-
БМКМАНУ С3000_Просторни транскрипт
Просторна транскриптомика стоји на челу научне иновације, оснажујући истраживаче да се удубе у сложене обрасце експресије гена унутар ткива, истовремено чувајући њихов просторни контекст. Усред различитих платформи, БМКГене је развио БМКМану С3000 Спатиал Трансцриптоме Цхип, који се може похвалити побољшаном резолуцијом од 3,5 µм, достижући субћелијски опсег и омогућавајући подешавања резолуције на више нивоа. Чип С3000, који има приближно 4 милиона тачака, користи микро-бунаре обложене куглицама напуњеним просторно баркодираним сондама за хватање. Библиотека цДНК, обогаћена просторним бар кодовима, припремљена је од С3000 чипа и потом секвенцирана на Иллумина НоваСек платформи. Комбинација просторно бар кодованих узорака и УМИ-ја обезбеђује тачност и специфичност генерисаних података. БМКМану С3000 чипови су изузетно разноврсни, нудећи подешавања резолуције на више нивоа која се могу фино подесити према различитим ткивима и жељеним нивоима детаља. Ова прилагодљивост позиционира чип као изванредан избор за различите студије просторне транскриптомике, обезбеђујући прецизно просторно груписање уз минималну буку. Коришћење технологије сегментације ћелија са БМКМану С3000 омогућава разграничење транскрипционих података до граница ћелија, што резултира анализом која има директно биолошко значење. Штавише, побољшана резолуција С3000 резултира већим бројем гена и УМИ откривених по ћелији, омогућавајући много прецизнију анализу просторних образаца транскрипције и груписања ћелија.
-
Секвенцирање РНК са једним језгром
Развој техника хватања једне ћелије и прилагођених техника изградње библиотеке, заједно са секвенцирањем високе пропусности, револуционирао је студије експресије гена на нивоу ћелије. Овај пробој омогућава дубљу и свеобухватнију анализу сложених ћелијских популација, превазилазећи ограничења повезана са усредњавањем експресије гена у свим ћелијама и очувањем праве хетерогености унутар ових популација. Док једноћелијско РНК секвенцирање (сцРНА-сек) има неоспорне предности, оно наилази на изазове у одређеним ткивима где је стварање једноћелијске суспензије тешко и захтева свеже узорке. У БМКГене-у решавамо ову препреку тако што нудимо секвенцирање РНК са једним језгром (снРНА-сек) коришћењем најсавременије технологије 10Кс Геномицс Цхромиум. Овај приступ проширује спектар узорака који су подложни анализи транскриптома на нивоу једне ћелије.
Изолација језгара се постиже путем иновативног 10Кс Геномицс Цхромиум чипа, који садржи осмоканални микрофлуидни систем са дуплим укрштањима. У оквиру овог система, перле гела које садрже бар кодове, прајмере, ензиме и једно језгро су инкапсулиране у капи уља величине нанолитара, формирајући гел перле у емулзији (ГЕМ). Након формирања ГЕМ-а, унутар сваког ГЕМ-а долази до лизе ћелије и ослобађања баркода. Након тога, молекули мРНК подлежу реверзној транскрипцији у цДНК, укључујући 10Кс бар кодове и јединствене молекуларне идентификаторе (УМИ). Ове цДНК се затим подвргавају конструкцији стандардне библиотеке секвенцирања, олакшавајући робусно и свеобухватно истраживање профила експресије гена на нивоу једне ћелије.
Платформа: 10× Геномицс Цхромиум и Иллумина НоваСек платформа
-
10к Геномицс Висиум просторни транскрипт
Просторна транскриптомика је најсавременија технологија која омогућава истраживачима да истражују обрасце експресије гена унутар ткива уз очување њиховог просторног контекста. Једна моћна платформа у овом домену је 10к Геномицс Висиум у комбинацији са Иллумина секвенцирањем. Принцип 10Кс Висиум-а лежи на специјализованом чипу са одређеним подручјем за хватање где се постављају делови ткива. Ово подручје снимања садржи тачке са бар кодом, од којих свака одговара јединственој просторној локацији унутар ткива. Ухваћени молекули РНК из ткива се затим обележавају јединственим молекуларним идентификаторима (УМИ) током процеса реверзне транскрипције. Ове тачке са бар кодом и УМИ омогућавају прецизно просторно мапирање и квантификацију експресије гена у резолуцији једне ћелије. Комбинација просторно бар кодованих узорака и УМИ-ја обезбеђује тачност и специфичност генерисаних података. Коришћењем ове технологије просторне транскриптомике, истраживачи могу да стекну дубље разумевање просторне организације ћелија и сложених молекуларних интеракција које се дешавају унутар ткива, нудећи непроцењив увид у механизме који леже у основи биолошких процеса у више области, укључујући онкологију, неуронауку, развојну биологију, имунологију. , и ботаничке студије.
Платформа: 10Кс Геномицс Висиум и Иллумина НоваСек
