динамичку платформу за сложену геномску анализу, укључујући комплексне транскриптомске студије, са тренутним резултатима.
Платформа: Нанопоре ПрометхИОН 48
-
Секвенцирање мРНА пуне дужине -ПацБио
Док је секвенцирање мРНК засновано на НГС-у свестран алат за квантификацију експресије гена, његово ослањање на кратко читање ограничава његову употребу у сложеним транскриптомским анализама. С друге стране, ПацБио секвенцирање (Исо-Сек) користи технологију дугог читања, омогућавајући секвенцирање мРНА транскрипата пуне дужине. Овај приступ олакшава свеобухватно истраживање алтернативног спајања, фузије гена и полиаденилације. Међутим, постоје и други избори за квантификацију експресије гена због велике количине потребних података. ПацБио технологија секвенцирања се ослања на секвенцирање у реалном времену са једним молекулом (СМРТ), пружајући изразиту предност у хватању мРНА транскрипата пуне дужине. Овај иновативни приступ укључује коришћење таласовода нултог режима (ЗМВ) и микрофабрикованих бунара који омогућавају посматрање активности ДНК полимеразе у реалном времену током секвенцирања. Унутар ових ЗМВ-ова, ПацБио-ова ДНК полимераза синтетише комплементарни ланац ДНК, генеришући дуга читања која обухватају целину транскрипата мРНА. ПацБио рад у режиму кружног консензуса секвенцирања (ЦЦС) побољшава прецизност понављањем секвенцирања истог молекула. Генерисани ХиФи читања имају тачност упоредиву са НГС, што додатно доприноси свеобухватној и поузданој анализи сложених транскриптомских карактеристика.
Платформа: ПацБио Секуел ИИ; ПацБио Ревио
-
Секвенцирање еукариотске мРНК-НГС
Секвенцирање мРНА, свестрана технологија, омогућава свеобухватно профилисање свих транскрипата мРНА унутар ћелија под специфичним условима. Са широком применом, овај најсавременији алат открива сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима. Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање мРНА нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације, подстичући радозналост о његовом потенцијалу у различитим областима.
Платформа: Иллумина НоваСек Кс; ДНБСЕК-Т7
-
Секвенцирање мРНА на нереферентном основу-НГС
Секвенцирање мРНК омогућава свеобухватно профилисање свих транскрипата мРНК унутар ћелија под специфичним условима. Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима. Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање мРНА нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације.
Платформа: Иллумина НоваСек Кс; ДНБСЕК-Т7
-
Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина
Дуге некодирајуће РНК (лнцРНА) су дуже од 200 нуклеотида који поседују минимални потенцијал кодирања и кључни су елементи унутар некодирајуће РНК. Пронађене у језгру и цитоплазми, ове РНК играју кључну улогу у епигенетској, транскрипционој и пост-транскрипционој регулацији, наглашавајући њихов значај у обликовању ћелијских и молекуларних процеса. Секвенцирање ЛнцРНА је моћно средство у ћелијској диференцијацији, онтогенези и људским болестима.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
Мала РНК секвенцирање-Иллумина
Мали молекули РНК (сРНА) укључују микроРНК (миРНА), мале интерферирајуће РНК (сиРНА) и РНК које интерагују са пиви (пиРНА). Међу њима, миРНА, дугачке око 18-25 нуклеотида, посебно су вредне пажње због своје кључне регулаторне улоге у различитим ћелијским процесима. Са ткивно-специфичним и специфичним обрасцима експресије, миРНА показују високу конзервацију међу различитим врстама.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
ЦирцРНА Секуенцинг-Иллумина
Кружно РНК секвенцирање (цирцРНА-сек) је да профилише и анализира кружне РНК, класу молекула РНК који формирају затворене петље због неканонских догађаја спајања, обезбеђујући овој РНК повећану стабилност. Док се показало да неке циркРНК делују као микроРНК сунђери, секвестрирају микроРНК и спречавају их да регулишу своје циљне мРНК, друге цирцРНК могу да комуницирају са протеинима, модулирају експресију гена или имају улогу у ћелијским процесима. Анализа експресије цирцРНА даје увид у регулаторне улоге ових молекула и њихов значај у различитим ћелијским процесима, развојним фазама и стањима болести, доприносећи дубљем разумевању сложености регулације РНК у контексту експресије гена.
-
Секвенцирање целог транскриптома – Иллумина
Секвенцирање целог транскриптома нуди свеобухватан приступ профилисању различитих РНК молекула, обухватајући кодирајуће (мРНА) и некодирајуће РНК (лнцРНА, цирцРНА и миРНА). Ова техника обухвата цео транскриптом специфичних ћелија у датом тренутку, омогућавајући холистичко разумевање ћелијских процеса. Такође познато као „укупно секвенцирање РНК“, има за циљ да открије сложене регулаторне мреже на нивоу транскриптома, омогућавајући дубинску анализу као што је конкурентска ендогена РНК (цеРНА) и заједничка анализа РНК. Ово означава почетни корак ка функционалној карактеризацији, посебно у откривању регулаторних мрежа које укључују цеРНА интеракције засноване на цирцРНА-миРНА-мРНА.
