16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Сервице Феатурес
● Платформа за секвенцирање: ПацБио Ревио
● Режим секвенцирања: ЦЦС (ХиФи чита)
● Амплификација циљног региона праћена тандемским повезивањем ампликона пре припреме ХиФи СМРТ библиотеке звона
Предности услуге
●Виша таксономска резолуција: Тхан секвенцирање кратких ампликона,омогућавајући веће стопе класификације ОТУ на нивоу врсте.
●Веома прецизно позивање базе: ПацБио ЦЦС секвенцирање режима (ХиФи чита).
●Без изолације: Брза идентификација микробног састава у узорцима животне средине.
●Широко применљив: Диверсе мицробиал цоммунити студиес.
●Свеобухватна биоинформатичка анализа: Најновији КИИМЕ2 пакет (квантитативни увид у микробну екологију) са разноврсним анализама у смислу базе података, анотација, ОТУ/АСВ.
●Ектенсиве Екпертисе: Са хиљадама пројеката секвенцирања ампликона који се спроводе годишње, БМКГЕНЕ доноси више од деценије искуства, високо квалификован тим за анализу, свеобухватан садржај и одличну подршку након продаје.
Спецификације услуге
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују |
| Амплицон | ПацБио Ревио | 10/30/50 К ознаке (ЦЦС) |
Захтеви за узорке
| Концентрација (нг/µЛ) | Укупна количина (µг) | Запремина (µЛ) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени до дуготрајне резервације. Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Укључује следећу анализу:
●Контрола квалитета сирових података
●ОТУ груписање/уклањање буке (АСВ)
●ОТУ напомена
●Алфа анализа диверзитета: више индекса, укључујући Сханнон, Симпсон и АЦЕ.
● Анализа бета разноврсности
●Међугрупна анализа
● Анализа корелације: између фактора средине и састава и разноликости ОУТ
●16С функционално предвиђање гена
Хистограм таксономске дистрибуције
Филогенетско стабло дистрибуције заједнице
Анализа алфа диверзитета: АЦЕ
индекс
Анализа бета разноврсности: ПЦоА
Међугрупна анализа: АНОВА
Истражите напредак који омогућава БМКГене-ове услуге секвенцирања ампликона са ПацБио-ом кроз одабрану колекцију публикација.
Гао, Кс. и Ванг, Х. (2023) 'Компаративна анализа профила и функција бактерија румена током адаптације на различите фенологије (регреен вс. травната) у алпским мерино овцама са две фазе раста на алпској ливади', Ферментација, 9( 1), стр. 16. дои: 10.3390/ФЕРМЕНТАТИОН9010016/С1.
Ли, С. ет ал. (2023) „Снимање микробне тамне материје у пустињском тлу коришћењем метагеномике засноване на културомици и анализе високе резолуције“, нпј Биофилмс анд Мицробиомес 2023 9:1, 9(1), стр. 1–14. дои: 10.1038/с41522-023-00439-8.
Му, Л. ет ал. (2022) „Ефекти соли масних киселина на карактеристике ферментације, разноликост бактерија и аеробну стабилност мешане силаже припремљене од луцерке, пиринчане сламе и пшеничних мекиња“, Јоурнал оф тхе Сциенце оф Фоод анд Агрицултуре, 102(4), стр. 1475– 1487. дои: 10.1002/ЈСФА.11482.
Ианг, Ј. ет ал. (2023) „Интеракција између биомаркера оксидативног стреса и цревне микробиоте у антиоксидативним ефектима екстраката из Сонцхус брацхиотус ДЦ. ин Интестинал Окидативе Стресс интестинал окидативе Стрес ин Адулт Зебрафисх', Антиокидантс 2023, Вол. 12, страна 192, 12(1), стр. 192. дои: 10.3390/АНТИОКС12010192.
