Ампликонско секвенцирање (16С/18С/ИТС)

Амплицон (16С/18С/ИТС) секвенцирање са Иллумина је метода анализе микробне разноликости идентификацијом микробних профила према њиховим секвенцама, а затим покушајем да се дешифрује богатство и разноликост заједнице унутар сваког узорка и између узорака. БМКЦлоуд Амплицон (НГС) цевовод омогућава анализу 16С, 18С, ИТС и више функционалних гена. Почиње одсецањем читања, склапањем упареног краја и проценом квалитета, након чега следи груписање сличних читања да би се генерисале оперативне таксономске јединице (ОТУ) које се користе у шест различитих секција анализе. Таксономске напомене пружају информације о релативном обиљу и саставу сваког узорка, док се анализе алфа и бета диверзитета фокусирају на микробну разноликост унутар и између узорака, респективно. Диференцијална анализа између група проналази ОТУ који се разликују коришћењем параметарских и непараметарских тестова, док корелациона анализа повезује ове разлике са факторима средине. Коначно, функционално обиље гена се предвиђа на основу обиља гена маркера, пружајући увид у функцију и екологију у сваком узорку.