-
Sekuenca e ARN-së me një bërthamë
Zhvillimi i teknikave të kapjes me një qelizë dhe ndërtimit të bibliotekës me porosi, së bashku me sekuencën me performancë të lartë, ka revolucionarizuar studimet e shprehjes së gjeneve në nivel qelizor. Ky zbulim lejon një analizë më të thellë dhe më gjithëpërfshirëse të popullatave komplekse të qelizave, duke kapërcyer kufizimet që lidhen me mesataren e shprehjes së gjeneve mbi të gjitha qelizat dhe duke ruajtur heterogjenitetin e vërtetë brenda këtyre popullatave. Ndërsa sekuenca e ARN-së me një qelizë të vetme (scRNA-seq) ka avantazhe të pamohueshme, ai has sfida në inde të caktuara ku krijimi i një pezullimi me një qelizë është i vështirë dhe kërkon mostra të freskëta. Në BMKGene, ne e adresojmë këtë pengesë duke ofruar sekuencën e ARN-së me një bërthamë (snRNA-seq) duke përdorur teknologjinë më të fundit 10X Genomics Chromium. Kjo qasje zgjeron spektrin e mostrave të përshtatshme për analizën e transkriptomit në nivel njëqelizor.
Izolimi i bërthamave realizohet përmes çipit inovativ 10X Genomics Chromium, i cili përmban një sistem mikrofluidik me tetë kanale me kryqëzime të dyfishta. Brenda këtij sistemi, rruazat e xhelit që përfshijnë barkode, abetare, enzima dhe një bërthamë të vetme janë të kapsuluara në pika vaji me madhësi nanolitri, duke formuar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Pas formimit të GEM, liza e qelizave dhe lirimi i barkodit ndodhin brenda çdo GEM. Më pas, molekulat e mARN-së i nënshtrohen transkriptimit të kundërt në cDNA, duke inkorporuar barkode 10X dhe identifikues molekular unik (UMI). Këto cADNA më pas i nënshtrohen ndërtimit të bibliotekës standarde të sekuencës, duke lehtësuar një eksplorim të fuqishëm dhe gjithëpërfshirës të profileve të shprehjes së gjeneve në nivelin e një qelize.
Platforma: 10× Genomics Chromium dhe Platforma Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika hapësinore është një teknologji e fundit që lejon studiuesit të hetojnë modelet e shprehjes së gjeneve brenda indeve duke ruajtur kontekstin e tyre hapësinor. Një platformë e fuqishme në këtë fushë është 10x Genomics Visium e shoqëruar me sekuencën e Illumina. Parimi i 10X Visium qëndron në një çip të specializuar me një zonë të caktuar kapjeje ku vendosen seksionet e indeve. Kjo zonë e kapjes përmban pika me barkod, secila korrespondon me një vendndodhje unike hapësinore brenda indit. Molekulat e ARN-së së kapur nga indi më pas etiketohen me identifikues molekular unik (UMIs) gjatë procesit të transkriptimit të kundërt. Këto pika me barkod dhe UMI mundësojnë hartëzimin e saktë hapësinor dhe përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve në një rezolucion me një qelizë të vetme. Kombinimi i mostrave me barkod hapësinor dhe UMI siguron saktësinë dhe specifikën e të dhënave të krijuara. Duke përdorur këtë teknologji të transkriptomikës hapësinore, studiuesit mund të fitojnë një kuptim më të thellë të organizimit hapësinor të qelizave dhe ndërveprimeve komplekse molekulare që ndodhin brenda indeve, duke ofruar njohuri të paçmueshme në mekanizmat që qëndrojnë në themel të proceseve biologjike në fusha të shumta, duke përfshirë onkologjinë, neuroshkencën, biologjinë zhvillimore, imunologjinë. , dhe studime botanike.
Platforma: 10X Genomics Visium dhe Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë-Nanopore
Ndërsa sekuenca e mRNA me bazë NGS është një mjet i gjithanshëm për përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve, mbështetja e tij në leximet e shkurtra kufizon efikasitetin e tij në analizat komplekse transkriptomike. Nga ana tjetër, sekuenca e nanoporeve përdor teknologjinë e lexuar gjatë, duke mundësuar renditjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë. Kjo qasje lehtëson një eksplorim gjithëpërfshirës të bashkimit alternativ, shkrirjes së gjeneve, poliadenilimit dhe përcaktimit të sasisë së izoformave të mRNA.
Sekuenca e nanoporeve, një metodë që mbështetet në sinjalet elektrike në kohë reale me një molekulë nanopore, ofron rezultate në kohë reale. E udhëhequr nga proteinat motorike, ADN-ja me dy zinxhirë lidhet me proteinat nanopore të ngulitura në një biofilm, duke u zbërthyer ndërsa kalon nëpër kanalin nanopore nën një ndryshim tensioni. Sinjalet elektrike dalluese të gjeneruara nga baza të ndryshme në vargun e ADN-së zbulohen dhe klasifikohen në kohë reale, duke lehtësuar renditjen e saktë dhe të vazhdueshme të nukleotideve. Kjo qasje inovative kapërcen kufizimet e leximit të shkurtër dhe ofron një platformë dinamike për analiza të ndërlikuara gjenomike, duke përfshirë studime komplekse transkriptomike, me rezultate të menjëhershme.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë -PacBio
Ndërsa sekuenca e mARN-së e bazuar në NGS është një mjet i gjithanshëm për përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve, mbështetja e tij në leximet e shkurtra kufizon përdorimin e tij në analizat komplekse transkriptomike. Nga ana tjetër, sekuenca PacBio (Iso-Seq) përdor teknologjinë e lexuar gjatë, duke mundësuar renditjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë. Kjo qasje lehtëson një eksplorim gjithëpërfshirës të bashkimit alternativ, shkrirjes së gjeneve dhe poliadenilimit. Megjithatë, ka zgjedhje të tjera për përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve për shkak të sasisë së lartë të të dhënave të kërkuara. Teknologjia e sekuencës PacBio mbështetet në sekuencën me një molekulë, në kohë reale (SMRT), duke ofruar një avantazh të veçantë në kapjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë. Kjo qasje inovative përfshin përdorimin e valëve me modalitet zero (ZMW) dhe puset e mikrofabrikuara që mundësojnë vëzhgimin në kohë reale të aktivitetit të polimerazës së ADN-së gjatë sekuencës. Brenda këtyre ZMW-ve, polimeraza e ADN-së e PacBio sintetizon një varg plotësues të ADN-së, duke gjeneruar lexime të gjata që përfshijnë tërësinë e transkripteve të mRNA. Funksionimi i PacBio në modalitetin e sekuencës së konsensusit rrethor (CCS) rrit saktësinë duke renditur në mënyrë të përsëritur të njëjtën molekulë. Leximet e gjeneruara të HiFi kanë një saktësi të krahasueshme me NGS, duke kontribuar më tej në një analizë gjithëpërfshirëse dhe të besueshme të veçorive komplekse transkriptomike.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Sekuenca e ARN-së eukariote-NGS
Sekuenca e mRNA, një teknologji e gjithanshme, fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të mRNA brenda qelizave në kushte specifike. Me aplikimet e tij të gjera, ky mjet i avancuar zbulon profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike. I miratuar gjerësisht në kërkimin themelor, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e mARN-së ofron njohuri mbi ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik, duke ndezur kureshtjen rreth potencialit të tij në fusha të ndryshme.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekuenca e mARN-së jo-referencë-NGS
Sekuenca e mRNA fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të mRNA brenda qelizave në kushte specifike. Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike. I adoptuar gjerësisht në kërkimin themelor, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e mRNA ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekuenca e gjatë jo-koduese-Illumina
ARN-të e gjata jo-koduese (lncARN) janë më të gjata se 200 nukleotide që kanë potencial minimal kodues dhe janë elementë kryesorë brenda ARN-së jokoduese. Të gjetura në bërthamë dhe në citoplazmë, këto ARN luajnë një rol vendimtar në rregullimin epigjenetik, transkriptues dhe post-transkriptues, duke nënvizuar rëndësinë e tyre në formësimin e proceseve qelizore dhe molekulare. Sekuenca e LncARN-së është një mjet i fuqishëm në diferencimin e qelizave, ontogjenezën dhe sëmundjet njerëzore.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e ARN-së së vogël-Illumina
Molekulat e vogla të ARN-së (sARN) përfshijnë mikroARN (miRNA), ARN të vogla ndërhyrëse (siRNA) dhe ARN që ndërveprojnë me piwi (piRNA). Midis tyre, miRNA, me gjatësi rreth 18-25 nukleotide, janë veçanërisht të rëndësishme për rolet e tyre kryesore rregullatore në procese të ndryshme qelizore. Me modelet e shprehjes specifike për indet dhe fazat specifike, miRNA-të shfaqin ruajtje të lartë në specie të ndryshme.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Sekuenca rrethore e ARN-së (circRNA-seq) është të profilizojë dhe analizojë ARN-të rrethore, një klasë molekulash ARN që formojnë sythe të mbyllura për shkak të ngjarjeve të bashkimit jo-kanonik, duke i siguruar kësaj ARN-je stabilitet më të madh. Ndërsa disa circARN-të janë treguar të veprojnë si sfungjerë të mikroARN-së, duke sekuestruar mikroARN-të dhe duke i penguar ato të rregullojnë mARN-të e tyre të synuara, circARN të tjera mund të ndërveprojnë me proteinat, të modulojnë shprehjen e gjeneve ose të kenë role në proceset qelizore. Analiza e shprehjes së circRNA ofron njohuri mbi rolet rregullatore të këtyre molekulave dhe rëndësinë e tyre në procese të ndryshme qelizore, fazat e zhvillimit dhe kushtet e sëmundjes, duke kontribuar në një kuptim më të thellë të kompleksitetit të rregullimit të ARN-së në kontekstin e shprehjes së gjeneve.
-
Sekuenca e tërë transkriptomit – Illumina
Sekuenca e plotë e transkriptomit ofron një qasje gjithëpërfshirëse për profilizimin e molekulave të ndryshme të ARN-së, duke përfshirë ARN-të koduese (mRNA) dhe jokoduese (lncARN, circRNA dhe miRNA). Kjo teknikë kap të gjithë transkriptomin e qelizave specifike në një moment të caktuar, duke lejuar një kuptim holistik të proceseve qelizore. I njohur gjithashtu si "sekuenca totale e ARN-së", ai synon të zbulojë rrjete të ndërlikuara rregullatore në nivelin e transkriptomit, duke mundësuar analiza të thella si ARN konkurruese endogjene (ceRNA) dhe analiza të ARN-së së përbashkët. Kjo shënon hapin fillestar drejt karakterizimit funksional, veçanërisht në zbërthimin e rrjeteve rregullatore që përfshijnë ndërveprimet ceRNA të bazuara në circRNA-miRNA-mRNA.
