Sekuencimi i tërë i gjenomit bisul fi te (WGBS)
Sekuencimi i tërë i gjenomit bisulfite (WGBS) qëndron si metodologjia standarde e arit për eksplorimin e thelluar të metilimit të ADN-së, konkretisht pozicioni i pestë në citozinë (5-MC), një rregullator kryesor i shprehjes së gjenit dhe aktivitetit qelizor. Parimi në themel të WGBS përfshin trajtimin bisulfite, duke induktuar shndërrimin e citozinave të pathiluara në uracil (C në U), ndërsa lini citozinat e metilizuara të pandryshuara. Kjo teknikë ofron rezolucion me një bazë, duke lejuar studiuesit të hetojnë në mënyrë gjithëpërfshirëse metilomën dhe të zbulojnë modelet anormale të metilimit të shoqëruara me kushte të ndryshme, veçanërisht kancerin. Duke përdorur WGBS, shkencëtarët mund të fitojnë njohuri të pashembullt në peizazhet e metilimit të gjerë të gjenomit, duke siguruar një kuptim të nuancuar të mekanizmave epigjenetikë që mbështesin procese dhe sëmundje të ndryshme biologjike.
Karakteristikat e shërbimit
● Kërkon një gjenom referimi.
● ADN lambda është shtuar për të monitoruar efikasitetin e konvertimit bisulfite.
● Sekuencimi në Illumina Novaseq.
Avantazhet e shërbimit
>Standardi i artë për hulumtimin e metilimit të ADN -së: Kjo teknologji e përpunimit të konvertimit të metilimit të pjekur ka saktësi të lartë dhe riprodhueshmëri të mirë.
>Mbulim i gjerë dhe rezolucion me një bazë:Zbulimi i vendeve të metilimit në nivelin e gjerë të gjenomit.
>Platforma e plotë:Siguroni një shërbim të shkëlqyeshëm me një ndalesë nga përpunimi i mostrave, ndërtimi i bibliotekës, renditja në analizën e bioinformatikës.
>Ekspertizë e gjerë: Me projektet e sekuencave të WGBS të përfunduara me sukses në një gamë të larmishme të specieve, BMKGene sjell mbi një dekadë përvojë, një ekip analize shumë të aftë, përmbajtje gjithëpërfshirëse dhe mbështetje të shkëlqyeshme pas shitjes.
>Mundësia për t'u bashkuar me analizën e transkriptomikës: Lejimi i analizës së integruar të WGBS me të dhëna të tjera omics siç është ARN-seq.
Specifikimet e mostrës
| Bibliotekë | Strategjia e sekuencave | Prodhimi i rekomanduar i të dhënave | Kontroll i cilësisë |
| Bisulfite trajtohet | Illumina PE150 | Thellësi 30x | Q30 ≥ 85% Konvertimi Bisulfite> 99% |
Kërkesat e mostrës
| Përqendrimi (ng/μl) | Shuma totale (μg) | Kërkesa shtesë | |
| ADN gjenomike | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradim ose ndotje e kufizuar |
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Nxjerrje ADN
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shpërndarja e të dhënave
Përfshinë analizën e mëposhtme:
Control Kontrolli i cilësisë së sekuencave të papërpunuara;
● Hartimi për të referuar gjenomin;
● Zbulimi i bazave të metilizuara 5mc;
● Analiza e shpërndarjes dhe shënimit të metilimit;
● Analiza e rajoneve të metilizuara në mënyrë të ndryshme (DMR);
● Annotimi funksional i gjeneve të lidhura me DMR.
Zbulimi i metilimit 5mc: Llojet e vendeve të metilizuara
Harta e metilimit. Shpërndarja e gjenomit me metilim 5mc të gjerë
Shënimi i rajoneve shumë të metilizuara
Rajonet e metilizuara në mënyrë të ndryshme: gjenet e shoqëruara
Rajonet e metilizuara në mënyrë të ndryshme: shënimi i gjeneve të shoqëruara (ontologjia e gjeneve)
Eksploroni përparimet e hulumtimit të lehtësuara nga shërbimet e të gjithëve të sekuencave të gjenomit Bisulfite të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analiza e profileve të metilimit të ADN-së gjatë zhvillimit të muskujve skeletorë të deleve duke përdorur sekuencat bisulfite të gjenomit të tërë',BMC Genomics, 21 (1), faqe 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Rrëfimet e metilimit të acidit deoksiribonukleik të romanit në punëtorët e ekspozuar ndaj klorurit vinyl',Toksikologjia dhe Shëndeti Industrial, 38 (7), fq 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Marrëdhëniet midis metilimit të gjenomit, niveleve të ARN-ve jo-koduese, mRNA dhe metabolitëve në pjekjen e frutave të domates',Gazeta e Bimëve, 103 (3), faqe 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
