ПацБио 2+3 мРНА раствор пуне дужине
Карактеристике
● Дизајн студије:
Скупљени узорак секвенциониран са ПацБио да би се идентификовале изоформе транскрипта
Одвојени узорци (репликације и услови за тестирање) секвенционирани саНГС за квантификацију експресије транскрипта
● ПацБио секвенцирање у ЦЦС режиму, генерисање ХиФи читања
● Редослед транскрипата пуне дужине
● Анализа не захтева референтни геном; међутим, може се користити
● Биоинформатичка анализа укључује не само експресију на нивоу гена и изоформе, већ и анализу лнцРНА, фузије гена, полиаденилације и структуре гена
Предности
● Висока прецизност: ХиФи очитава са тачношћу >99,9% (К30), упоредиво са НГС
● Анализа алтернативног спајања: секвенцирање свих транскрипата омогућава идентификацију и карактеризацију изоформе.
● Комбинација ПацБио и НГС предности: омогућава квантификацију експресије на нивоу изоформе, откривајући промене које могу бити маскиране када се анализира целокупна експресија гена
● Опсежна стручност: са досадашњом евиденцијом завршетка преко 1100 ПацБио пројеката пуне дужине транскриптома и обрадом преко 2300 узорака, наш тим доноси богато искуство у сваки пројекат.
● Подршка након продаје: наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта са 3-месечним периодом након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
| ПолиА обогаћена мРНА ЦЦС библиотека | ПацБио Секуел ИИ ПацБио Ревио | 20/40 Гб 5/10 М ЦЦС | К30≥85% |
| Поли А обогаћен | Иллумина ПЕ150 | 6-10 Гб | К30≥85% |
Нуклеотиди
|
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| Иллумина библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | За биљке: РИН≥4,0; За животиње: РИН≥4,5; 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
| ПацБио библиотека | ≥ 100 | ≥ 1.0 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | Биљке: РИН≥7,5 Животиње: РИН≥8.0 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
испорука:
1. Суви лед:Узорке треба спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у РНК стабилизацијској цеви (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Укључује следећу анализу:
Контрола квалитета сирових података
Алтернативна анализа полиаденилације (АПА)
Анализа транскрипта фузије
Анализа алтернативног спајања
Бенцхмаркинг Универсал Сингле-Цопи Ортхологис (БУСЦО) анализа
Нова анализа транскрипта: предвиђање кодирајућих секвенци (ЦДС) и функционална анотација
лнцРНА анализа: предвиђање лнцРНА и циљева
микросателитска идентификација (ССР)
Анализа диференцијално изражених транскрипта (ДЕТс).
Анализа диференцијално изражених гена (ДЕГ).
Функционална ознака ДЕГ-ова и ДЕТ-ова
БУСЦО анализа
Анализа алтернативног спајања
Алтернативна анализа полиаденилације (АПА)
Диференцијално изражени гени (ДЕГ) и транскрипти (ДЕТс9 анализа
Протеин-протеин интеракцијске мреже ДЕТ и ДЕГ
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ово ПацБио 2+3 секвенцирање мРНА пуне дужине кроз одабрану колекцију публикација.
Цхао, К. ет ал. (2019) 'Развојна динамика транскриптома стабљике Популус', Плант Биотецхнологи Јоурнал, 17(1), стр. 206–219. дои: 10.1111/ПБИ.12958.
Денг, Х. ет ал. (2022) 'Динамичке промене у садржају аскорбинске киселине током развоја плода и зрења Ацтинидиа латифолиа (плодна култура богата аскорбатом) и повезани молекуларни механизми', Међународни часопис за молекуларне науке, 23(10), стр. 5808. дои: 10.3390/ИЈМС23105808/С1.
Хуа, Кс. ет ал. (2022) „Ефективно предвиђање гена биосинтетског пута укључених у биоактивне полифилине у Парис полипхилла“, Цоммуницатионс Биологи 2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. дои: 10.1038/с42003-022-03000-з.
Лиу, М. ет ал. (2023) 'Комбинована ПацБио Исо-Сек и Иллумина РНА-Сек анализа транскриптома Тута абсолута (Меирицк) и гена цитокрома П450', Инсекти, 14(4), стр. 363. дои: 10.3390/ИНСЕЦТС14040363/С1.
Ванг, Лијун и др. (2019) „Преглед сложености транскриптома коришћењем ПацБио анализе једног молекула у реалном времену у комбинацији са секвенцирањем Иллумина РНК за боље разумевање биосинтезе рицинолне киселине у Рицинус цоммунис“, БМЦ Геномицс, 20(1), стр. 1–17. дои: 10.1186/С12864-019-5832-9/ФИГУРЕС/7.
