Транскриптом је веза између геномске генетске информације и протеома биолошке функције. Регулација нивоа транскрипције је најважнији и најшире проучаван начин регулације организама. Секвенцирање транскриптома може секвенцирати транскриптом у било ком тренутку или под било којим условима, са резолуцијом тачном на један нуклеотид. Може динамички да одражава ниво транскрипције гена, истовремено идентификује и квантификује ретке и нормалне транскрипте и обезбеди структурне информације о узорак специфичних транскрипата.
Тренутно, технологија секвенцирања транскриптома се широко користи у агрономији, медицини и другим истраживачким пољима, укључујући регулацију развоја животиња и биљака, прилагођавање животне средине, имунолошку интеракцију, локализацију гена, генетску еволуцију врста и откривање тумора и генетских болести.
