БМКМАНУ С1000 просторни транскрипт
Техничка шема просторног транскриптома БМКМАНУ С1000
Карактеристике
● Резолуција: 5 µМ
● Пречник тачке: 2,5 µМ
● Број спотова: приближно 2 милиона
● 3 могућа формата области снимања: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм или 15 мм * 20 мм
● Свака перла са бар кодом је пуна прајмера који се састоји од 4 дела:
поли(дТ) реп за мРНА прајминг и цДНК синтезу
Јединствени молекуларни идентификатор (УМИ) за исправљање пристрасности појачања
Просторни бар код
Секвенца везивања делимично прочитаног 1 прајмера за секвенцирање
● Х&Е и флуоресцентно бојење пресека
● Могућност коришћењатехнологија сегментације ћелија: интеграција Х&Е бојења, флуоресцентног бојења и секвенцирања РНК да би се одредиле границе сваке ћелије и правилно доделила експресија гена свакој ћелији.
Предности БМКМАНУ С1000
●Субћелијска резолуција: Свака област снимања је садржала >2 милиона просторних тачака са бар кодом пречника 2,5 µм и размака од 5 µм између центара тачака, омогућавајући анализу просторног транскриптома са субћелијском резолуцијом (5 µм).
●Анализа резолуције на више нивоа:Флексибилна анализа на више нивоа у распону од 100 μм до 5 μм за решавање различитих карактеристика ткива у оптималној резолуцији.
●Могућност коришћења технологије сегментације ћелија „три у једном слајду“:Комбинујући флуоресцентно бојење, Х&Е бојење и секвенцирање РНК на једном слајду, наш алгоритам за анализу „три у један“ омогућава идентификацију ћелијских граница за каснију транскриптомију засновану на ћелијама.
●Компатибилан са вишеструким платформама за секвенцирање: Доступни су и НГС и секвенцирање дугог читања.
●Флексибилан дизајн 1-8 области активног снимања: Величина области снимања је флексибилна, могуће је користити 3 формата (6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм и 15 мм * 20 мм)
●Услуга на једном месту: Интегрише све кораке засноване на искуству и вештини, укључујући крио-секцију, бојење, оптимизацију ткива, просторно баркодирање, припрему библиотеке, секвенцирање и биоинформатику.
●Свеобухватна биоинформатика и лака визуелизација резултата:Пакет укључује 29 анализа и 100+ висококвалитетних фигура, у комбинацији са употребом сопственог софтвера за визуелизацију и прилагођавање раздвајања ћелија и груписања тачака.
●Прилагођена анализа и визуелизација података: доступно за различите истраживачке захтеве
●Високо квалификован технички тим: са искуством у преко 250 типова ткива и 100+ врста укључујући људе, мишеве, сисаре, рибе и биљке.
●Ажурирања у реалном времену о целом пројекту: са потпуном контролом напретка експеримента.
●Опциона заједничка анализа са секвенцирањем једноћелијске мРНА
Спецификације услуге
|
Узорак Захтеви
| Библиотека |
Стратегија секвенцирања
| Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
| Крио узорци уграђени у ОЦТ, 3 блока по узорку | С1000 библиотека цДНК | Иллумина ПЕ150 (доступне друге платформе) | 100К ПЕ очитавања на 100 уМ (60-150 Гб) | РИН>7 |
За више детаља о упутствима за припрему узорака и току рада услуге, слободно разговарајте са аБМКГЕНЕ експерт
Ток рада услуге
У фази припреме узорка, врши се почетно испитивање екстракције РНК како би се осигурало да се РНК високог квалитета може добити. У фази оптимизације ткива секције су обојене и визуализоване, а услови пермеабилизације за ослобађање мРНК из ткива су оптимизовани. Оптимизовани протокол се затим примењује током изградње библиотеке, након чега следи секвенцирање и анализа података.
Комплетан ток рада услуге укључује ажурирања у реалном времену и потврде клијената како би се одржала петља повратних информација која реагује, обезбеђујући несметано извођење пројекта.
Подаци које генерише БМКМАНУ С1000 се анализирају коришћењем софтвера “БСТМатрик”, који је независно дизајнирао БМКГЕНЕ, генеришући матрицу експресије гена. Одатле се генерише стандардни извештај који укључује контролу квалитета података, анализу унутрашњег узорка и анализу међу групама.
● Контрола квалитета података:
Излаз података и дистрибуција резултата квалитета
Детекција гена по тачки
Покривеност ткива
● Анализа унутрашњег узорка:
Богатство гена
Груписање тачака, укључујући анализу смањених димензија
Анализа диференцијалне експресије између кластера: идентификација маркерских гена
Функционална анотација и обогаћивање маркерских гена
● Међугрупна анализа:
Поновна комбинација мрља из оба узорка (нпр. оболеле и контролне) и поновно груписање
Идентификација маркерских гена за сваки кластер
Функционална анотација и обогаћивање маркерских гена
Диференцијални израз истог кластера између група
Поред тога, БМКГЕНЕ је развио “БСТВиевер” је алатка прилагођена кориснику која омогућава кориснику да визуализује експресију гена и кластерисање у различитим резолуцијама.
БМКГене је развио софтвер за визуелизацију прилагођену кориснику
БСТВиевер спот груписање у резолуцији на више нивоа
БСТЦеллВиевер: аутоматско и ручно дељење ћелија
Анализа унутрашњег узорка
Груписање спотова:
Идентификација маркерских гена и просторна дистрибуција:
Међугрупна анализа
Комбинација података из обе групе и поновног груписања:
Маркерски гени нових кластера:
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ове услуге просторне транскриптомике са технологијом БМКМану С1000 у овој истакнутој публикацији:
Сонг, Кс. и др. (2023) 'Просторна транскриптомика открива ћелије хлоренхима изазване светлом које су укључене у промовисање регенерације изданака у калусу парадајза',Зборник радова Националне академије наука Сједињених Америчких Држава, 120(38), стр. е2310163120. дои: 10.1073/пнас.2310163120
Ви, И. ет ал. (2023) 'Систематско поређење просторних транскриптомских метода заснованих на секвенцирању',биоРкив, стр. 2023.12.03.569744. дои: 10.1101/2023.12.03.569744.
