-
Метагеномско секвенцирање -НГС
Метагеном је скуп укупног генетског материјала мешовите заједнице организама, као што су еколошки и људски метагеноми. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати. Метагеномско секвенцирање пушке са НГС-ом омогућава проучавање ових сложених геномских пејзажа уграђених у узорке животне средине пружајући више од таксономског профилисања, дајући такође детаљан увид у разноликост врста, динамику обиља и сложене структуре становништва. Поред таксономских студија, метагеномика сачмарице такође нуди перспективу функционалне геномике, омогућавајући истраживање кодираних гена и њихове претпостављене улоге у еколошким процесима. Коначно, успостављање корелационих мрежа између генетских елемената и фактора животне средине доприноси холистичком разумевању замршене интеракције између микробних заједница и њихове еколошке позадине. У закључку, метагеномско секвенцирање представља кључни инструмент за откривање геномских замршености различитих микробних заједница, осветљавајући вишеструке односе између генетике и екологије унутар ових сложених екосистема.
Платформе: Иллумина НоваСек и ДНБСЕК-Т7
-
Метагеномско секвенцирање-ТГС
Метагеном је скуп генетског материјала мешовите заједнице организама, као што су еколошки и људски метагеноми. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати. Метагеномско секвенцирање омогућава проучавање ових сложених геномских пејзажа уграђених у еколошке узорке пружајући више од таксономског профилисања. Такође нуди функционалну перспективу геномике истражујући кодиране гене и њихове претпостављене улоге у процесима животне средине. Док су традиционални приступи сачмарицама са Иллумина секвенцирањем широко коришћени у метагеномским студијама, појављивање Нанопоре и ПацБио секвенцирања дугог читања променило је поље. Технологија Нанопоре и ПацБио побољшава низводне биоинформатичке анализе, посебно склапање метагенома, обезбеђујући континуиранији склоп. Извештаји показују да су метагеномика заснована на Нанопоре и ПацБио успешно генерисала комплетне и затворене бактеријске геноме из сложених микробиома (Мосс, ЕЛ, ет ал., Натуре Биотецх, 2020). Интеграција Нанопоре читања са Иллумина читањима пружа стратешки приступ за исправљање грешака, ублажавајући инхерентну ниску прецизност Нанопореа. Ова синергистичка комбинација користи предности сваке платформе за секвенцирање, нудећи робусно решење за превазилажење потенцијалних ограничења и унапређење прецизности и поузданости метагеномских анализа.
Платформа: Нанопоре ПрометхИОН 48, Иллумиа и ПацБио Ревио
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Гени 16С и 18С рРНА, заједно са регионом унутрашњег транскрибованог размака (ИТС), служе као кључни маркери за молекуларне отиске прстију због своје комбинације високо конзервираних и хипер-варијабилних региона, што их чини непроцењивим алатима за карактеризацију прокариотских и еукариотских организама. Амплификација и секвенционирање ових региона нуде приступ без изолације за истраживање микробног састава и разноликости у различитим екосистемима. Док Иллумина секвенцирање обично циља на кратке хиперваријабилне регионе као што су В3-В4 од 16С и ИТС1, показано је да се супериорна таксономска анотација може постићи секвенцирањем пуне дужине 16С, 18С и ИТС. Овај свеобухватни приступ резултира већим процентом тачно класификованих секвенци, постижући ниво резолуције који се протеже на идентификацију врста. ПацБио-ова платформа за секвенционирање са једним молекулом у реалном времену (СМРТ) се истиче пружањем високо прецизних дугих читања (ХиФи) која покривају ампликоне пуне дужине, што се такмичи са прецизношћу секвенцирања Иллумина. Ова способност омогућава истраживачима да постигну предност без премца — панорамски поглед на генетски пејзаж. Проширена покривеност значајно подиже резолуцију у ознакама врста, посебно унутар бактеријских или гљивичних заједница, омогућавајући дубље разумевање замршености микробних популација.
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-НГС
Секвенцирање ампликона са Иллумина технологијом, посебно циљано на генетске маркере 16С, 18С и ИТС, је моћан метод за откривање филогеније, таксономије и обиља врста унутар микробних заједница. Овај приступ укључује секвенцирање хиперваријабилних региона кућних генетских маркера. Првобитно представљен као молекуларни отисак прста одВоесес ет ал1977. године, ова техника је револуционирала профилисање микробиома омогућавајући анализе без изолације. Кроз секвенционирање 16С (бактерије), 18С (гљивице) и унутрашњег транскрибованог размакнице (ИТС, гљиве), истраживачи могу да идентификују не само обилне врсте већ и ретке и неидентификоване. Широко прихваћено као кључно средство, секвенцирање ампликона постало је кључно за уочавање диференцијалних микробних композиција у различитим окружењима, укључујући људска уста, црева, столицу и даље.
-
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица
Пројекти поновног секвенцирања читавог генома бактерија и гљивица су кључни за унапређење микробне геномике омогућавајући комплетирање и поређење микробних генома. Ово олакшава инжењеринг ферментације, оптимизацију индустријских процеса и истраживање путева секундарног метаболизма. Штавише, поновно секвенцирање гљивица и бактерија је кључно за разумевање прилагођавања животне средине, оптимизацију сојева и откривање динамике генетске еволуције, са широким импликацијама у медицини, пољопривреди и науци о животној средини.
-
Секвенцирање прокариотске РНК
Секвенцирање РНК омогућава свеобухватно профилисање свих РНК транскрипата унутар ћелија под специфичним условима. Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима. Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање РНК нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације. Наша обрада узорака прокариотске РНК је прилагођена прокариотским транскриптомима, укључујући исцрпљивање рРНА и усмерену припрему библиотеке.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
Секвенцирање метатранскриптома
Користећи Иллумина технологију секвенцирања, БМКГЕНЕ-ова услуга секвенцирања метатранскриптома открива динамичку експресију гена разноликог низа микроба, од еукариота до прокариота и вируса, у природном окружењу као што су тло, вода, море, столица и црева. Наша свеобухватна услуга омогућава истраживачима да уђу у комплетне профиле експресије гена комплексних микробних заједница. Поред таксономске анализе, наша услуга секвенцирања метатранскриптома олакшава истраживање функционалног обогаћивања, бацајући светло на различито изражене гене и њихове улоге. Откријте мноштво биолошких увида док се крећете по сложеним пејзажима експресије гена, таксономске разноликости и функционалне динамике унутар ових разноликих еколошких ниша.
-
Де ново скупштина генома гљива
БМКГЕНЕ нуди разноврсна решења за геноме гљива, задовољавајући различите потребе истраживања и жељену комплетност генома. Само коришћење Иллумина секвенцирања кратког читања омогућава генерисање нацрта генома. Секвенционирање кратког и дугог читања помоћу Нанопореа или Пацбио-а се комбинује за префињенији геном гљивица са дужим контиговима. Штавише, интегрисање Хи-Ц секвенцирања додатно побољшава могућности, омогућавајући постизање комплетног генома на нивоу хромозома.
-
Де ново скупштина бактеријског генома
Пружамо комплетну услугу монтаже бактеријског генома, гарантујући 0 празнина. Ово је могуће интеграцијом технологија секвенцирања дугог читања, као што су Нанопоре и ПацБио за склапање и секвенцирање кратког читања са Иллумином за валидацију склопа и исправљање грешака ОНТ читања. Наша услуга пружа комплетан биоинформатички радни ток од склапања, функционалне белешке и напредне биоинформатичке анализе, испуњавајући специфичне циљеве истраживања. Ова услуга омогућава развој прецизних референтних генома за различите генетске и геномске студије. Поред тога, он чини основу за апликације као што су оптимизација сојева, генетски инжењеринг и развој микробне технологије, обезбеђујући поуздане геномске податке без празнина који су кључни за унапређење научних увида и биотехнолошких иновација.
