Склоп генома заснован на Хи-Ц
Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати конфигурацију хромозома комбиновањем сондирања интеракција заснованих на близини и секвенцирања високе пропусности. Верује се да је интензитет ових интеракција у негативној корелацији са физичком раздаљином на хромозомима. Због тога се Хи-Ц подаци користе за вођење груписања, поређања и оријентације састављених секвенци у нацрту генома и сидрења оних на одређени број хромозома. Ова технологија оснажује склоп генома на нивоу хромозома у одсуству генетске мапе засноване на популацији. Сваки појединачни геном треба Хи-Ц.
Сервице Феатурес
● Секвенцирање на Иллумина НоваСек са ПЕ150.
● Услуга захтева да узорци ткива, уместо екстрахованих нуклеинских киселина, буду повезани са формалдехидом и сачувају интеракције ДНК-протеин.
● Хи-Ц експеримент укључује ограничавање и поправку лепљивих крајева биотином, након чега следи циркуларизација резултујућих тупих крајева уз очување интеракција. ДНК се затим повлачи стрептавидин перлама и пречишћава за накнадну припрему библиотеке.
Предности услуге
Преглед Хи-Ц
(Лиеберман-Аиден Е ет ал.,Наука, 2009)
●Уклањање потребе за подацима о генетској популацији:Хи-Ц замењује основне информације потребне за сидрење контига.
●Висока густина маркера:што доводи до високог односа сидрења контига изнад 90%.
●Екстензивна експертиза и евиденција о публикацијама:БМКГене има огромно искуство са више од 2000 случајева склопа Хи-Ц генома из 1000 различитих врста и разних патената. Преко 200 објављених случајева има акумулативни фактор утицаја од преко 2000.
●Висококвалифицирани биоинформатички тим:са сопственим патентима и ауторским правима над софтвером за Хи-Ц експерименте и анализу података, софтвер за визуелизацију података који је сам развио омогућава ручно померање блокова, преокретање, опозивање и понављање.
●Подршка након продаје:Наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта уз период од 3 месеца након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
●Цомпрехенсиве Аннотатион: користимо више база података да функционално означимо гене са идентификованим варијацијама и извршимо одговарајућу анализу обогаћивања, пружајући увид у више истраживачких пројеката.
Спецификације услуге
| Припрема библиотеке | Стратегија секвенцирања | Препоручени излаз података | Контрола квалитета |
| Хи-Ц библиотека | Иллумина НоваСек ПЕ150 | 100к | К30 ≥ 85% |
Захтеви за узорке
| Ткиво | Потребна количина |
| Анимал Висцера | ≥ 2 г |
| Анимал Мусцле | |
| Маммалиан Блоод | ≥ 2 мЛ |
| Крв живине/рибље | |
| Биљка - свеж лист | ≥ 3 г |
| Културне ћелије | ≥ 1к107 |
| Инсецт | ≥ 2 г |
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
1) КЦ сирових података
2) Хи-Ц библиотека КЦ: процена валидних Хи-Ц интеракција
3) Хи-Ц склоп: груписање контига у групе, након чега следи редослед контига унутар сваке групе и додељивање оријентације контига
4) Хи-Ц евалуација
Хи-Ц библиотека КЦ – процена Хи-Ц валидних интеракцијских парова
Хи-Ц Ассембли – статистика
Процена после монтаже – топлотна мапа интензитета сигнала између бинова
Истражите напредак који омогућавају БМКГене-ове Хи-Ц услуге монтаже кроз одабрану колекцију публикација.
Тиан, Т. ет ал. (2023) „Састављање генома и генетска дисекција истакнуте клице кукуруза отпорне на сушу“, Натуре Генетицс 2023 55:3, 55(3), стр. 496–506. дои: 10.1038/с41588-023-01297-и.
Ванг, ЗЛ ет ал. (2020) „Скупина хромозомске скале генома азијске пчеле Апис церана“, Границе у генетици, 11, стр. 524140. дои: 10.3389/ФГЕНЕ.2020.00279/БИБТЕКС.
Зханг, Ф. ет ал. (2023) „Откривање еволуције биосинтезе тропан алкалоида анализом два генома у породици Соланацеае“, Натуре Цоммуницатионс 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. дои: 10.1038/с41467-023-37133-4.
Зханг, Кс. ет ал. (2020) „Геноми стабла Баниан и оса опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе“, Целл, 183(4), стр. 875-889.е17. дои: 10.1016/Ј.ЦЕЛЛ.2020.09.043
