Целокупно геномом
Геномично праћење САРС-ЦоВ-2 открива варијанту за брисање НСП1 који модулише одговор типа И интерферон
Нанопоре | Иллумина | Површина реагености | Метагеномицс | РНА-СЕК | Снгер
Биомаркер технологије пружиле су техничку подршку у секвенцирању узорка у овој студији.
Хајлај
1.Сарс-Цов-2 Секвенцирање генома и филогенетска анализа идентификују 35 понављајуће мутације, укључујући 31 СНПС и 4 инделсе.
2.социјација са 117 клиничких фенотипова открива потенцијално
Важне мутације.
Δ500-532 у НСП1 кодирајућим регионом корелира са нижим вирусом
3.лоад и серум ИФН-Β.
4.Виралне изолате са Δ500-532 мутација изазивају ниже ИФН-И
одговор у зараженим ћелијама.
Експериментални дизајн
Достигнућа
1. Цовид-19 епидемиолошки и геномски надзор
Клинички подаци су прикупљени у провинцији Сицхуан, Кина у односу на период избијања од 22. јануара 2020. до 20. фебруара 2020. године. Укупно 538 ЦовИД-19 случајева потврђено је КПЦР тестовима у Сицхуану, од чега је 28,8% од стране покрајине Капитал. Потврђени случајеви у Сицхуану повећавали су се експоненцијално, врхунски, 30. јануара. Такође, подаци су подржани да социјално дистанцирање може бити кључни фактор у спречавању ширења вируса.
Слика 1. Епидемиолошка студија Цовид-19 у провинцији Сицхуан, Кина
2 САРС-ЦОВ-2 Генентска грађевина и идентификација варијанти
Помоћу мултиплекс ПЦР амплификације праћено нанопором секвенцирањем, укупно 310 или делимично комплетне геноме од 248 пацијената генерисано је са прибл. 80% генома покривених 10 гласа (средња дубина: 0,39 м гласи по узорку).
Слика 2. Учесталост свих варијанти у Сицхуан Цохорт
Укупно је идентификовано 104 СНП-а и 18 индела из САРС-Цов-2 генома, у којима су идентификоване 31 СНП и 4 индела као текуће генетске варијанте. Упоређујући их са 169 узорака из Вухана и са 81.391 висококвалитетнија генома генома публикације у Гисаид-у, 29 од 35 варијанти који су пронађени на другим континентима. Познатно, четири варијанте, укључујући Δ500-532, АЦЦ18108АТ, Δ729-737 и Т13243Ц, само су представљене у Сицхуану и Вухану и одсутни у Гисаид подацима, што указују да су ове варијанте вероватне да буду опскрбљене од Вухана, које сусрећу путописе пацијената.
Еволуциона анализа са максималној методи вероватноће (МЛ) и приступима баиезијских молекуларних такта обрађена је на 88 новог вируса СФРОМ СИХУАН и 250 курираних генома из других региона. Геноми са Δ500-532 (Делеције у НСП1 кодирајућем региону) пронађени су дистрибуирани ретко у филогенетском стаблу. Анализа хаплотипа на НСП1 варијанти идентификоване су их од вишеструких градова. Ови резултати сугерисали су да се Δ500-532 догодио у вишеструким градовима и може се увести више пута од Вухана.
Слика 2. Текуће генетских варијанти и филогенетска анализа у САРС-Цов-2 Геноми
3. Удружење понављајуће генетске варијанте са клиничким импликацијама
117 Клиничких фенотипова повезано је са коварицом-19 тежине, где је 19 фенотипова повезаних са озбиљним течношћу класификовано у тешке и не-тешке особине. Однос између ових особина и 35 понављајуће генетске варијанте био је БИ-ЦЛУСТЕР ТОАТМАП. ГСЕА-ова анализа обогаћивања која је приказана да је Δ500-532 негативно корелирана са ЕСР-ом, серум ИФН-β АНДЦД3 + ЦД8 + Т ћелија у крви. Штавише, КПЦР тестови показали су да су пацијенти заражени вирусом који имају вирус који имају највећу ЦТ вредност, тј. Најнижи вирусни оптерећење.
Слика 3. Удружења од 35 понављајуће генетске варијанте са клиничким фенотиповима
4. Валидација о вирусним мутацијама придруженим клиничким фенотиповима
Да би разумели утицаје на δ500-532 на НСП1 функцијама, ћелије ХЕК239Т преношени су плазмидима који изражавају целу дужину, ВТ НСП1 и мутантске форме са брисањем. Профили транскрипта сваког третираног ХЕК239Т ћелија су обрађени за анализу ПЦА-е, који показују да су му мутанти брисања клатирали релативно ближе и значајно се разликују од ВТ НСП1. Гени који су значајно регулисани у мутантима углавном су обогаћене "пептидни биосинтетско / метаболички процес", "Рибонуклеопротеин сложена биогенеза", "циљање протеина у мембрану / ер" итд. Подесило је различит образац експресије од ВТ-а.
Слика 4.. Транскриптска анализа на Хек239Т ћелијама које је ВТ НСП1 преносела и то са брисањем
Пошиљке брисања на ИФН-1 одговор такође су тестирани у прекомерном испитивању студија. Показало се да су све тестиране брисање смањење ИФН-1 Репсонсе у трансфектираном ХЕК239Т и А549 ћелијама на нивоу транскрипта и нивоа протеина. Занимљиво је да су значајно смањени гени у брисању обогаћене "Одговор одбране на вирус", "репликацију вирусног генома", "регулисање транскрипције РНА полимеразе ИИ" и "Одговор на тип и интерферон".
Слика 5. Довн Регулација интерферонских сигналних путева у Δ500-532 мутант
У овој студији, утицај ових брисања на вирус даље је потврђен студијама вирусних инфекција. Вируси са одређеним мутантима били су изоловани из клиничких узорака и заражени ћелијама калу-3. Детаљни резултати на студији вирусног инфекције могу се читати у раду.
Дои:10.1016 / Ј.ХОМ.2013.01.015
Референца
Лин Ј, Танг Ц, Веи Х и др. ГЕНОМСКО МОНИТОРИНГ САРС-ЦОВ-2 открива варијанту за брисање НСП1 који модулира одговор типа И интерферон [Ј]. Хост ћелија и микроб, 2021. године.
Вести и нагласке Циљ је да дели најновије успјешне случајеве са технологијама биомаркер, хватање нових научних достигнућа, као и истакнуте технике које се примењују током студије.
Вријеме поште: Јан-06-2022