10к геномика Висиум Простирски транскрипт
Техничка шема
Карактеристике
● Резолуција: 100 μм
● Пречник спота: 55 μм
● Број спотова: 4992
● Површина хватања: 6,5 к 6,5 мм
● Свака баркодирана тачка је учитана прајмерима са 4 одељка:
- Поли (ДТ) реп за синтезу за прање МРНА и ЦДНА
- јединствени молекуларни идентификатор (УМИ) за исправљање пристрасности појачања
- Просторни баркод
- Везивање секвенце делимичне прочитане 1 секвенцирање темељног премаза
● Х & Е бојење одсека
Предности
●Служба за једно заустављање: Интегрише све кораке на основу искуства и вештина, укључујући крио-пресијецање, обојење, оптимизацију ткива, просторно-баркодирање, припрему библиотеке, секвенцирање и биоинформатике.
● висококвалификован технички тим: Са искуством у преко 250 врста ткива и 100+ врста, укључујући људске, миш, сисар, рибу и биљке.
●Ажурирање у реалном времену на целом пројекту: Са потпуном контролом експерименталног напретка.
●Свеобухватна стандардна биоинформатика:Паковање укључује 29 анализа и 100+ висококвалитетних података.
●Прилагођена анализа података и визуелизација података: доступно за различите захтеве за истраживање.
●Опционална заједничка анализа са једном ћелијом МРНА секвенцирањем
Спецификације
| Захтеви за узорке | Библиотека | Стратегија за секвенцирање | Препоручује се подаци | Контрола квалитета |
| ОЦТ-уграђени крио узорци (Оптимални пречник: цца. 6к6к6 мм³) 2 блока по узорку | 10к Висиум ЦДНА библиотека | Иллумина пе150 | 50к ПЕ гласи по месту (60Гб) | РИН> 7 |
За више детаља о узору за припрему узорка и радни ток сервиса, слободно разговарајте са аСтручњак за БМКгене
Сервисни ток рада
У фази припреме узорка, почетна суђење за екстракцију ролк РНА врши се како би се осигурало да се може добити висококвалитетна РНА. У фази оптимизације ткива, одељци су обојени и визуелни, а услови од пермаИлизације за ослобађање МРНА-а од ткива су оптимизовани. Оптимизовани протокол се затим примењује током изградње библиотеке, а затим секвенцирање и анализа података.
Комплетан сервисни ток укључује ажурирања у реалном времену и потврде клијента како би одржали реално повратне петље, обезбеђујући глатко извршење пројекта.
Укључује следећу анализу:
Контрола квалитета података:
о Излаз и дистрибуција резултата података
о Детекција гена по месту
о Обухват ткива
Анализа унутрашњег узорка:
о Рицоминг Гене
о Спот групирање, укључујући смањену анализу димензија
о Анализа различитог израза између кластера: Идентификација маркерских гена
о Функционалне напомене и обогаћивање гена маркера
Интер-Гроуп анализа
о Ре-комбинација тачака из оба узорка (нпр. оболели и контролисати) и поновно кластер
о Идентификација гена маркера за сваки кластер
о Функционалне напомене и обогаћивање гена маркера
о Диференцијални израз истог кластера између група
Анализа унутрашњег узорка
Спот групирање
Идентификација и просторна расподјела маркера гена
Интер-Гроуп анализа
Комбинација података из група и поновна кластера
Маркер гени нових кластера
Истражите напредне напредне услуге БМКГене-ове услуге Просторних транскрипција 10к визијом у овим представљеним публикацијама:
Цхен, Д. и др. (2023.) "МТХЛ1, потенцијални хомолог дрософиле сисара адхезије сисара ГПЦР-а, укључен је у антитуморске реакције на убризгане онкогене ћелије у мува",Зборник радова Националне академије наука Сједињених Америчких Држава, 120 (30), стр. Е2303462120. Дои: /10.1073/пнас.2303462120
Цхен, И. ет ал. (2023.) 'челик омогућава разграничење високе резолуције Спаториотпоралних транскриптаних података',Бриефингс у биоинформатици, 24 (2), стр. 1-10. Дои: 10.1093 / БИБ / ББАД068.
Лиу, Ц. ет ал. (2022) "Спаториотемарски атлас органогенезе у развоју цвећа орхидеја",Истраживање нуклеинских киселина, 50 (17), стр. 9724-9737. Дои: 10.1093 / Нар / ГКАЦ773.
Ванг, Ј. Ет ал. (2023) "Интегрисање просторне транскрипте и једносезон РНА секвенцирање открива потенцијалне терапијске стратегије за леиомиом матернице",Међународни часопис за биолошке науке, 19 (8), стр. 2515-2530. Дои: 10.7150 / ијбс.83510.
