Секвенцирање мРНА пуне дужине -ПацБио
Карактеристике
● Синтеза цДНК из поли-А мРНК праћена припремом библиотеке
● Секвенцирање у ЦЦС режиму, генерисање ХиФи читања
● Редослед транскрипата пуне дужине
● Анализа не захтева референтни геном; међутим, може се користити
● Биоинформатичка анализа омогућава анализу транскрипта изоформе лнцРНА, фузије гена, полиаденилације и структуре гена
Предности услуге
●Висока прецизност: ХиФи очитава са тачношћу >99,9% (К30), упоредиво са НГС
● Анализа алтернативног спајања: секвенцирање целих транскрипата омогућава идентификацију и карактеризацију изоформе
●Ектенсиве Екпертисе: са досадашњом евиденцијом завршетка преко 1100 ПацБио пројеката пуне дужине транскриптома и обрадом преко 2300 узорака, наш тим доноси богато искуство у сваки пројекат.
●Подршка након продаје: наша посвећеност се протеже и даље од завршетка пројекта са 3-месечним периодом након продаје. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
| ПолиА обогаћена мРНА ЦЦС библиотека | ПацБио Секуел ИИ ПацБио Ревио | 20/40 Гб 5/10 М ЦЦС | К30≥85% |
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
● Биљке:
Корен, стабљика или латица: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Воће: 1,2 г
● Животиња:
СРЦЕ или црева: 300 мг
Унутрашњи органи или мозак: 240 мг
Мишићи: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1 г
● Артроподи:
Инсекти: 6г
Ракови: 300 мг
● Пуна крв: 1 цев
● Ћелије: 106 ћелије
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | За биљке: РИН≥7,5; За животиње: РИН≥8,0; 5.0≥ 28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
Препоручена достава узорка
Контејнер: 2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у РНК стабилизацијској цеви (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Укључује следећу анализу:
● Контрола квалитета сирових података
● Алтернативна анализа полиаденилације (АПА)
● Анализа транскрипта фузије
● Анализа алтернативног спајања
● Бенцхмаркинг Универсал Сингле-Цопи Ортхологис (БУСЦО) анализа
● Нова анализа транскрипта: предвиђање кодирајућих секвенци (ЦДС) и функционална анотација
● лнцРНА анализа: предвиђање лнцРНА и циљева
● микросателитска идентификација (ССР)
БУСЦО анализа
Анализа алтернативног спајања
Алтернативна анализа полиаденилације (АПА)
Функционална анотација преписа романа
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ов Нанопоре сервис секвенцирања мРНА пуне дужине у овој истакнутој публикацији.
Ма, И. ет ал. (2023) 'Компаративна анализа ПацБио и ОНТ РНК метода секвенцирања за идентификацију отрова Немопилема Номураи', Геномицс, 115(6), стр. 110709. дои: 10.1016/Ј.ИГЕНО.2023.110709.
Цхао, К. ет ал. (2019) 'Развојна динамика транскриптома стабљике Популус', Плант Биотецхнологи Јоурнал, 17(1), стр. 206–219. дои: 10.1111/ПБИ.12958.
Денг, Х. ет ал. (2022) „Динамичке промене у садржају аскорбинске киселине током развоја плода и зрења Ацтинидиа латифолиа (плода богатог аскорбатом) и придружених молекуларних механизама“, Међународни часопис за молекуларне науке, 23(10), стр. 5808. дои: 10.3390/ИЈМС23105808/С1.
Хуа, Кс. ет ал. (2022) „Ефективно предвиђање гена биосинтетског пута укључених у биоактивне полифилине у Парис полипхилла“, Цоммуницатионс Биологи 2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. дои: 10.1038/с42003-022-03000-з.
Лиу, М. ет ал. (2023) 'Комбинована ПацБио Исо-Сек и Иллумина РНА-Сек анализа транскриптома Тута абсолута (Меирицк) и гена цитокрома П450', Инсекти, 14(4), стр. 363. дои: 10.3390/ИНСЕЦТС14040363/С1.
Ванг, Лијун и др. (2019) „Преглед сложености транскриптома коришћењем ПацБио анализе једног молекула у реалном времену у комбинацији са секвенцирањем Иллумина РНК за боље разумевање биосинтезе рицинолеинске киселине у Рицинус цоммунис“, БМЦ Геномицс, 20(1), стр. 1–17. дои: 10.1186/С12864-019-5832-9.
