Sekuenca e fragmenteve të përforcuara me vendndodhje specifike (SLAF-Seq)
Rrjedha e punës
Skema Teknike
Karakteristikat e shërbimit
● Sekuenca në NovaSeq me PE150.
● Përgatitja e bibliotekës me barkodim të dyfishtë, duke mundësuar grumbullimin e mbi 1000 mostrave.
● Kjo teknikë mund të përdoret me ose pa një gjenom referues, me tubacione të ndryshme bioinformatike për çdo rast:
Me gjenomin referencë: SNP dhe zbulimi InDel
Pa gjenomin e referencës: grumbullimi i mostrave dhe zbulimi i SNP
● Nënë silikonKombinimet e shumëfishta të enzimave kufizuese në fazën e para-projektimit ekzaminohen për të gjetur ato që gjenerojnë një shpërndarje uniforme të etiketave SLAF përgjatë gjenomit.
● Gjatë paraeksperimentit, tre kombinime enzimash testohen në 3 mostra për të gjeneruar 9 biblioteka SLAF dhe ky informacion përdoret për të zgjedhur kombinimin optimal të enzimës kufizuese për projektin.
Avantazhet e Shërbimit
●Zbulimi i Markerit të Lartë Gjenetik: Integrimi i një sistemi barkodi të dyfishtë me performancë të lartë lejon renditjen e njëkohshme të popullatave të mëdha dhe amplifikimi specifik për vendndodhjen rrit efikasitetin, duke siguruar që numrat e etiketave të plotësojnë kërkesat e ndryshme të pyetjeve të ndryshme kërkimore.
● Varësia e ulët nga gjenomi: Mund të aplikohet te speciet me ose pa gjenom referencë.
●Dizajn fleksibël i skemës: Tretja me një enzimë, dy enzimë, tretje me shumë enzima dhe lloje të ndryshme enzimash mund të zgjidhen të gjitha për t'iu përshtatur qëllimeve ose specieve të ndryshme kërkimore. Tënë silikonprojektimi paraprak kryhet për të siguruar një dizajn enzimë optimal.
● Efikasitet i lartë në tretjen enzimatike: Përçimi i njënë silikonprojektimi paraprak dhe një dizajn optimal i siguruar para eksperimentit me shpërndarje të barabartë të etiketave SLAF në kromozom (1 etiketë SLAF/4 Kb) dhe sekuencë të reduktuar përsëritëse (<5%).
●Ekspertizë e gjerë: Ekipi ynë sjell një përvojë të pasur në çdo projekt, me një histori të mbylljes së mbi 5000 projekteve SLAF-Seq në qindra lloje, duke përfshirë bimë, gjitarë, zogj, insekte dhe organizma ujorë.
● Rrjedha e punës Bioinformatike e zhvilluar vetë: BMKGENE zhvilloi një rrjedhë pune të integruar bioinformatike për SLAF-Seq për të siguruar besueshmërinë dhe saktësinë e rezultatit përfundimtar.
Specifikimet e Shërbimit
| Lloji i analizës | Shkalla e rekomanduar e popullsisë | Strategjia e renditjes | |
| Thellësia e renditjes së etiketave | Numri i etiketës | ||
| Hartat gjenetike | 2 prindër dhe >150 pasardhës | Prindërit: 20x WGS Pasardhësit: 10x | Madhësia e gjenomit: <400 Mb: rekomandohet WGS <1 Gb: 100 mijë etiketa 1-2 Gb:: 200 mijë etiketa >2 Gb: 300 mijë etiketa Maksimumi 500 mijë etiketa |
| Studime të Shoqatës Gjenomike (GWAS) | ≥200 mostra | 10x | |
| Evolucioni gjenetik | ≥30 mostra, me >10 mostra nga secili nëngrup | 10x | |
Kërkesat e Shërbimit
Përqendrimi ≥ 5 ng/µL
Sasia totale ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Xhel agarozë: pa degradim ose kontaminim i kufizuar ose i kufizuar
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë: tub centrifuge 2 ml
(Për shumicën e mostrave, ne rekomandojmë që të mos ruhen në etanol)
Etiketimi i mostrës: Mostrat duhet të jenë të etiketuara qartë dhe identike me formularin e informacionit të mostrës së dorëzuar.
Dërgesa: Akull i thatë: Mostrat duhet së pari të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Shembull QC
Eksperiment pilot
SLAF-eksperiment
Përgatitja e Bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Përfshin analizën e mëposhtme:
- Renditja e të dhënave QC
- Zhvillimi i etiketave SLAF
Harta në gjenomin referues
Pa një gjenom referimi: grumbullim
- Analiza e etiketave SLAF.: statistika, shpërndarja nëpër gjenom
- Zbulimi i shënuesit: SNP, InDel, SNV, thirrje CV dhe shënim
Shpërndarja e etiketave SLAF në kromozome:
Shpërndarja e SNP-ve në kromozome:
Shënim SNP
| viti | Ditar | IF | Titulli | Aplikacionet |
| 2022 | Komunikimet e natyrës | 17.694 | Baza gjenomike e giga-kromozomeve dhe giga-gjenomit të bozhures së pemës Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitolog i ri | 7.433 | Gjurmët e zbutjes ankorojnë rajone gjenomike me rëndësi agronomike në sojë | SLAF-GWAS |
| 2022 | Gazeta e Kërkimeve të Avancuara | 12.822 | Introgresione artificiale të gjenomit të Gossypium barbadense në G. hirsutum zbulojnë lokacione superiore për përmirësimin e njëkohshëm të cilësisë dhe rendimentit të fibrave të pambukut tipare | SLAF-Genetika evolucionare |
| 2019 | Bimë molekulare | 10.81 | Analiza gjenomike e popullsisë dhe Asambleja De Novo zbulojnë origjinën e Weedy Orizi si një lojë evolucionare | SLAF-Genetika evolucionare |
| 2019 | Gjenetika e Natyrës | 31.616 | Sekuenca e gjenomit dhe diversiteti gjenetik i krapit të zakonshëm, Cyprinus carpio | SLAF-Harta e lidhjes |
| 2014 | Gjenetika e Natyrës | 25.455 | Gjenomi i kikirikut të kultivuar ofron njohuri për kariotipet e bishtajoreve, poliploidet evolucioni dhe zbutja e të korrave. | SLAF-Harta e lidhjes |
| 2022 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | 9.803 | Identifikimi i ST1 zbulon një përzgjedhje që përfshin autostop të morfologjisë së farës dhe përmbajtjen e vajit gjatë zbutjes së sojës | Zhvillimi SLAF-Marker |
| 2022 | Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare | 6.208 | Identifikimi dhe zhvillimi i shënuesve të ADN-së për një Grurë-Leymus mollis 2Ns (2D) Zëvendësimi dizomik i kromozomeve | Zhvillimi SLAF-Marker |
| viti | Ditar | IF | Titulli | Aplikacionet |
| 2023 | Kufijtë në shkencën e bimëve | 6.735 | Harta QTL dhe analiza e transkriptomës së përmbajtjes së sheqerit gjatë pjekjes së frutave të Pyrus pyrifolia | Harta gjenetike |
| 2022 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | 8.154 | Identifikimi i ST1 zbulon një përzgjedhje që përfshin autostop të morfologjisë së farës dhe përmbajtjes së vajit gjatë zbutjes së sojës
| SNP po thërret |
| 2022 | Kufijtë në shkencën e bimëve | 6.623 | Harta e Shoqatës së Gjerë të Gjenomit të fenotipeve me zor të zhveshur në mjedisin e thatësirës.
| GWAS |
