Секвенцирање целог генома биљке/животиње
Сервице Феатурес
● Припрема библиотеке може бити стандардна или без ПЦР
● Доступан у 4 платформе за секвенцирање: Иллумина НоваСек, МГИ Т7, Нанопоре Прометхион П48 или ПацБио Ревио.
● Биоинформатичка анализа фокусирана на откривање варијанти: СНП, ИнДел, СВ и ЦНВ
Предности услуге
●Екстензивна експертиза и евиденција о публикацијама: Акумулирано искуство у секвенцирању генома за преко 1000 врста резултирало је са преко 1000 објављених случајева са кумулативним фактором утицаја од преко 5000.
●Свеобухватна биоинформатичка анализа: Укључујући позивање варијација и белешке функције.
● Подршка након продаје:Наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта уз период од 3 месеца након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
●Цомпрехенсиве Аннотатион: Користимо више база података да функционално означимо гене са идентификованим варијацијама и извршимо одговарајућу анализу обогаћивања, пружајући увид у више истраживачких пројеката.
Спецификације услуге
| Варијанте које треба идентификовати | Стратегија секвенцирања | Препоручена дубина |
| СНП и ИнДел | Иллумина НоваСек ПЕ150 или МГИ Т7 | 10к |
| СВ и ЦНВ (мање тачно) | 30к | |
| СВ и ЦНВ (тачније) | Нанопоре Пром П48 | 20к |
| СНП, Инделс, СВ и ЦНВ | ПацБио Ревио | 10к |
Захтеви за узорке
| Ткивне или екстраховане нуклеинске киселине | Иллумина/МГИ | Нанопоре | ПацБио
| ||
| Анимал Висцера | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Анимал Мусцле | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Маммалиан Блоод | 1,5 мЛ | ≥ 0,5 мЛ
| ≥ 5 мЛ
| ||
| Крв живине/рибље | ≥ 0,1 мЛ
| ≥ 0,5 мЛ
| |||
| Биљка - свеж лист | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Културне ћелије |
| ≥ 1к107
| ≥ 1к108
| ||
| Меко ткиво инсеката/појединац | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Екстрахован ДНК
| Концентрација: ≥ 1 нг/ µЛ Количина: ≥ 30 нг Ограничена или никаква деградација или контаминација
| Концентрација Износ
ОД260/280
ОД260/230
Ограничена или никаква деградација или контаминација
| ≥ 40 нг/ µЛ 4 µг/проточна ћелија/узорак
1.7-2.2
≥1.5 | Концентрација Износ
ОД260/280
ОД260/230
Ограничена или никаква деградација или контаминација | ≥ 50 нг/ µЛ 10 µг/проточна ћелија/узорак
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Припрема библиотеке без ПЦР: Концентрација≥ 40 нг/ µЛ Количина≥ 500 нг | |||||
Ток рада услуге
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Испорука података
Укључује следећу анализу:
- Контрола квалитета сирових података
- Статистика усклађивања са референтним геномом
- Идентификација варијанте: СНП, ИнДел, СВ и ЦНВ
- Функционално означавање варијанти
Статистика поравнања према референтном геному – дистрибуција дубине секвенцирања
СНП позива међу више узорака
ИнДел идентификација – статистика дужине ИнДел у ЦДС региону и региону у целом геному
Варијанта дистрибуције по геному – Цирцос плот
Функционална анотација гена са идентификованим варијантама – Онтологија гена
Цхаи, К. ет ал. (2023) „Глутатион С-трансфераза ГхТТ19 одређује пигментацију латица цвета регулацијом акумулације антоцијанина у памуку“, Плант Биотецхнологи Јоурнал, 21(2), стр. 433. дои: 10.1111/ПБИ.13965.
Цхенг, Х. ет ал. (2023) „Геном дивље хевее брасилиенсис на нивоу хромозома пружа нове алате за узгој уз помоћ генома и вредне локусе за повећање приноса каучука“, Плант Биотецхнологи Јоурнал, 21(5), стр. 1058–1072. дои: 10.1111/ПБИ.14018.
Ли, А. ет ал. (2021) „Геном естуарске остриге пружа увид у климатски утицај и прилагодљиву пластичност“, Цоммуницатионс Биологи 2021 4:1, 4(1), стр. 1–12. дои: 10.1038/с42003-021-02823-6.
Зенг, Т. ет ал. (2022) „Анализа промена генома и метилације код кинеских аутохтоних пилића током времена пружа увид у очување врста“, Цоммуницатионс Биологи, 5(1), стр. 1–12. дои: 10.1038/с42003-022-03907-7.
