Секвенцирање генома биљака/животиња Де Ново
Де Новосеквенцирање се односи на изградњу целог генома врсте коришћењем технологија секвенцирања у одсуству референтног генома. Увођење и широко усвајање секвенцирања треће генерације, са дужим читањем, значајно је побољшало састављање генома повећањем преклапања између читања. Ово побољшање је посебно важно када се ради о изазовним геномима, као што су они који показују високу хетерозиготност, висок однос репетитивних региона, полиплоида и региона са репетитивним елементима, абнормалним садржајем ГЦ или високе сложености који су обично лоше састављени коришћењем секвенцирања кратког читања сама.
Наше решење на једном месту пружа интегрисане услуге секвенцирања и биоинформатичке анализе које испоручују висококвалитетни де ново састављени геном. Иницијална анкета генома са Иллумина даје процене величине и сложености генома, а ове информације се користе за вођење следећег корака дуго читаног секвенцирања помоћу ПацБио ХиФи, а затимде новосклапање контига. Накнадна употреба ХиЦ склопа омогућава сидрење контига за геном, добијајући склоп на нивоу хромозома. Коначно, геном је обележен предвиђањем гена и секвенцирањем експримираних гена, прибегавајући транскриптомима са кратким и дугим читањем.
Сервице Феатурес
● Интеграција вишеструких услуга секвенцирања и биоинформатичких услуга у решење на једном месту:
Истраживање генома са Иллумином за процену величине генома и вођење следећих корака;
Дуг редослед читања заде новомонтажа контига;
Хи-Ц секвенцирање за сидрење хромозома;
секвенцирање мРНА за означавање гена;
Валидација скупштине.
● Услуга погодна за конструисање нових генома или побољшање постојећих референтних генома за врсте од интереса.
Предности услуге
Развој платформи за секвенцирање и биоинформатике уде новосклапање генома
(Амарасингхе СЛ ет ал.,Геноме Биологи, 2020)
●Екстензивна експертиза и евиденција о публикацијама: БМКГене је акумулирао огромно искуство у висококвалитетном састављању генома различитих врста, укључујући диплоидне геноме и веома сложене геноме полиплоидних и алополиплоидних врста. Од 2018. дали смо допринос преко300 публикација великог утицаја, од којих је 20+ објављено у Натуре Генетицс.
● Решење на једном месту: наш интегрисани приступ комбинује вишеструке технологије секвенцирања и биоинформатичке анализе у кохезиван радни ток, испоручујући висококвалитетни састављени геном.
●Прилагођено вашим потребама: Наш радни ток услуге је прилагодљив, омогућавајући прилагођавање за геноме са различитим карактеристикама и специфичним потребама истраживања. Ово укључује прилагођавање џиновских генома, полиплоидних генома, високо хетерозиготних генома и још много тога.
●Висококвалификовани тим за биоинформатику и лабораторије: са великим искуством у експерименталној и биоинформатичкој фронти сложених склопова генома и низом патената и софтверских ауторских права.
●Подршка након продаје:Наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта уз период од 3 месеца након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Спецификације услуге
| Истраживање генома | Склоп генома | На нивоу хромозома | Геноме Аннотатион |
| 50Кс Иллумина НоваСек ПЕ150
| 30Кс ПацБио ЦЦС ХиФи чита | 100Кс Хи-Ц | РНА-сек Иллумина ПЕ150 10 Гб + (опционо) РНА-сек пуне дужине ПацБио 40 Гб или Нанопоре 12 Гб |
Сервице Рекуирементс
За Геноме Сурвеи, Геноме Ассембли и Хи-Ц Ассембли:
| Ткивне или екстраховане нуклеинске киселине | Геноме Сурвеи | Склапање генома са ПацБио | Хи-Ц Ассембли |
| Анимал Висцера | 0,5-1 г
| ≥ 3,5 г | ≥2 г |
| Анимал Мусцле | ≥ 5 г | ||
| Маммалиан Блоод | 1,5 мЛ
| ≥ 5 мЛ | ≥2 мЛ |
| Крв живине/рибље | ≥ 0,5 мЛ | ||
| Биљка - свеж лист | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Културне ћелије |
| ≥ 1к108 | ≥ 1к107 |
| Инсецт | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Екстрахован ДНК | Концентрација: ≥1 нг/ µЛ Количина ≥ 30 нг Ограничена или никаква деградација или контаминација | Концентрација: ≥ 50 нг/ µЛ Количина: 10 µг/проточна ћелија/узорак ОД260/280=1,7-2,2 ОД260/230=1,8-2,5 Ограничена или никаква деградација или контаминација |
-
|
За анотацију генома са транскриптомиком:
| Ткивне или екстраховане нуклеинске киселине | Иллумина Трансцриптоме | ПацБио Трансцриптоме | Нанопоре Трансцриптоме |
| Биљка- Корен/Стабло/латица | 450 мг | 600 мг | |
| Биљка – лист/семе | 300 мг | 300 мг | |
| Биљка - воће | 1,2 г | 1,2 г | |
| Животињско срце/црева | 300 мг | 300 мг | |
| Животињски унутрашњи органи/мозак | 240 мг | 240 мг | |
| Анимал Мусцле | 450 мг | 450 мг | |
| Кости животиња/коса/кожа | 1 г | 1 г | |
| Артропод - инсект | 6 | 6 | |
| Артхропод -Црустацеа | 300 мг | 300 мг | |
| Цела крв | 1 цев | 1 цев | |
| Екстрахована РНК | Концентрација: ≥ 20 нг/ µЛ Количина ≥ 0,3 µг ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 РИН≥ 6 5≥28С/18С≥1 | Концентрација: ≥ 100 нг/ µЛ Количина ≥ 0,75 µг ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 РИН≥ 8 5≥28С/18С≥1 | Концентрација: ≥ 100 нг/ µЛ Количина ≥ 0,75 µг ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 РИН≥ 7.5 5≥28С/18С≥1 |
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
(За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.)
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични са достављеним обрасцем са информацијама о узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
Воркфлов
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Комплетна биоинформатичка анализа, подељена у 4 корака:
1) Истраживање генома, засновано на к-мер анализи са НГС гласи:
Процена величине генома
Процена хетерозиготности
Процена региона који се понављају
2) Склапање генома са ПацБио ХиФи:
Де новоскупштина
Процена склопа: укључујући БУСЦО анализу за комплетност генома и мапирање позади НГС и ПацБио ХиФи читања
3) Хи-Ц склоп:
Хи-Ц библиотека КЦ: процена важећих Хи-Ц интеракција
Хи-Ц склоп: груписање контига у групе, након чега следи редослед контига унутар сваке групе и додељивање оријентације контига
Хи-Ц евалуација
4) Белешка о геному:
Предвиђање некодирајуће РНК
Идентификација репетитивних секвенци (транспозони и тандем понављања)
Предвиђање гена
§Де ново: аб инитио алгоритми
§ На основу хомологије
§ На основу транскриптома, са дугим и кратким читањима: читања суде новосастављени или мапирани на нацрт генома
§ Анотација предвиђених гена са више база података
1) Геноме Сурвеи- к-мер анализа
2) Склоп генома
2) Склоп генома – ПацБио ХиФи чита мапирање у нацрт склопа
2) Хи-Ц склоп – процена Хи-Ц валидних интеракцијских парова
3) Хи-Ц евалуација након склапања
4) Анотација генома – интеграција предвиђених гена
4) Анотација генома – анотација предвиђених гена
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ове де ново услуге састављања генома кроз одабрану колекцију публикација:
Ли, Ц. ет ал. (2021) „Секвенце генома откривају глобалне путеве ширења и сугеришу конвергентне генетске адаптације у еволуцији морског коњића“, Натуре Цоммуницатионс, 12(1). дои: 10.1038/С41467-021-21379-Кс.
Ли, И. ет ал. (2023) „Хромозомске промене великих размера доводе до промена експресије на нивоу генома, адаптације животне средине и специјације код Гајала (Бос фронталис)“, Молекуларна биологија и еволуција, 40(1). дои: 10.1093/МОЛБЕВ/МСАД006.
Тиан, Т. ет ал. (2023) „Састављање генома и генетска дисекција истакнуте клице кукуруза отпорне на сушу“, Натуре Генетицс 2023 55:3, 55(3), стр. 496–506. дои: 10.1038/с41588-023-01297-и.
Зханг, Ф. ет ал. (2023) „Откривање еволуције биосинтезе тропан алкалоида анализом два генома у породици Соланацеае“, Натуре Цоммуницатионс 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. дои: 10.1038/с41467-023-37133-4.
Изазовне студије случаја:
Склапање теломера у теломеру:Фу, А. ет ал. (2023) „Склапање генома од теломера до теломера горке диње (Момордица цхарантиа Л. вар. аббревиата Сер.) открива развој плода, састав и генетске карактеристике зрења“, Хортицултуре Ресеарцх, 10(1). дои: 10.1093/ХР/УХАЦ228.
Састављање хаплотипа:Ху, В. ет ал. (2021) „Геном дефинисан алелом открива биалелну диференцијацију током еволуције касаве“, Молецулар Плант, 14(6), стр. 851–854. дои: 10.1016/ј.молп.2021.04.009.
Гигантски склоп генома:Иуан, Ј. ет ал. (2022) „Геномска основа гига-хромозома и гига-генома дрвећа божура Паеониа остии“, Натуре Цоммуницатионс 2022 13:1, 13(1), стр. 1–16. дои: 10.1038/с41467-022-35063-1.
Склоп полиплоидног генома:Зханг, К. ет ал. (2022) „Геномски увиди у недавну редукцију хромозома аутополиплоидне шећерне трске Саццхарум спонтанеум“, Натуре Генетицс 2022 54:6, 54(6), стр. 885–896. дои: 10.1038/с41588-022-01084-1.
