-
Метагеномско секвенцирање -НГС
Метагеном је скуп укупног генетског материјала мешовите заједнице организама, као што су еколошки и људски метагеноми. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати. Метагеномско секвенцирање пушке са НГС-ом омогућава проучавање ових сложених геномских пејзажа уграђених у узорке животне средине пружајући више од таксономског профилисања, дајући такође детаљан увид у разноликост врста, динамику обиља и сложене структуре становништва. Поред таксономских студија, метагеномика сачмарице такође нуди перспективу функционалне геномике, омогућавајући истраживање кодираних гена и њихове претпостављене улоге у еколошким процесима. Коначно, успостављање корелационих мрежа између генетских елемената и фактора животне средине доприноси холистичком разумевању замршене интеракције између микробних заједница и њихове еколошке позадине. У закључку, метагеномско секвенцирање представља кључни инструмент за откривање геномских замршености различитих микробних заједница, осветљавајући вишеструке односе између генетике и екологије унутар ових сложених екосистема.
Платформе: Иллумина НоваСек и ДНБСЕК-Т7
-
Метагеномско секвенцирање-ТГС
Метагеном је скуп генетског материјала мешовите заједнице организама, као што су еколошки и људски метагеноми. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати. Метагеномско секвенцирање омогућава проучавање ових сложених геномских пејзажа уграђених у еколошке узорке пружајући више од таксономског профилисања. Такође нуди функционалну перспективу геномике истражујући кодиране гене и њихове претпостављене улоге у процесима животне средине. Док су традиционални приступи сачмарицама са Иллумина секвенцирањем широко коришћени у метагеномским студијама, појављивање Нанопоре и ПацБио секвенцирања дугог читања променило је поље. Технологија Нанопоре и ПацБио побољшава низводне биоинформатичке анализе, посебно склапање метагенома, обезбеђујући континуиранији склоп. Извештаји показују да су метагеномика заснована на Нанопоре и ПацБио успешно генерисала комплетне и затворене бактеријске геноме из сложених микробиома (Мосс, ЕЛ, ет ал., Натуре Биотецх, 2020). Интеграција Нанопоре читања са Иллумина читањима пружа стратешки приступ за исправљање грешака, ублажавајући инхерентну ниску прецизност Нанопореа. Ова синергистичка комбинација користи предности сваке платформе за секвенцирање, нудећи робусно решење за превазилажење потенцијалних ограничења и унапређење прецизности и поузданости метагеномских анализа.
Платформа: Нанопоре ПрометхИОН 48, Иллумиа и ПацБио Ревио
-
Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС)
Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС) представља методологију златног стандарда за дубинско истраживање метилације ДНК, посебно пету позицију у цитозину (5-мЦ), кључном регулатору експресије гена и ћелијске активности. Принцип који лежи у основи ВГБС-а укључује третман бисулфитом, који изазива конверзију неметилованих цитозина у урацил (Ц у У), док метиловане цитозине оставља непромењеним. Ова техника нуди резолуцију са једном базом, омогућавајући истраживачима да свеобухватно истраже метилом и открију абнормалне обрасце метилације повезане са различитим стањима, посебно раком. Коришћењем ВГБС-а, научници могу стећи неупоредив увид у пејзаже метилације широм генома, пружајући нијансирано разумевање епигенетских механизама који леже у основи различитих биолошких процеса и болести.
-
Тест за хроматин приступачан транспозази са секвенцирањем високог протока (АТАЦ-сек)
АТАЦ-сек је техника секвенцирања високе пропусности која се користи за анализу доступности хроматина у целом геному. Његова употреба пружа дубље разумевање сложених механизама глобалне епигенетске контроле над експресијом гена. Метода користи хиперактивну Тн5 транспозазу да истовремено фрагментира и означава отворене регионе хроматина уметањем адаптера за секвенцирање. Накнадна ПЦР амплификација резултира стварањем библиотеке секвенцирања, која омогућава свеобухватну идентификацију отворених региона хроматина у специфичним просторно-временским условима. АТАЦ-сек пружа холистички поглед на приступачне пејзаже хроматина, за разлику од метода које се фокусирају искључиво на места везивања фактора транскрипције или специфичне регионе модификоване хистоном. Секвенцирањем ових отворених хроматинских региона, АТАЦ-сек открива регионе са већом вероватноћом активних регулаторних секвенци и потенцијалних места везивања фактора транскрипције, нудећи вредан увид у динамичку модулацију експресије гена у целом геному.
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Гени 16С и 18С рРНА, заједно са регионом унутрашњег транскрибованог размака (ИТС), служе као кључни маркери за молекуларне отиске прстију због своје комбинације високо конзервираних и хипер-варијабилних региона, што их чини непроцењивим алатима за карактеризацију прокариотских и еукариотских организама. Амплификација и секвенционирање ових региона нуде приступ без изолације за истраживање микробног састава и разноликости у различитим екосистемима. Док Иллумина секвенцирање обично циља на кратке хиперваријабилне регионе као што су В3-В4 од 16С и ИТС1, показано је да се супериорна таксономска анотација може постићи секвенцирањем пуне дужине 16С, 18С и ИТС. Овај свеобухватни приступ резултира већим процентом тачно класификованих секвенци, постижући ниво резолуције који се протеже на идентификацију врста. ПацБио-ова платформа за секвенционирање са једним молекулом у реалном времену (СМРТ) се истиче пружањем високо прецизних дугих читања (ХиФи) која покривају ампликоне пуне дужине, што се такмичи са прецизношћу секвенцирања Иллумина. Ова способност омогућава истраживачима да постигну предност без премца — панорамски поглед на генетски пејзаж. Проширена покривеност значајно подиже резолуцију у ознакама врста, посебно унутар бактеријских или гљивичних заједница, омогућавајући дубље разумевање замршености микробних популација.
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-НГС
Секвенцирање ампликона са Иллумина технологијом, посебно циљано на генетске маркере 16С, 18С и ИТС, је моћан метод за откривање филогеније, таксономије и обиља врста унутар микробних заједница. Овај приступ укључује секвенцирање хиперваријабилних региона кућних генетских маркера. Првобитно представљен као молекуларни отисак прста одВоесес ет ал1977. године, ова техника је револуционирала профилисање микробиома омогућавајући анализе без изолације. Кроз секвенционирање 16С (бактерије), 18С (гљивице) и унутрашњег транскрибованог размакнице (ИТС, гљиве), истраживачи могу да идентификују не само обилне врсте већ и ретке и неидентификоване. Широко прихваћено као кључно средство, секвенцирање ампликона постало је кључно за уочавање диференцијалних микробних композиција у различитим окружењима, укључујући људска уста, црева, столицу и даље.
-
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица
Пројекти поновног секвенцирања читавог генома бактерија и гљивица су кључни за унапређење микробне геномике омогућавајући комплетирање и поређење микробних генома. Ово олакшава инжењеринг ферментације, оптимизацију индустријских процеса и истраживање путева секундарног метаболизма. Штавише, поновно секвенцирање гљивица и бактерија је кључно за разумевање прилагођавања животне средине, оптимизацију сојева и откривање динамике генетске еволуције, са широким импликацијама у медицини, пољопривреди и науци о животној средини.
-
ПацБио – секвенцирање ампликона пуне дужине 16С/18С/ИТС
Амплицон (16С/18С/ИТС) платформа је развијена са дугогодишњим искуством у анализи пројекта микробне разноликости, која садржи стандардизовану основну анализу и персонализовану анализу: основна анализа покрива главни садржај анализе актуелних микробних истраживања, садржај анализе је богат и свеобухватан, а резултати анализе су представљени у форми пројектних извештаја; Садржај персонализоване анализе је разнолик. Узорци се могу бирати и параметри могу бити флексибилно подешени у складу са основним извештајем анализе и сврхом истраживања, како би се реализовали персонализовани захтеви. Виндовс оперативни систем, једноставан и брз.
-
ПацБио-Транскриптом пуне дужине (нереферентни)
Узимајући податке о секвенцирању изоформе Пацифиц Биосциенцес (ПацБио) као улаз, ова апликација може да идентификује секвенце транскрипта пуне дужине (без склапања). Пресликавањем секвенци пуне дужине у односу на референтни геном, транскрипти се могу оптимизовати познатим генима, транскриптима, кодирајућим регионима, итд. У овом случају, може се постићи прецизнија идентификација мРНК структура, као што је алтернативно спајање, итд. Заједничка анализа са подацима секвенцирања транскриптома НГС-а омогућава свеобухватнију анотацију и тачнију квантификацију у експресији на нивоу транскрипта, што у великој мери доприноси диференцијалној експресији и функционалној анализи низводно.
-
Редукована заступљеност бисулфитног секвенцирања (РРБС)
Секвенцирање бисулфита смањене заступљености (РРБС) појавило се као исплатива и ефикасна алтернатива секвенцирању бисулфита целог генома (ВГБС) у истраживању метилације ДНК. Док ВГБС пружа свеобухватне увиде испитивањем целог генома у једној базној резолуцији, његова висока цена може бити ограничавајући фактор. РРБС стратешки ублажава овај изазов селективном анализом репрезентативног дела генома. Ова методологија се ослања на обогаћивање региона богатих ЦпГ острвима МспИ цепањем након чега следи одабир величине фрагмената од 200-500/600 бпс. Сходно томе, само региони проксимални од ЦпГ острва су секвенцирани, док су они са удаљеним ЦпГ острвима искључени из анализе. Овај процес, у комбинацији са бисулфитним секвенцирањем, омогућава детекцију метилације ДНК у високој резолуцији, а приступ секвенцирању, ПЕ150, фокусира се посебно на крајеве уметака, а не на средину, повећавајући ефикасност профилисања метилације. РРБС је непроцењив алат који омогућава исплативо истраживање метилације ДНК и унапређује знање о епигенетским механизмима.
-
Секвенцирање прокариотске РНК
Секвенцирање РНК омогућава свеобухватно профилисање свих РНК транскрипата унутар ћелија под специфичним условима. Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима. Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање РНК нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације. Наша обрада узорака прокариотске РНК је прилагођена прокариотским транскриптомима, укључујући исцрпљивање рРНА и усмерену припрему библиотеке.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
Секвенцирање метатранскриптома
Користећи Иллумина технологију секвенцирања, БМКГЕНЕ-ова услуга секвенцирања метатранскриптома открива динамичку експресију гена разноликог низа микроба, од еукариота до прокариота и вируса, у природном окружењу као што су тло, вода, море, столица и црева. Наша свеобухватна услуга омогућава истраживачима да уђу у комплетне профиле експресије гена комплексних микробних заједница. Поред таксономске анализе, наша услуга секвенцирања метатранскриптома олакшава истраживање функционалног обогаћивања, бацајући светло на различито изражене гене и њихове улоге. Откријте мноштво биолошких увида док се крећете по сложеним пејзажима експресије гена, таксономске разноликости и функционалне динамике унутар ових разноликих еколошких ниша.
-
Де ново скупштина генома гљива
БМКГЕНЕ нуди разноврсна решења за геноме гљива, задовољавајући различите потребе истраживања и жељену комплетност генома. Само коришћење Иллумина секвенцирања кратког читања омогућава генерисање нацрта генома. Секвенционирање кратког и дугог читања помоћу Нанопореа или Пацбио-а се комбинује за префињенији геном гљивица са дужим контиговима. Штавише, интегрисање Хи-Ц секвенцирања додатно побољшава могућности, омогућавајући постизање комплетног генома на нивоу хромозома.
