БМКМАНУ С3000_Спацијални транскрипт
БМКМАНУ С3000 СПАТИОНАЛ ТРЕНЦИПТОМЕ ТЕХНИЧКА СХЕМА
Карактеристике
- Резолуција: 3,5 μм
- Пречник спота: 2,5 μм
- Број спотова: отприлике 4 милиона
- 3 могућа формата за хватање: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм или 15 мм * 20 мм
- Свака баркодирана куглица је учитана са прајмерима које чине 4 одељка:
• Поли (ДТ) реп за синтезу за прање мрна и цДНА,
• Јединствени молекуларни идентификатор (УМИ) за исправљање пристрасности појачања
• Просторни баркод
• Везивање секвенце делимичне прочитане 1 секвенцирање темељног премаза
- Х & Е и флуоресцентно обојење одсека
- Могућност коришћења технологије сегментације ћелије: Интеграција Х & Е бојења, флуоресцентно обојење и РНА секвенцирање за одређивање граница сваке ћелије и правилно додељује експресију гена у свакој ћелији. Обрађује анализу просторног профилирања низводно на основу ћелијских канти.
- Могуће је постићи анализу вишесловних резолуција: Флексибилна анализа вишенаца у распону од 100ум до 3,5 УМ да би се решила различита карактеристика ткива у оптималној резолуцији.
Предности БМКМАНУ С3000
-Удвостручење заробљавања спотова на 4 милиона: Уз побољшану резолуцију од 3,5 хм, што доводи до виших гена и УМИ детекције по ћелији. То резултира побољшаним кластерирањем ћелија на основу профила транскрипције, са финијим детаљима који одговара структури ткива.
- Подкуплна резолуција:Свако поље за хватање је садржало> 2 милиона просторних баркодираних тачака пречника 2,5 μм и размаком 5 уМ између спот центара, што омогућава активу просторних транскрипта са под-ћелијским резолуцијом (5 уМ).
-Анализа резолуције на више нивоа:Флексибилна анализа са више нивоа у распону од 100 μм до 5 μм за решавање различитих карактеристика ткива у оптималној резолуцији.
-Могућност употребе "три у једној слиде" технологији сегментације ћелије:Комбиновање флуоресцентности бојења, х & е бојење и РНА секвенцирање на једном слајду, наша алгоритама анализе "три у једном" омогућава идентификацију ћелијских граница за накнадну транскриптивну ћелију.
-Компатибилан је са више платформи за секвенцирање: и НГС и дуготрајне секвенцирање на располагању.
-Флексибилан дизајн од 1-8 активног подручја за хватање: Величина подручја за хватање је флексибилна, јер је могуће користити 3 формата (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм и 15 мм * 20 мм)
-Служба за једно заустављање: Интегрише све кораке на основу искуства и вештина, укључујући крио-пресјеку, обојење, оптимизацију ткива, просторне баркодирање, припрему библиотеке, секвенцирање и биоинформатике.
-Свеобухватна биоинформатика и корисничка визуализација резултата:Паковање укључује 29 анализа и 100+ висококвалитетних података, у комбинацији са употребом Инцхоусе развијеног софтвера за визуализацију и прилагођавање цепања ћелија и спот.
-Прилагођена анализа података и визуелизација података: на располагању за различите захтеве за истраживање
-Високо вешт технички тим: Са искуством у преко 250 врста ткива и 100+ врста, укључујући људске, миш, сисар, рибу и биљке.
-Ажурирања у реалном времену на целом пројекту: Са потпуном контролом експерименталног напретка.
-Опционална заједничка анализа са једном ћелијом МРНА секвенцирањем
Спецификације услуга
| Захтеви за узорке | Библиотека | Стратегија за секвенцирање | Препоручује се подаци | Контрола квалитета |
| ОЦТ-уграђени крио узорци (Оптимални пречник: цца. 6 × 6 × 6 мм³) 2 блока по узорку 1 за експеримент, 1 за резервну копију | С3000 ЦДНА библиотека | Иллумина пе150 | 160К ПЕ гласи по 100υм (250 ГБ) | РИН> 7 |
За више детаља о узору за припрему узорка и радни ток сервиса, слободно разговарајте са аСтручњак за БМКгене
Сервисни радни проток
У фази припреме узорка, почетна суђење за екстракцију ролк РНА врши се како би се осигурало да се може добити висококвалитетна РНА. У фази оптимизације ткива, одељци су обојени и визуелни, а услови од пермаИлизације за ослобађање МРНА-а од ткива су оптимизовани. Оптимизовани протокол се затим примењује током изградње библиотеке, а затим секвенцирање и анализа података.
Комплетан сервисни ток укључује ажурирања у реалном времену и потврде клијента како би одржали реално повратне петље, обезбеђујући глатко извршење пројекта.
Подаци генерисани БМКМАНУ С3000 анализирају се помоћу софтвера "БСТМатрик", који је независно дизајнирао БМКГЕНЕ, генерисање матрице гена и вишесевелове резолуције експресије гена. Одатле се генерише стандардни извештај који укључује контролу квалитета података, анализу унутрашњег узорка и међугрупне анализе.
- Контрола квалитета података:
- дистрибуција излаза података и дистрибуције о постизању квалитета
- Детекција гена по месту
- Покривеност ткивом
- Анализа унутрашњег узорка:
- богатство гена
- Спот групирање, укључујући смањену анализу димензија
- Диференцијална анализа израза између кластера: Идентификација маркерских гена
- Функционалне напомене и обогаћивање маркерских гена
- Интер-Гроуп анализа
- поновна комбинација тачака из оба узорка (нпр. Оболели и контролисати) и поновно кластер
- Идентификација маркерских гена за сваки кластер
- Функционалне напомене и обогаћивање маркерских гена
- Диференцијални израз истог кластера између група
Поред тога, БМКГЕНЕ развијени "БСТВиевер" је корисничко средство за кориснике који омогућава кориснику да визуализује експресију гена и спот у различите резолуције.
БМКГЕНЕ нуди услуге просторног профилирања у прецизном једнокреветном резолуцији (на основу ћелијских канала или мултилевел трг канта са 100ум до 3,5ум).
Подаци просторних профилирања из секција ткива на С3000 Слиде-у наступили су добро као доле.
Студија случаја 1: Мозак миша
Анализа одсека мозга миша са С3000 резултирала је идентификацијом ~ 94 000 ћелија, са средњим редоследом ~ 2000 гена по ћелији. Побољшана резолуција од 3,5 хм резултирала је врло детаљним кластером ћелија заснованих на обрасцима транскрипције, а кластери ћелија опонашају структуре диференцираних мозга. То се лако примећује визуализацијом дистрибуције ћелија који се кластерира као олигодендроцити и микрогличке ћелије, које су готово искључиво смештене у сивој и бели материја, респективно.
Студија случаја 2: Ембрион миша
Анализа одељења за ембрион миша са С3000 резултирала је идентификацијом ~ 2200 000 ћелија, са средњим редоследом од ~ 1600 гена по ћелији. Побољшана резолуција од 3,5 хм резултирала је врло детаљним кластером ћелија заснованих на обрасцима транскрипције, са 12 кластера у области ока и 28 кластера у подручју мозга.
Унутрашње узорак Анализа ћелијске кластеринг:
Идентификација и просторна дистрибуција маркера гене:
- Већа подкуплна резолуција: у поређењу са С1000 Слиде, сваком површином С3000 садржала је 4 милиона просторних баркодираних тачака пречника 2,5 μм и удаљеност од 3,5 μм између спот центара, што омогућава активу просторних транскрипција са вишом подлогујеном резолуцијом (Квадратна канта: 3,5 μм).
- Виши ефикасност хватања: у поређењу са С1000 Слиде, МЕДИАН_УМИ повећава се од 30% на 70%, МЕДИАН_ГЕНЕ повећање од 30% на 60%
Схема чипа С1000:
Схема чипа С3000:
