-
Тоолкитс
БМКЦлоуд је водећа биоинформатичка платформа која пружа једно-стоп решење за геномске програме, у коју се широко верују истраживачи у различитим областима, укључујући медицину, пољопривреду, животну средину, итд. БМКЦлоуд је посвећен пружању интегрисаних, поузданих и ефикасних услуга укључујући платформе и алате за биоинформатичку анализу , рачунарски ресурси, јавна база података, биоинформтички онлајн курсеви, итд. БМКЦлоуд има различите често коришћене биоинформатичке алате укључујући и белешке гена, еволуциони генетски алати, нцРНА, контрола квалитета података, склапање, поравнање, екстракција података, мутације, статистика, генератор фигура, анализа секвенце, итд.
-
Де ново скупштина бактеријског генома
Пружамо комплетну услугу монтаже бактеријског генома, гарантујући 0 празнина. Ово је могуће интеграцијом технологија секвенцирања дугог читања, као што су Нанопоре и ПацБио за склапање и секвенцирање кратког читања са Иллумином за валидацију склопа и исправљање грешака ОНТ читања. Наша услуга пружа комплетан биоинформатички радни ток од склапања, функционалне белешке и напредне биоинформатичке анализе, испуњавајући специфичне циљеве истраживања. Ова услуга омогућава развој прецизних референтних генома за различите генетске и геномске студије. Поред тога, он чини основу за апликације као што су оптимизација сојева, генетски инжењеринг и развој микробне технологије, обезбеђујући поуздане геномске податке без празнина који су кључни за унапређење научних увида и биотехнолошких иновација.
-
мала РНК
Мале РНК су тип кратке некодирајуће РНК са просечном дужином од 18-30 нт, укључујући миРНА, сиРНА и пиРНА. За ове мале РНК се масовно извештава да су укључене у различите биолошке процесе као што су деградација мРНК, инхибиција транслације, формирање хетерохроматина, итд. Анализа секвенционирања мале РНК се широко примењује у студијама о развоју животиња/биљки, болести, вируса, итд. платформа за анализу секвенцирања састоји се од стандардне анализе и напредног рударења података. На основу РНА-сек података, стандардна анализа може постићи идентификацију и предвиђање миРНА, предвиђање циљног гена миРНА, анотацију и анализу експресије. Напредна анализа омогућава прилагођено претраживање и екстракцију миРНА, генерисање Веновог дијаграма, миРНА и изградњу мреже циљних гена.
-
НГС-ВГС (Иллумина/БГИ)
НГС-ВГС је платформа за анализу ресеквенционисања читавог генома, која је развијена на основу богатог искуства у Биомаркер Тецхнологиес. Ова платформа лака за коришћење омогућава брзо подношење интегрисаног тока рада анализе једноставним постављањем неколико основних параметара, који се уклапају у податке секвенцирања ДНК генерисане са Иллумина платформе и БГИ платформе за секвенцирање. Ова платформа је распоређена на рачунарском серверу високих перформанси, што омогућава високоефикасну анализу података у веома ограниченом времену. Персонализовано рударење података доступно је на основу стандардне анализе, укључујући упит о мутираним генима, дизајн ПЦР прајмера итд.
-
мРНА (референца)
Транскриптом је веза између геномске генетске информације и протеома биолошке функције. Регулација нивоа транскрипције је најважнији и најшире проучаван начин регулације организама. Секвенцирање транскриптома може секвенцирати транскриптом у било ком тренутку или под било којим условима, са резолуцијом тачном на један нуклеотид. Може динамички да одражава ниво транскрипције гена, истовремено идентификује и квантификује ретке и нормалне транскрипте и обезбеди структурне информације о узорак специфичних транскрипата.
Тренутно, технологија секвенцирања транскриптома се широко користи у агрономији, медицини и другим истраживачким пољима, укључујући регулацију развоја животиња и биљака, прилагођавање животне средине, имунолошку интеракцију, локализацију гена, генетску еволуцију врста и откривање тумора и генетских болести.
-
метагеномика (НГС)
Ова платформа за анализу је дизајнирана за анализу метагеномских података сачмарица на основу вишегодишњег искуства. Састоји се од интегрисаног тока рада који садржи различите уобичајено потребне метагеномске анализе, укључујући обраду података, студије на нивоу врсте, студије на нивоу функције гена, бинирање метагенома, итд. Поред тога, прилагођени алати за рударење података су доступни у стандардном току рада анализе, укључујући упите гена и врста , подешавање параметара, генерисање персонализованих фигура итд.
-
ЛнцРНА
Дуге некодирајуће РНК (лнцРНА) су тип транскрипата дужине веће од 200 нт, који нису у стању да кодирају протеине. Акумулативни докази сугеришу да је већина лнцРНА врло вероватно функционална. Технологије секвенцирања високе пропусности и алати за биоинформатичку анализу нам омогућавају да ефикасније откријемо секвенце лнцРНА и информације о позиционирању и воде нас до откривања лнцРНА са кључним регулаторним функцијама. БМКЦлоуд је поносан што пружа нашим клијентима платформу за анализу секвенцирања лнцРНА за постизање брзе, поуздане и флексибилне анализе лнцРНА.
-
ГВАС
Студија асоцијације на нивоу генома (ГВАС) има за циљ идентификацију генетских варијанти (генотипа) које су повезане са специфичним особинама (фенотипом). ГВА студије истражују генетске маркере који прелазе цео геном великог броја индивидуа и предвиђају повезаност генотип-фенотип статистичком анализом на нивоу популације. Поновно секвенцирање целог генома може потенцијално открити све генетске варијанте. У комбинацији са фенотипским подацима, ГВАС се може обрадити да би се идентификовали СНП-ови, КТЛ-ови и гени кандидати у вези са фенотипом, што снажно подржава савремени узгој животиња/биљки. СЛАФ је саморазвијена поједностављена стратегија секвенцирања генома, која открива дистрибуиране маркере широм генома, СНП. Ови СНП, као молекуларни генетски маркери, могу се обрадити за студије асоцијације са циљаним особинама. То је исплатива стратегија у идентификацији сложених особина повезаних генетских варијација.
-
Нанопоре Транскриптомика пуне дужине
Комплексне и варијабилне алтернативне изоформе у организмима су важни генетски механизми за регулисање експресије гена и разноврсности протеина. Тачна идентификација структура транскрипта је основа за дубинско проучавање образаца регулације експресије гена. Платформа за секвенцирање нанопора успешно је довела транскриптомску студију на ниво изоформе. Ова платформа за анализу је дизајнирана да анализира РНА-Сек податке генерисане на Нанопоре платформи на бази референтног генома, чиме се постижу квалитативне и квантитативне анализе и на нивоу гена и на нивоу транскрипата.
-
цирц-РНА
Кружна РНК (цирцРНА) је врста некодирајуће РНК, за коју је недавно откривено да игра виталну улогу у регулаторним мрежама укљученим у развој, отпорност на животну средину, итд. Разликује се од линеарних РНК молекула, нпр. мРНА, лнцРНА, 3′ и 5′ крајеви цирцРНА су спојени заједно да формирају кружну структуру, која их чува од варења егзонуклеазе и стабилнија је од већине линеарних РНА. Утврђено је да цирцРНА има различите функције у регулисању експресије гена. ЦирцРНА може да ради као цеРНА, која везује миРНА компетитивно, познату као миРНА сунђер. Платформа за анализу секвенцирања ЦирцРНА омогућава анализу структуре и експресије цирцРНА, предвиђање циља и заједничку анализу са другим типовима РНК молекула
-
БСА
Булкед Сегрегант Аналисис платформа се састоји од стандардне анализе у једном кораку и напредне анализе са прилагођеним подешавањем параметара. БСА је техника која се користи за брзу идентификацију генетских маркера повезаних са фенотипом. Главни ток рада БСА садржи: 1. одабир две групе појединаца са изузетно супротним фенотиповима; 2. удруживање ДНК, РНК или СЛАФ-сек (развијено од Биомаркер-а) свих појединаца да би се формирала два дела ДНК; 3. идентификовање диференцијалних секвенци у односу на референтни геном или између њих, 4. предвиђање кандидата повезаних региона помоћу ЕД и СНП-индекс алгоритма; 5. Функционална анализа и обогаћивање гена у регионима кандидатима, итд. Напредније истраживање података укључујући скрининг генетских маркера и дизајн прајмера је такође доступно.
-
Ампликон (16С/18С/ИТС)
Амплицон (16С/18С/ИТС) платформа је развијена са дугогодишњим искуством у анализи пројекта микробне разноликости, која садржи стандардизовану основну анализу и персонализовану анализу: основна анализа покрива главни садржај анализе актуелних микробних истраживања, садржај анализе је богат и свеобухватан, а резултати анализе су представљени у форми пројектних извештаја; Садржај персонализоване анализе је разнолик. Узорци се могу бирати и параметри могу бити флексибилно подешени у складу са основним извештајем анализе и сврхом истраживања, како би се реализовали персонализовани захтеви. Виндовс оперативни систем, једноставан и брз.
-
Еволуциона генетика
Еволуциона генетика је свеобухватна услуга секвенцирања дизајнирана да понуди проницљиво тумачење еволуције унутар велике групе појединаца, на основу генетских варијација, укључујући СНП, ИнДелс, СВ и ЦНВ. Ова услуга обухвата све суштинске анализе потребне за разјашњавање еволуционих померања и генетских карактеристика популација, укључујући процене структуре популације, генетске разноврсности и филогенетских односа. Штавише, он се бави студијама о протоку гена, омогућавајући процене ефективне величине популације и времена дивергенције. Студије еволуционе генетике дају вредан увид у порекло и адаптације врста.
У БМКГЕНЕ-у нудимо две могућности за спровођење еволуционих генетичких студија на великим популацијама: коришћење секвенцирања целог генома (ВГС) или одабирање методе секвенцирања генома смањене репрезентације, интерно развијеног Специфиц-Лоцус Амплифиед Фрагмента (СЛАФ). Док ВГС одговара мањим геномима, СЛАФ се појављује као исплатива алтернатива за проучавање већих популација са дужим геномима, ефективно минимизирајући трошкове секвенцирања.
