БМКЦлоуд Пријавите се
1

МРНА-СЕК (НГС) са референтним геном

百迈客云网站 -11

МРНА-СЕК (НГС) са референтним геном

РНА-СЕК је стандардни алат током живота и усева, премошћујући јаз између генома и протеома. Његова снага лежи у откривању нових транскрипата и квантификовање њиховог изражавања у једном испитивању. Широко се користи за упоредне транскриптене студије, проливање светла на генима који се односе на различите особине или фенотипове, попут упоређивања мутанта до дивљих врста или откривајући експресију гена под одређеним условима. БМКЦлоуд МРНА (Референце) апликација интегрише квалитетни експресију, анализу диференцијалне експресије (ДЕГ) и структуру секвенце анализе у цевовод МРНА-СЕК (НГС) и амалгамирају снаге сличног софтвера, обезбеђујући практичност и пријатност у корисности. Корисници могу да преносе своје РНА-СЕК податке у облак, где апликација нуди свеобухватну, једно-стоп биоинформатичну анализу анализе. Поред тога, приоритет корисничком искуству, нудећи персонализоване операције прилагођене специфичним потребама корисника. Корисници могу да поставе параметре и сами предају мисију на цевоводу, провери интерактивни извештај, прегледајте податке / дијаграме и комплетне рударске рударства, као што су: Циљни избор гена, функционално кластерирање, дијаграмирање итд.

Демо резултати
Рударство података
Захтев за увоз
Главна анализа
Референца
Демо резултати

Рударство података

Захтев за увоз

Платформа:Иллумина, МГИ
Стратегија:РНА-СЕК
Изглед: Париед, чисти подаци.
Врста библиотеке:ФР-Унстридед, ФР-Фирстстстранд или ФР-Сецондстранд
Прочитајте дужину:150 бп
Тип датотеке:* .фастк, * .фк, * .фастк.гз или * .фк.гз. Систем ћеаутоматски упарите .Фастк датотеке у складу са својим именима датотека,нпр. * _1.Фастк упарен са * ._ 2.Фастк.
Број узорака:Нема ограничења на бројуузорака, али време анализе ће се повећати као бројУзорци расте.
Препоручени износ података:6Г по узорку

Главна анализа
Главна анализа и биоинформатични алати МРНА-СЕК (Референце)Цевовод је следећи:
1. Контрола квалитета равдата:
• Уклањање ниских секвенце, секвенци адаптера,итд;
• Алати: Ин-ЦОМЕСТ ЦОРСТ цевовод;
2 Поравнавање података на референтни геном:
• Поравнавање чита алгоритамом свешћу спајања противРеферентни геномом.
• Алати:Хисат2, Самтоолс
3. Анализа квалитета библиотеке:
• Уметните анализу дужине, анализу засићења секвенце итд;
• Алати:Самтоолс;
4. Анализа структуре секвенци:
• Алтернативна анализа спајања, оптимизација структуре гена,Новел предвиђање гена, итд;
• Алати:Стрингтие, гффцомпаре, Гатк,Дијамантски, ИнтерпросцаниХмер.
5. Анализа различитог израза:
• Сцреенинг, анализа ко-односе, функционаланобогаћивање;
Различити резултати визуелизације;
RсаСегсек, Десек2, ггплот2, Дексек
Референца
1. Ким, Даехван и др. "Графикон Поравнавање генома иГенотипизација са ХисаТ2 и ХеаТ-генотипом. "ПриродаБиотехнологија37 (2019): 907 - 915.
2 МцКенна, Аарон и др. "Алат Анализа генома: АМАПРЕДУЦЕ Фрамеворк за анализу ДНК нове генерацијесеквенцирање података. "Геноме истраживање20 9 (2010): 1297-303.
3. ЛИ, Хенг ет ал. "Формат поравнања / мапа секвенције иСамтоолс. "Биоинформатика25 (2009): 2078 - 2079.
4. Персеа, Михаела и др. "СтрингТие омогућава побољшаноРеконструкција транскриптала са РНА-СЕК гласи. "ПриродаБиотехнологија33 (2015): 290-295.
5. Љубав, Мицхаел И. и др. "Модерирана процена преклопних промена иДисперзија за РНА-СЕК податке са Десек2. "ГеномаБиологија15 (2014): н. Паг.
6 Едди, Сеан Р .. "Убрзани профил Тражи ХММ."Плос Рачунарска биологија7 (2011): н. Паг.

набавити цитат

Овде напишите своју поруку и пошаљите нам га

Пошаљите нам поруку: