Интеракција хроматина заснована на Хи-Ц
Сервице Феатурес
● Секвенцирање на Иллумина НоваСек са ПЕ150.
● Услуга захтева да узорци ткива, уместо екстрахованих нуклеинских киселина, буду повезани са формалдехидом и сачувају интеракције ДНК-протеин.
● Хи-Ц експеримент укључује ограничавање и поправку лепљивих крајева биотином, након чега следи циркуларизација резултујућих тупих крајева уз очување интеракција. ДНК се затим повлачи стрептавидин перлама и пречишћава за накнадну припрему библиотеке.
Предности услуге
●Оптимални дизајн рестрикцијских ензима: да обезбеди високу Хи-Ц ефикасност на различитим врстама са до 93% валидних интеракцијских парова.
●Екстензивна експертиза и евиденција публикација:БМКГене има огромно искуство са >2000 Хи-Ц пројеката секвенцирања од 800 различитих врста и разних патената. Преко 100 објављених случајева са акумулативним фактором утицаја од преко 900.
●Висококвалифицирани тим за биоинформатику:са сопственим патентима и софтверским ауторским правима за Хи-Ц експерименте и анализу података и софтвером за визуелизацију података који је сам развио.
●Подршка након продаје:Наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта уз период од 3 месеца након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
●Цомпрехенсиве Аннотатион: користимо више база података да функционално означимо гене са идентификованим варијацијама и извршимо одговарајућу анализу обогаћивања, пружајући увид у више истраживачких пројеката.
Спецификације услуге
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Препоручени излаз података | Хи-Ц резолуција сигнала |
| Хи-Ц библиотека | Иллумина ПЕ150 | Хроматинска петља: 150к ТАД: 50к | Хроматинска петља: 10Кб ТАД: 40Кб |
Захтеви за услугу
| Тип узорка | Потребна количина |
| Животињско ткиво | ≥2г |
| Цела крв | ≥2мЛ |
| Гљиве | ≥1г |
| Биљка- младо ткиво | 1г/аликвот, препоручује се 2-4 аликвота |
| Културне ћелије | ≥1к107 |
Укључује следећу анализу:
● КЦ сирових података;
● КЦ мапирања и Хи-Ц библиотеке: важећи парови интеракције и експоненти распадања интеракције (ИДЕ);
● Профилисање интеракције у целом геному: цис/транс анализа и Хи-Ц мапа интеракција;
● Анализа расподеле А/Б одељења;
● Идентификација ТАД-ова и хроматинских петљи;
● Диференцијална анализа елемената 3Д структуре хроматина међу узорцима и одговарајуће функционалне белешке придружених гена.
Цис и транс пропорционална дистрибуција
Топлотна карта хромозомских интеракција између узорака
Дистрибуција А/Б одељака у целом геному
Дистрибуција хроматинских петљи на нивоу генома
Визуелизација ТАД-ова
Истражите напредак у истраживању који омогућава БМКГене-ове Хи-Ц услуге секвенцирања кроз одабрану колекцију публикација.
Менг, Т. ет ал. (2021) „Упоредна интегрисана мулти-омична анализа идентификује ЦА2 као нову мету за хордоме“,Неуро-Онцологи, 23(10), стр. 1709–1722. дои: 10.1093/НЕУОНЦ/НОАБ156.
Ксу, Л. ет ал. (2021) '3Д дезорганизација и преуређење генома дају увид у патогенезу НАФЛД интегрисаним Хи-Ц, Нанопоре и РНК секвенцирањем',Ацта Пхармацеутица Синица Б, 11(10), стр. 3150–3164. дои: 10.1016/Ј.АПСБ.2021.03.022.
