Геноме Еволуција, Пангеноме
Шта је пан-геном?
Акумулиране доказе показују да варијанца између различитих сојева врсте може бити огромна. Један једини геном је далеко од довољно да би стекао целу слику генетских информација једне врсте. Сврха студије паннима је да се добије свеобухватнији геномски графикон врсте и декодира односе између особина и генетских кодова спровођењем генома де Ново Скупштине бројних сојева, што омогућава дубље и шире рударство варијација.
Трендови студије пане-генома
Слика 1 Трендови објављених истраживачких радова пан-генома.
НАПОМЕНА: Слика приказује резултат узимања "пан-генома" као кључну реч да претражује наслове чланака објављених у природи, ћелијским и научним серијским часописима
а. Читају се из више узорака усклађени су на референтне и неславне су састављене у нове контигесе. Додавањем ових романа контигеса у оригиналну референтну секвенцу, може се изградити референца пангенома. Подесиви региони се одређују на основу мапирања свих читање на пангеноме.
б. Де Ново Скупштина геномија вишеструких приступа омогућава да се целокупно поравнање генома идентификују да се идентификују геномске регије.
ц. Графикон пане-генома може се конструисати са целокупно поравнање генома или Скупштина Де Ново, која ефикасно складишти варијанте информације о дискусијским регионима као јединствене стазе путем графикона.
Како конструисати пан-геном?
Слика 2 Поређење приступа пан-геном1
а. Читају се из више узорака усклађени су на референтне и неславне су састављене у нове контигесе. Додавањем ових романа контигеса у оригиналну референтну секвенцу, може се изградити референца пангенома. Подесиви региони се одређују на основу мапирања свих читање на пангеноме.
б. Де Ново Скупштина геномија вишеструких приступа омогућава да се целокупно поравнање генома идентификују да се идентификују геномске регије.
ц. Графикон пане-генома може се конструисати са целокупно поравнање генома или Скупштина Де Ново, која ефикасно складишти варијанте информације о дискусијским регионима као јединствене стазе путем графикона.
Недавно објављени пан-геноми
● Пан-геноми силовања2
● Пан-геноми парадајза 3
● рижа пан -геноме4
● Сунцокрет пан-геном5
● Соја пан-генома 6
● Пан-генома пиринча7
● Барлеи Пан-Геноме8
● Пан-геном пшенице9
● Соргхум Пан-Геноме10
● Пхитопланктон пан-генома11
Референца
1. Баиер ПЕ, Голицз АА, Сцхебен А, Батлеи Ј, Едвардс Д. Пан-геноми постројења су нова референца. Нат биљке. 2020; 6 (8): 914-920. Дои: 10.1038 / С41477-020-0733-0
2 Сонг ЈМ, Гуан З, ХУ Ј и др. Осам висококвалитетних генома откривају пан-генома архитектуре и диференцијацију екотике Брассица Напуса. Нат биљке. 2020; 6 (1): 34-45. Дои: 10.1038 / С41477-019-0577-7
3. ГАО Л, Гонда И, Сун Х и др. Пан-геном парадајза открива нове гене и ретка алела која регулише воћни укус. Нат Генет. 2019; 51 (6): 1044-1051. Дои: 10.1038 / С41588-019-0410-2
4. Зхао К, Фенг К, Лу Х и др. Анализа пан-генома истакне је опсег геномске варијације у култивисаном и дивљим пиринчама [Објављена корекција се појављује у Нат Генету. 2018 авг; 50 (8): 1196]. Нат Генет. 2018; 50 (2): 278-284. Дои: 10.1038 / С41588-018-0041-З
5. Хубнер С, Беррвицх Н, ТоДесцо М и др. Анализа сунцокрета пан-генома показује да је хибридизација измењена садржај гена и отпорност на болести. Нат биљке. 2019; 5 (1): 54-62. Дои: 10.1038 / С41477-018-0329-0
6 ЛИУ И, ДУ Х, ЛИ П и др. Пан-генома дивљих и култивисаних соја. Ћелија. 2020; 182 (1): 162-176.е13. Дои: 10.1016 / Ј.ЦЕЛЛ.2020.05.023
7. КИН П, ЛУ Х, ДУ Х и др. Анализа пан-генома од 33 генетски разноликих приступања риже открива скривене геномске варијације [Објављено на мрежи испред отиска, 2021. маја]. Ћелија. 2021; С0092-8674 (21) 00581-Кс. Дои: 10.1016 / Ј.Целл.2021.04.046
8 Јаиакови м, падмарасу с, хабернер г и др. Пан-генома јечара открива скривену заоставштину узгоја мутације. Природа. 2020; 588 (7837): 284-289. Дои: 10.1038 / С41586-020-2947-8
9. ВАЛКОВИАК С, ГАО Л, МОНАТ Ц и др. Вишеструки геноми пшенице откривају глобално варијације у модерном узгоју. Природа. 2020; 588 (7837): 277-283. Дои: 10.1038 / С41586-020-2961-Кс
10. Тао И, Луо Х, Ксу Ј и др. Опсежне варијације унутар пан-генома култивисаног и дивљег стергхума [Објављено на мрежи испред отиска, 2021. маја]. Нат биљке. 2021; 10.1038 / С41477-021-00925-Кс. Дои: 10.1038 / С41477-021-00925-Кс
11. Фан Кс, Киу Х, Хан В, и др. Пхитопланктон Пангеноме открива опсежан прокариотски хоризонтални ген преношење различитих функција. СЦИ АДВ. 2020; 6 (18): Еаба0111. Објављено 2020. април 29. дои: 10.1126 / сциадв.аба0111
Вријеме поште: Јан-04-2022