Микробна екологија
Пољопривредни интензивирање смањује сложеност микробне мреже и обиље тастационих таксија у коријенима
Фулл-Дужина Амплицсон Секвенцинг (ит) | Пацбио хифи
Хајлај
AИнтензивирање на цијењеништво постало је све проблематично због негативних ефекте заштите животне средине, укључујући и ефикасност коришћења хранљивих састојака, гуонд водећи еутрофијацију, деградацију квалитета тла итд. Алтернативни систем пољопривреде, укључујући не-до и органска пољопривреда, широко је усвојено да би се штета на штету на штету, укључујући штету, укључујући не-квалитет електричне енергије, укључујући и ефикасност усавршавања тла, укључујући и органску употребу. Микробна заједница игра незамјењиву улогу у продуктивности и одрживости агроекосистема. Међутим, прилично је нејасно да различити пољопривредни системи утичу на роот микробиоте.
Експериментални дизајн
Експерименти
SУзорци уља и корена (ДНК) били су из поља пшенице са 60 пољопривредног пољопривредног земљишта (20 сваки)
GРоупинг: 1. Конвенција (са обрађивањем); 2 Конвенција (без тла); 3. Органско пољопривредно земљиште
SСтратегија за једнакошћу: Секвозивање амплијских амплицирања (његов)
PРимери: ИТС1Ф-ИТС4 (циљање целокупног његовог региона ~ 630 БП)
SЈедноставна платформа: Пацбио РС ИИ
Биоинформатична анализа
Резултати
OУ просеку је идентификовано 357 ОТУС-а и укупно 837 отуса свих 60 места. Алпха разноликост коријенских гљивицачних заједница није показала значајну разлику између тројица пољопривредних система. Међутим, у бета анализи разноликости су формиране три различите грознице, што указује на снажне ефекте пољопривредног система на структуру заједничке функције.
Слика 1. Алпха разноликост (Сханнон Индекс и састав у заједници) и анализа бета разноликости (канонска анализа главних координата) на коријенским фунгалним заједницама
TЕН Кеистоне ТАКСА је дефинисан на основу укупне мреже фунгалних заједница на три пољопривредног система: Топ 10 чворова са највишим степеном, бира је највећа близина централности и најниже између централности између између мреже и најнижа између централности између. Седам њих припадало је налозима микоризалних.
Слика 2. Укупна мрежа на коријенским гљивицама заједнице три пољопривредна система
FСпецифичне мреже Специфично наоружавање указују на знатно већу повезаност у органској мрежи са двоструко више ивица и више повезаних чворова него не-до и конвенционална мрежа. Штавише, мрежа органске пољопривреде носила је много више тастационих таксија (Диамонд) у поређењу са осталим, што је подржало њену сложеност и повезивање
Слика 3. Пољопривредне мреже Специфичне мреже
AПримећена је снажна негативна повезаност између интензитета пољопривредног интензитета и коријене мрежне повезаности са гљивицама. Случајна анализа шума открила је главне управљачке програме таста за Кеистоне: фосфор на тлу, гомилу густине, пХ и микоризална колонизација.
Слика 4.. Интензитет пољопривреде и мрежна повезаност кроз три пољопривредна система (А и Б); Случајна шума (Ц) и однос између интензитета пољопривреде и колонизације АМФ (Д)
Технологија
Секвенција у пуној дужини
Aс "Секвенција треће генерације" која долази на позорницу, ограничења у циљаним регионима и невољама у Скупштини Де Ново. Пацифичка биознаност (ПАЦБИО) успешно је проширила читање секвенци на десетине килобаза, што нам омогућавају да добијемо пуне дужине гласа 16-их РРНА (1.000 БП-1.500 БП) у бактеријама или 18-има РРНА (1.500 БП-2.000 БП) Региони (400 БП-900 БП) у ЕУКАРОРИОТИЦИ. Ширина поља генетског поља увелико је побољшала резолуцију напомена и функционалних гена врста. Дуго забринуто питање на базној тачности је решен Пацбио ЦЦС само-корекцијом, који генеришу ХИФИ чита са преко 99% тачности читања.
Перформансе у ОТУ-у
TПредности и дугих читања и високих протока, тачност напомена може се драматично повећати и постићи резолуцију "нивоа врсте" у микробној идентификацији.
Референца
Банерјее, Самиран и др. "Пољопривредно интензивирање смањује сложеност микробне мреже и обиље тастационих камера у коријенима." Јоурнал ИСМЕ (2019).
Техничка и истакнутости Циљеви на дељењу најновије успешне примене различитих технологија високих протока у различитој Арени у разузданости, као и сјајне идеје у експерименталном дизајну и рударству података.
Вријеме поште: Јан-08-2022