Де ново скупштина генома гљива
БМКГЕНЕ нуди разноврсна решења за геноме гљива, задовољавајући различите потребе истраживања и жељену комплетност генома. Само коришћење Иллумина секвенцирања кратког читања омогућава генерисање нацрта генома. Секвенционирање кратког и дугог читања помоћу Нанопореа или Пацбио-а се комбинује за префињенији геном гљивица са дужим контиговима. Штавише, интегрисање Хи-Ц секвенцирања додатно побољшава могућности, омогућавајући постизање комплетног генома на нивоу хромозома.
Сервице Феатурес
Са три могуће опције за избор у зависности од жељеног степена комплетности генома:
● Опција нацрта генома: секвенцирање кратког читања са Иллумина НоваСек ПЕ150.
● Опција финог генома гљивица:
Истраживање генома: Иллумина НоваСек ПЕ150.
Склоп генома: ПацБио Ревио (ХиФи чита) или Нанопоре ПрометхИОН 48.
● Геном гљивица на нивоу хромозома:
Истраживање генома: Иллумина НоваСек ПЕ150.
Склоп генома: ПацБио Ревио (ХиФи чита) или Нанопоре ПрометхИОН 48.
Цонтиг анкерисање са Хи-Ц монтажом.
Предности услуге
●Доступне вишеструке стратегије секвенцирања: За различите истраживачке циљеве и захтеве комплетности генома
●Комплетан ток рада биоинформатике:Ово укључује састављање генома и предвиђање више геномских елемената, функционалну белешку гена и сидрење контига.
●Ектенсиве Екпертисе: Са преко 12.000 састављених микробних генома, доносимо више од деценије искуства, високо квалификован тим за анализу, свеобухватан садржај и одличну подршку након продаје.
●Подршка након продаје:Наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта уз период од 3 месеца након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Спецификације услуге
| Услуга | Стратегија секвенцирања | Контрола квалитета |
| Нацрт генома | Иллумина ПЕ150 100к | К30≥85% |
| Фине Геноме | Преглед генома: Иллумина ПЕ150 50 к Монтажа: ПацБио ХиФи 30к или Нанопоре 100к | цонтиг Н50 ≥1Мб (Пацбио Уницеллулар) цонтиг Н50 ≥2Мб (ОНТ једноћелијски) цонтиг Н50 ≥500кб (Остало) |
| Геном на нивоу хромозома | Преглед генома: Иллумина ПЕ150 50 к Монтажа: ПацБио ХиФи 30к или Нанопоре 100к Хи-Ц склоп 100к | Однос сидрења контига>90%
|
Захтеви за услугу
| Концентрација (нг/µЛ) | Укупна количина (µг) | Запремина (µЛ) | ОД260/280 | ОД260/230 | |
| ПацБио | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Нанопоре | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Иллумина | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Једноћелијска гљива: ≥3,5к1010 ћелије
Макро гљива: ≥10 г
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Укључује следећу анализу:
Истраживање генома:
- Контрола квалитета података секвенционирања
- Процена генома: величина, хетерозиготност, елементи који се понављају
Фине Геноме Ассембли:
- Контрола квалитета података секвенцирања
- Де новоСкупштина
- Анализа компоненти генома: Предвиђање ЦДС-а и вишеструких геномских елемената
- Функционалне напомене са више општих база података (ГО, КЕГГ, итд.) и напредних база података (ЦАРД, ВФДБ, итд.)
Хи-Ц склоп:
- Хи-Ц процена библиотеке.
- Контиги сидрење груписања, уређивање и оријентација
- Процена ХИ-Ц склопа: На основу референтног генома и топлотне карте
Истраживање генома: дистрибуција к-мера
Склоп генома: хомологна анотација гена (НР база података)
Склапање генома: функционална анотација гена (ГО)
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ове услуге састављања генома гљивица кроз одабрану колекцију публикација.
Хао, Ј. ет ал. (2023) „Интегрисано омско профилисање медицинске печурке Инонотус обликуус у потопљеним условима“,БМЦ Геномицс, 24(1), стр. 1–12. дои: 10.1186/С12864-023-09656-З/ФИГУРЕС/3.
Лу, Л. ет ал. (2023) 'Секвенцирање генома открива еволуцију и патогене механизме патогена оштре пеге пшенице Рхизоцтониа цереалис',Тхе Цроп Јоурнал, 11(2), стр. 405–416. дои: 10.1016/Ј.ЦЈ.2022.07.024.
Зханг, Х. ет ал. (2023) 'Ресурси генома за четири врсте Цлариреедиа које узрокују трагове долара на различитим травњацима',Плант Дисеасе, 107(3), стр. 929–934. дои: 10.1094/ПДИС-08-22-1921-А
Зханг, СС ет ал. (2023) 'Генетски и молекуларни докази тетраполарног система парења у јестивој печурки Грифола фрондоса',Јоурнал оф Фунги, 9(10), стр. 959. дои: 10.3390/ЈОФ9100959/С1.
