-
Интеракција хроматина заснована на Хи-Ц
Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати геномску конфигурацију комбиновањем интеракција заснованих на сондирању и секвенционирања високе пропусности. Метода се заснива на унакрсном повезивању хроматина са формалдехидом, праћеном варењем и поновном лигацијом на начин да само фрагменти који су ковалентно повезани формирају продукте лигације. Секвенцирањем ових производа лигације могуће је проучавати 3Д организацију генома. Хи-Ц омогућава проучавање дистрибуције делова генома који су слабо упаковани (А одељак, еухроматин) и вероватније је да ће бити транскрипционо активни, као и региона који су чвршће упаковани (Б одељци, хетерохроматин). Хи-Ц се такође може користити за прецизирање тополошки повезаних домена (ТАД), региона генома који имају пресавијене структуре и вероватно ће имати сличне обрасце експресије, као и за идентификацију хроматинских петљи, региона ДНК који су заједно усидрени протеинима и који су често обогаћена регулаторним елементима. БМКГене-ова Хи-Ц услуга секвенцирања омогућава истраживачима да истраже просторне димензије геномике, отварајући нове путеве за разумевање регулације генома и њених импликација на здравље и болести.
-
Секвенцирање имунопреципитације хроматина (ЦхИП-сек)
Имунопреципитација хроматина (ЦХИП) је техника која користи антитела да селективно обогате протеине који се везују за ДНК и њихове одговарајуће геномске циљеве. Његова интеграција са НГС-ом омогућава профилисање ДНК циљева на нивоу генома повезаних са модификацијом хистона, факторима транскрипције и другим протеинима који се везују за ДНК. Овај динамички приступ омогућава поређење места везивања између различитих типова ћелија, ткива или стања. Примене ЦхИП-Сек-а се протежу од проучавања регулације транскрипције и развојних путева до разјашњавања механизама болести, што га чини незаменљивим алатом за разумевање пејзажа геномске регулације и унапређење терапијских увида.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС)
Секвенцирање бисулфита целог генома (ВГБС) представља методологију златног стандарда за дубинско истраживање метилације ДНК, посебно пету позицију у цитозину (5-мЦ), кључном регулатору експресије гена и ћелијске активности. Принцип који лежи у основи ВГБС-а укључује третман бисулфитом, који изазива конверзију неметилованих цитозина у урацил (Ц у У), док метиловане цитозине оставља непромењеним. Ова техника нуди резолуцију са једном базом, омогућавајући истраживачима да свеобухватно истраже метилом и открију абнормалне обрасце метилације повезане са различитим стањима, посебно раком. Коришћењем ВГБС-а, научници могу стећи неупоредив увид у пејзаже метилације широм генома, пружајући нијансирано разумевање епигенетских механизама који леже у основи различитих биолошких процеса и болести.
-
Тест за хроматин приступачан транспозази са секвенцирањем високог протока (АТАЦ-сек)
АТАЦ-сек је техника секвенцирања високе пропусности која се користи за анализу доступности хроматина у целом геному. Његова употреба пружа дубље разумевање сложених механизама глобалне епигенетске контроле над експресијом гена. Метода користи хиперактивну Тн5 транспозазу да истовремено фрагментира и означава отворене регионе хроматина уметањем адаптера за секвенцирање. Накнадна ПЦР амплификација резултира стварањем библиотеке секвенцирања, која омогућава свеобухватну идентификацију отворених региона хроматина у специфичним просторно-временским условима. АТАЦ-сек пружа холистички поглед на приступачне пејзаже хроматина, за разлику од метода које се фокусирају искључиво на места везивања фактора транскрипције или специфичне регионе модификоване хистоном. Секвенцирањем ових отворених хроматинских региона, АТАЦ-сек открива регионе са већом вероватноћом активних регулаторних секвенци и потенцијалних места везивања фактора транскрипције, нудећи вредан увид у динамичку модулацију експресије гена у целом геному.
-
Редукована заступљеност бисулфитног секвенцирања (РРБС)
Секвенцирање бисулфита смањене заступљености (РРБС) појавило се као исплатива и ефикасна алтернатива секвенцирању бисулфита целог генома (ВГБС) у истраживању метилације ДНК. Док ВГБС пружа свеобухватне увиде испитивањем целог генома у једној базној резолуцији, његова висока цена може бити ограничавајући фактор. РРБС стратешки ублажава овај изазов селективном анализом репрезентативног дела генома. Ова методологија се ослања на обогаћивање региона богатих ЦпГ острвима МспИ цепањем након чега следи одабир величине фрагмената од 200-500/600 бпс. Сходно томе, само региони проксимални од ЦпГ острва су секвенцирани, док су они са удаљеним ЦпГ острвима искључени из анализе. Овај процес, у комбинацији са бисулфитним секвенцирањем, омогућава детекцију метилације ДНК у високој резолуцији, а приступ секвенцирању, ПЕ150, фокусира се посебно на крајеве уметака, а не на средину, повећавајући ефикасност профилисања метилације. РРБС је непроцењив алат који омогућава исплативо истраживање метилације ДНК и унапређује знање о епигенетским механизмима.
