ДНК / РНА Секвенцинг -Пацбио Секуенцер
Карактеристике
Два начина секвенцирања на ПАЦБИО секвенцеру: Континуирано дуготрајно читање (ЦЛР) и прочитани кружни консензус (ЦЦС)
| Режим секвенцирања | Величина библиотеке | Теоретски подациПринос (по ћелији) | ЈедноналанТачност | Апликације |
| Цлр | 20КБ, 30КБ итд. | 80 ГБ до 130 ГБ | Цца. 85% | Де ново, Св позив, итд. |
| ЦЦС | 15-20 КБ | 14 до 40 ГБ / ћелија (наставак ИИ) 70 до 110 ГБ / ћелија (ревизија) Зависи од узорака | Цца. 99% | Де ново, СНП / ИНДЕЛ / СВ ЦАЛЛИНГ, ИСО-СЕК, |
Поређење перформанси и карактеристика ревизије и наставка ИИ
| Услови | Секуел ИИ систем | Ревио систем | Повећање |
| Већа густина | 8 милиона змвс-а | 25 милиона змвс-а | 3x |
| Независне фазе | 1 | 4 | 4x |
| Краће време трчања | 30 сати | 24 сата | 1.25к |
| 30к хифи људски геноми / година | 88 | 1.300 | 15к у целини |
Предности услуга
● Преко 8 година искуства на платформи ПАЦБИО секвенцирања са хиљадама затворених пројеката са различитим врстама.
● Потпуно опремљен најновијим платформама ПАЦБИО секвенцирања, РЕВИО да гарантује довољан секвенцирање пропусности.
● Бржи време окретања, већи принос података и тачнији подаци.
● Доприноси у стотинама публикација на бази пацбио-а.
Захтеви за узорке
| Врста узорка | Износ | Концентрација (Кубит®) | Запремина | Чистоћа | Други |
| ГЕНОМИЧКА ДНК | Зависе од захтева података | ≥50 НГ / μЛ | ≥15 ул | ОД260 / 280 = 1.7-2.2; ОД260 / 230 = 1,8-2.5; Јасан врх на 260 нм,Нема контаминација | Концентрација се мора мерити кубитом и кубитом / нанопором = 0,8-2.5 |
| Тотал РНА | ≥1.2μГ | ≥120 НГ / μЛ | ≥15 ул | ОД260 / 280 = 1,7-2.5; ОД260 / 230 = 0,5-2.5;Нема контаминација | Вредност Рин ≥7.5 5≥28С / 18С1 |
Сервисни ток рада
Припрема узорака
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Достава пројекта
1. Доступни подаци о подацима
Подаци генерисани од 63 ЦЦС ћелија (од 26 врста)
| Подаци-ПАЦБИО-ЦЦС-15 КБ | Просек | Макс | Мин | Средњи |
| Принос - Субреадс (ГБ) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Јилед - ЦЦС (ГБ) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераза Н50 | 145,651 | 175.430 | 118,118 | 144,689 |
| Субреадс Н50 | 17.509 | 23,924 | 12.485 | 17.584 |
| ЦЦС Н50 | 14.490 | 19.034 | 9,876 | 14,747 |
| Просечна дужина полимераза | 67.995 | 89,379 | 49,664 | 66.433 |
| Просечна дужина дужине | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Просечна дужина-ЦЦС | 14.489 | 19.074 | 8,575 | 14.655 |
Подаци генерисани из 16 ЦЛР ћелија (од 76 врста)
| Дата-Пацбио-ЦЛР-30КБ | Просек | Макс | Мин | Средњи |
| Принос - Субреадс (ГБ) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142.49 |
| Полимераза Н50 | 39.456 | 121,191 | 15.389 | 35.231 |
| Субреадс Н50 | 28.490 | 41.012 | 14,430 | 29.063 |
| Просечна дужина полимераза | 22.063 | 48,886 | 8.747 | 21.555 |
| Просечна дужина дужине | 17,720 | 27,225 | 8.293 | 17,779 |
2.Дата КЦ - ДемоСтатистика приноса података
| Узорак | ЦЦС чита број | Укупно база ЦЦС-а (БП) | ЦЦС чита Н50 (БП) | ЦЦС средња дужина (БП) | ЦЦС најдуже читање (БП) | Субреадс Басес (БП) | ЦЦС стопа (%) |
| Пб_бмкккк | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15.728 | 15.726 | 36.1900 | 863,326,330,465 | 6.27 |
